Page History
...
Obliczenia GPGPU (General-Purpose computing on Graphics Processing Units) to wykorzystanie procesorów graficznych wspólnie z jednostką CPU do przyspieszenia obliczeń naukowych i inżynierskich. Infrastruktura PLGrid oferuje swoim użytkownikom dostęp do maszyny zawierającej karty GPU.
| Lokalizacja | ACK CYFRONET AGH | ||
|---|---|---|---|
| Nazwa systemu | Zeus GPGPU | Prometheus K40XL | Prometheus V100 |
| Nazwa maszyny dostępowej | pro.cyfronet.pl | pro.cyfronet.pl | |
| Port dostępowy | 2222 | 22 | |
| Liczba rdzeni obliczeniowych | 504|||
| Liczba kart GPU | 204144 | 32 | |
| Kolejka | plgrid-gpuplgrid-gpu | plgrid-gpu-v100 | |
| Oprogramowanie | TeraChem, Gromacs, NAMD, GAMESSTeraChem, Gromacs, NAMD, GAMESS, TensorFlow, Keras, PyTorch | ||
| Opis konfiguracji zasobów obliczeniowych | www.plgrid.pl/oferta/zasoby_obliczeniowe/opis_zasobow/HPC | ||
| Opis systemów składowania danych | www.plgrid.pl/oferta/zasoby_obliczeniowe/opis_zasobow/storage | ||
| Informacje rozszerzone | Dokumentacja KDM | ||
| Kontakt | helpdesk@plgrid.pl,https://helpdesk.plgrid.pl | ||
Parametry kart GPGPU
| Parametr | Wartość | |||
|---|---|---|---|---|
| Dostępność | Zeus (plgrid-gpu) | Zeus (plgrid-gpu) | Promtheus (plgrid-gpu) | Promtheus (plgrid-gpu-v100) |
| Producent | NVIDIA | NVIDIANVIDIA | NVIDIA | |
| Model | M2050 | M2090K40 XL | V100 | |
| Architektura | Fermi | FermiKepler | Volta | |
| Szyna | PCI-Express 2.0 16x | PCI-Express 2.0 16xPCI-Express 3.0 16x | NVLink | |
| Liczba rdzeni Tensor | - | - | - | 640 |
| Liczba rdzeni CUDA | 2880 | 5120 | ||
| Maksymalna częstotliwość | 928 MHz | 1290 MHz | ||
| Moc obliczeniowa (HP) | - | 31.33 Tflops | ||
| Moc obliczeniowa (DP) | 1,78 Tflops | 7,834 Tflops | ||
| Moc obliczeniowa (SP) | 5,34 Tflops | 15,67 Tflops | ||
| Pojemność i typ pamięci | 12 GB GDDR5 | 32 GB HBM2 | ||
| Przepustowość pamięci | 288 GB/s | 900 GB/s | ||
Dostęp do usługi
Dostęp do GPGPU jest możliwy po aktywacji usługi. Aby aktywować usługę, postępuj zgodnie z instrukcjami zawartymi w Katalogu Aplikacji i Usług po uprzednim wyszukaniu usługi.
...
Zlecanie zadań
Dostęp do węzłów z GPGPU
Dla zadań korzystających w obliczeniach z kart GPGPU przeznaczona została specjalna partycja - plgrid-gpu. Aby móc przeprowadzać obliczenia z wykorzystaniem GPGPU na klastrze Prometheus konieczne jest złożenie wniosku o grant właściwy, który przeznaczony zostanie w całości wyłącznie na obliczenia z wykorzystaniem kart GPGPU. Grant taki nie powinien być używany do przeprowadzania obliczeń w partycjach innych niż plgrid-gpu. We wniosku o grant należy wyraźnie zaznaczyć, że wymagany jest dostęp do partycji plgrid-gpu. Zalecane jest także (ale nie jest to konieczne), aby grant taki posiadał w nazwie wyraz gpu (np. obliczeniagpu) - ułatwia to identyfikację grantów. Każdy wniosek o dostęp do partycji plgrid-gpu jest rozpatrywany indywidualnie przez dostawcę zasobów.
Dodatkowo dla obliczeń dedykowanych AI została udostępniona partycja plgrid-gpu-v100 posiadająca karty GPGPU NVIDIA Tesla V100. Dostęp do nich realizowany jest podobnie, jak opisano powyżej dla partycji plgrid-gpu.
...
| Code Block | ||
|---|---|---|
| ||
#!/bin/bash # NAMD GPPGU requires exactly one working node #SBATCH -N 1 #SBATCH --ntasks-per-node=24 #SBATCH -p plgrid-gpu #SBATCH --gres=gpu:2 #SBATCH --time 1:00:00 module load plgrid/apps/namd/2.1314-ompi cd $SLURM_SUBMIT_DIR if [ ! -f stmv.tar.gz ]; then wget http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/utilities/stmv.tar.gz fi tar -xvf stmv.tar.gz -C $SCRATCHDIR cd $SCRATCHDIR/stmv sed -i 's/500/5000/g' stmv.namd sed -i 's/\/usr\/tmp\/stmv-output/\$env\(SCRATCHDIR\)\/stmv-output/g' stmv.namd namdrun stmv.namd |
...
Overview
Content Tools