Page History

...

We wszystkich przykładach będziemy korzystać z przykładowego pliku wsadowego do programu Gaussian sample.com (celem obliczeń zdefiniowanych w tym pliku jest optymalizacja struktury i analiza częstotliwości drgań dla cząsteczki etanolu na poziomie B3LYP/63-31g21g).

Przykład 1 - uruchamianie zadania z pomocą interfejsu QCG Simple do aplikacji Gaussian

...

Hasło na wszystkich UI jest takie jak w portalu PLGrid.

Jeśli nie zrobiliśmy tego wcześniej możemy zaimportować nasz certyfikat z systemu keyFS na UI. W tym celu należy wydać komendę:

WCSS [plguser@ui ~]$ creds keyfs

Następnie należy utworzyć w bieżącym katalogu plik sample.com będący plikiem wsadowym do programu Gaussian. Oprócz tego potrzebny jest plik specyfikujący uruchomieni zadania za pomocą klienta QCG. Przykładowy plik służący do uruchomienia zadania (sample.qcg) wygląda tak:

#QCG queue=plgrid-testing
#QCG name=etanol
#QCG note=etanol Gaussian
#QCG output=${JOB_ID}.output
#QCG error=${JOB_ID}.error
#QCG stage-in-file=sample.com -> sample.com
#QCG stage-out-file=wynik.tar -> ${JOB_ID}.tar
#QCG nodes=1:1:1
#QCG walltime=PT1H
#QCG memory=1800

#QCG application=g09
#QCG argument=sample.com
#QCG postprocess=tar cvf wynik.tar *

Pierwsze 10 linii w pliku służy do ustawienia nazwy zadania, wyboru kolejki i ilości pamięci i procesorów, które zadanie ma użyć oraz deklaruje czas potrzebny na wykonanie obliczeń. Linie ze słowami kluczowymi stage-in-file i stage-out-file służa do wstazania pliku, który ma zostać skopiowany na węzeł obliczeniowy (sample.com) i pliku, który ma być skopiowany na UI po zakończeniu obliczeń (plik wynik.tar zostanie skopiowany pod nazwą ${JOB_ID}.tar do naszej bieżącej lokalizacji, gdzie ${JOB_ID} jest identyfikatorem zadania QCG. Linia 11 w przykładowym pliku konfiguracyjnym jest pusta. Natomiast w 12 linii zdefiniowano, że ma być wykonane zadanie obliczeniowe wykorzystujące aplikację Gaussian09. Następna linia definiuje argument, z jakim aplikacja g09 ma być uruchomiona. W tym przypadku będzie to plik wsadowy do obliczeń Gaussiana. Ostatnia linia pliku tworzy z katalogu roboczego na węźle obliczeniowym, na którym zadanie wykonano, archiwum o nazwie wynik.tar, zawierające wszystkie pliki. W celu uruchomienia obliczeń wystarczy teraz wydać polecenie:

WCSS [plguser@ui ~]$ qcg-sub sample.qcg

Zadanie zostanie zlecone przez klienta QCG. Ponieważ nie wskazano konkretnego klastra obliczeniowego, na którym zadanie ma się wykonać, broker QCG sam wybierze klaster z dostępnymi zasobami i tam uruchomi zadanie. Do sprawdzenia statusu zadania możemy wykorzystać polecenie qcg-list. Po zakończeniu obliczeń w naszym katalogu domowym na UI pojawi się archiwum z zawartością katalogu roboczego z węzła obliczeniowego po zakończeniu obliczeń.

Przykład 2 - uruchomienie zadania z wykorzystaniem mechanizmu modułów

W poprzednim przykładzie nie wskazano klastra na którym chcemy wykonać obliczenia i nie podano wersji oprogramowania Gaussian, z której chcemy skorzystać. W rezultacie broker QCG wybrał klaster z dostępnymi zasobami i tam wysłał zadanie. Zostało ono uruchomione z pomocą wersji programu Gaussian09 ustawionej na tym klastrze jako domyślna. Jeżeli istnieje potrzeba kontrolowania wersji oprogramowania i klastra, na którym zadanie ma się wykonać możemy skorzystać z mechanizmu modułów. (Ten przykład może okazać się przydatny również gdy chcemy uruchomić obliczenia w aplikacji nie wspieranej przez klienta QCG.)

Plik opisujący zadanie stosujące technologię modułów może wyglądać tak (sample.module.qcg):

#QCG queue=plgrid-testing
#QCG name=et_modul
#QCG note=etanol Gaussian
#QCG output=${JOB_ID}.output
#QCG error=${JOB_ID}.error
#QCG stage-in-file=sample.com -> sample.com
#QCG stage-out-file=wynik.tar -> ${JOB_ID}.tar
#QCG nodes=1:1:1
#QCG host=nova
#QCG persistent
#QCG walltime=PT1H
#QCG memory=1900

#QCG postprocess=tar cvf wynik.tar *

module load gaussian/g09.B.01
cat sample.com | g09 >& sample.log

W powyższym przykładzie należy zwrócić uwagę na dwie ostatnie linie. Są to komendy, które zostaną uruchomione na węźle obliczeniowym po uzyskaniu wolnych zasobów. Przedostatnia linia pliku służy do załadowania modułu gaussian/09.B.01. Dzięki temu można mieć pewność, że uruchomiony zostanie Gaussian09 w wersji B.01. Ostatnia linia służy do uruchomienia

O czym warto pamiętać

Dalsze informacje

...