Page History

...

Zasadniczym celem poniższego samouczka jest prezentacja różnych metod pozwalających na uruchomienie zadania obliczeniowego w programie Gaussian za pośrednictwem usługi QCG. Przykład 1 prezentuje w jaki sposób zlecić zadanie z wykorzystaniem wbudowanego w język QCG Simple  interfejsu do aplikacji Gaussian. Przykład 2 pokazuje jak uruchamiać to samo zadanie za pośrednictwem mechanizmu modułów. W przykładzie 3 można zobaczyć w jaki sposób to samo zadanie można uruchomić z poziomu skryptu w BASH'u.

We wszystkich przykładach będziemy korzystać z przykładowego pliku wsadowego do programu Gaussian sample.com (celem obliczeń zdefiniowanych w tym pliku jest optymalizacja struktury i analiza częstotliwości drgań dla cząsteczki etanolu na poziomie B3LYP/3-21g).

...

W powyższym przykładzie należy zwrócić uwagę na dwie ostatnie linie. Są to komendy, które zostaną uruchomione na węźle obliczeniowym po uzyskaniu wolnych zasobów. Przedostatnia linia pliku służy do załadowania modułu gaussian/09.B.01. Dzięki temu można mieć pewność, że uruchomiony zostanie Gaussian09 w wersji B.01. Ostatnia linia służy do uruchomienia zadania i przekierowuje jego wyników do pliku sample.log.

Należy również zwrócić uwagę na linię ze słowem kluczowym QCG host. Pozwala ona na kontrolowanie, na którym klastrze zadanie się wykona. W tym wypadku obliczenia zostaną uruchomione na klastrze supernova.wcss.wroc.pl (alias nova).

O czym warto pamiętać

Dalsze informacje

...