Page History

...

Krótki opis usługi

Dla kogo jest przeznaczona, jakie najważniejsze możliwości oferuje?

Aktywowanie usługi

Co należy aktywować, aby móc skorzystać z usługi? (Założenie konta, certyfikat, grant?, aktywacja konkretnych usług w portalu). Należy pamiętać o istnieniu rozdziałów ogólnych podręcznika, do których warto się odwołać.

Ograniczenia w korzystaniu (podsekcja opcjonalna)

Tutaj wpisujemy specjalne zasady korzystania z usługi jeśli takowe są np. konieczność ustawienia grantu domyślnego, zakaz uruchamiania intensywnych zadań na UI itp. Jeśli takowych nie ma to należy tę podsekcję usunąć.

Pierwsze kroki

Usługa jest przeznaczona dla biologów oraz bioinformatyków. 

Chipster jest implementacją popularnego środowiska zarządzania zadaniami pozwalającego na uproszczone uruchamianie analiz bioinformatycznych na zasobach obliczeniowych PLGrid. W ramach usługi szczególny nacisk położony został na udostępnienie możliwie dużej liczby narzędzi związanych z analizą danych pochodzących z eksperymentów opartych o metody wysokoprzepustowego sekwencjonowania. Wykonywanie analiz z użyciem Chipster oparte jest o wygodny interfejs dostępny w formie aplikacji Java, pozwalający na intuicyjne zarządzanie danymi, narzędziami oraz wynikami. Wbudowane moduły wizualizacji pozwalają na przejrzystą i efektywną analizę wyników.

Aktywowanie usługi

Aby skorzystać z usługi Chipster, należy mieć aktywne konto w infrastrukturze PLGrid.

Do usługi Chipster może uzyskać dostęp każdy użytkownik PLGrid, który jest użytkownikiem usługi Molecular Biology Data Analysis Toolkit. W celu uzyskania dostępu do tych usług należy wejść na stronę http://portal.plgrid.pl a następnie zalogować się podając swój identyfikator plgrid (np. plgkowalski) i hasło do portalu, po czym z górnej belki zawierającej menu wybrać opcję „Moje konto”. W prawej kolumnie ukaże się Katalog usług dostępnych dla danego użytkownika.

Z katalogu usług należy wybrać kategorię: Platforma Dziedzinowa – Biologia, a następnie „rozwiń”, ukaże się lista usług w tej kategorii, wśród nich będzie usługa o nazwie Molecular Biology Data Analysis Toolkit a tuż obok link zatytułowany „aplikuj o usługę”. Akceptacja użytkownika następuje automatycznie. Gdy rejestracja się powiedzie, usługa na liście w katalogu zyska status „aktywny”.

Pierwsze kroki

Uruchomienie usługi

Uruchomienie aplikacji Chipster możliwe jest na każdym komputerze wyposażonym w przeglądarkę internetową oraz środowisko Java Web Start. Usługa dostępna jest poprzez portal MBDAT bądź pod adresem: http://chipster.biologia.plgrid.pl. Na wskazanej stronie należy wcisnąć link launch Chipster. Alternatywnie, można również wybrać wersję aplikacji możliwą do zastosowania na komputerach o większej ilości pamięci RAM: 3 lub 6 GB. Po wciśnięciu linku pobrany zostanie plik startowy aplikacji chipster.jnlp. Pobrany plik należy uruchomić za pomocą Java Web Start. Podczas uruchamiania aplikacji nastąpi monit o zalogowanie z użyciem danych konta PLGrid.

Organizacja interfejsu

Image Added

Interfejs aplikacji Chipster podzielony jest na 4 obszary: Datasets, Workflow, Analysis tools oraz Visualisation. Koniecznie z przykładowymi zrzutami ekranu lub fragmentami kodu.

Zaawansowane użycie

Ewentualnie jako osobny podrozdział.

...