Page tree

Versions Compared

Key

  • This line was added.
  • This line was removed.
  • Formatting was changed.
Comment: Drobne poprawki redakcyjne

...

Przed pierwszym skorzystaniem z usługi SinusMed SinusMED należy założyć konto w portalu PL-Grid. Udostępnia ono podstawowy dostęp do infrastruktury obliczeniowej polskiej nauki. Szczegóły podaje podręcznik: Zakładanie konta w portalu

...

  1. Globalny dostęp UNICORE oraz
  2. SinusMed SinusMED znajdujący się w sekcji Platforma dziedzinowa: Zdrowie.

...

Od tego momentu jest możliwa praca z usługą SinusMedSinusMED. W przypadku prowadzenia dużej ilości symulacji zalecamy stworzenie tzw. grantu obliczeniowego, który pozwoli na użycie większej ilości zasobów infrastruktury PL-Grid niż jest to dostępne dla każdego, zaraz po założeniu konta. Szczegóły podaje rozdział podręcznika: Granty obliczeniowe.

...

Aby uzyskać dostęp do interfejsu usługi SinusMed SinusMED należy zalogować się do portalu UNICORE. Szczegóły dostępne są w rozdziale podręcznika UNICORE Portal. W dużym skrócie wystarczy wejść na adres https://unicore-portal.grid.icm.edu.pl/portal i zalogować się przy pomocy nazwy użytkownika i hasła PL-Gridowego.

...

Poniższy zrzut ekranu przedstawia widok główny interfejsu usługi. Górna część zawiera przycisk tworzący nową symulację (1) oraz pod nim tabelę z wszystkimi symulacjami SinusMed SinusMED jakie dotychczas zostały zlecone (3). Przy pierwszym uruchomieniu tabela będzie pusta. Podczas pracy z konkretną symulacją można kontrolować rozmiar tabeli z zadaniami poprzez przeciągnięcie poziomej belki znajdującej się pod nią lub ją całkowicie schować za pomocą przycisku (3).

...

Przed przystąpieniem do zlecenia nowej symulacji należy przygotować dane, na których symulacja będzie działać. W tym celu należy spakować do jednego pliku zip wynik badania CT. Badanie takie zawiera wiele plików w formacie DICOM, często umieszczonych w strukturze podkatalogów. Usługa znajdzie serie danych DICOM w największym rozmiarze w paczce zip i na nich będzie prowadzona analiza.

Po kliknięciu przycisku (1) pod tabelą z zadaniami pojawi się zakładka, w której można podać ustawienia i dane wejściowe symulacji. W kolejności należy wypełnić następujące pola:

  1. Nazwa symulacji, która może być dowolna, powinna być intuicyjna dla użytkownika.
  2. Nazwa grantu obliczeniowego PL-Grid. Podanie nazwy grantu jest opcjonalne, jeśli nie zostanie podana będzie użyty grant domyślny, ustawiony w portalu PL-Grid.
  3. Dane wejściowe. Przygotowany plik wejściowy .zip powinien zostać wysłany poprzez wybranie go w oknie pojawiającym się po kliknięciu w przycisk Upload. Alternatywna wersja wyboru pliku z zasobów dyskowych infrastruktury jest opisana w dalszej części dokumentu.
  4. Atlas określa do którego zestawu danych wzorcowych ma być dopasowany zbiór danych wejściowych.
  5. Profil pracy (execution profile) określa proporcję pomiędzy dokładnością a czasem wykonania zadania. Symulacja w najniższej jakości zakończy się w czasie znacznie krótszym niż godzina. Symulacja w najwyższej jakości będzie trwać około 8 godzin (jest to wartość bardzo orientacyjna).

...

Uruchomiona symulacja wpierw oczekuje na przydzielenie zasobów, na których zostanie wykonana. Ten okres trwa różnie w zależności od obciążenia infrastruktury jednak zazwyczaj około minuty. W momencie, gdy symulacja zostanie faktycznie rozpoczęta (wszystko to dzieje się automatycznie i nie wymaga interwencji użytkownika) pojawia pojawi się w interfejsie czerwona ikonka, za pomocą której można anulować zadanie - np. jeśli zostało zlecone omyłkowo.

...

Suwaki pozwalają kontrolować prezentowany przekrój (D) oraz stopień przezroczystości (E) nałożenia wyników (nieistotne przy oglądaniu samych danych wejściowych). Ponieważ dane obrazowe są spore zaleca się, szczególnie przy słabszym łączu internetowym, przeciąganie suwaków zamiast używania przycisków '+' i '-' - przyspiesza . Przyspiesza to znacznie zmianę widoku.

...

Anchor
zlecone
zlecone
Praca z wcześniej zleconymi symulacjami

Jak było powiedziane już zostało wspomniane, tabela (3) zawiera listę wszystkich symulacji. W rzadkich przypadkach może zajść potrzeba jej odświeżenia pierwszym przyciskiem z menu (4). Symulacje można otworzyć albo z menu kontekstowego albo poprzez podwójne kliknięcie. Portal wpierw sprawdzi aktualny stan symulacji, a następnie wyświetli jej wynik lub informacje o tym że wciąż jest w toku (w sposób identyczny jak po zleceniu nowego zadnia).

W menu kontekstowym tabeli zadań (3) można również permanentnie skasować niepotrzebne symulacje oraz uzyskać dostęp do przeglądarki wszystkich plików zadania.

W przypadku przeprowadzania wielu symulacji na tych samych danych można skorzystać z wcześniej wysłanych danych wejściowych poprzedniego zadania lub (dla zaawansowanych użytkowników) danych umieszczonych w Gridowej gridowej przestrzeni danych za pomocą innych narzędzi (klienci systemu UNICORE lub menadżer danych portalu). Aby tego dokonać, należy przy przygotowywaniu zadania wybrać wariant Input file from a Grid storage, a następnie otworzyć okienko wyboru plików dostępnych na infrastrukturze. W najczęstszym wariancie - wykorzystania plików poprzedniej symulacji - należy odszukać jej przestrzeń plików, rozwinąć, a następnie wybrać plik wejściowy.

...

W przypadku problemów z usługą oraz w celu zgłoszenia próśb o rozszerzenie należy je zgłaszać do do Helpdesku PL-Grid https://helpdesk.plgrid.pl, dokładna instrukcja jest podana na dole strony: Gdzie szukać pomocy?