Page tree

Versions Compared

Key

  • This line was added.
  • This line was removed.
  • Formatting was changed.

...

Interfejs aplikacji Chipster podzielony jest na 4 obszary: Datasets , Workflow , Analysis tools oraz Visualisation . W obszarach Datasets oraz  Workflow możliwe jest śledzenie wyników analiz oraz wskazywanie plików, na których mają być uruchomione narzędzia dostępne w obszarze  Analysis tools . Ostatni z obszarów,  Visualisation , służy do wyświetlania informacji o wybranym pliku/wyniku oraz do wyświetlania jego wizualizacji.


Praca z sesjami zdalnymi (dostępna od wersji 3.6)

W wersjach Chipster poniżej 3.6 praca wymagała utrzymywania połączenia aplikacji klienckiej uruchamianej na komputerze użytkownika z serwerem obliczeniowym. Błędy w połączeniu objawiały się utratą śledzenia postępów obliczeń co prowadziło do sytuacji, kiedy zakończone obliczenia dla użytkownika widoczne były jako trwające. Chipster w wersji 3.6 wprowadził możliwośc zapisywania sesji na serwerze - Cloud Session. Umożliwia to nie tylko przechowywanie wszystkich plików wsadowych i wynikowych na serwerze, ale również kontynuację obliczeń po utracie połączenia aplikacji klienckiej z serwerem, a nawet po jej wyłączeniu. Aby skorzystać z tej opcji należy:

  1. Aby zapisać sesję na serwerze, w dowolnym momencie należy z menu File wybrać opcję Save Cloud Session.
  2. Po zapisaniu sesji można zamknąć aplikacje kliencką. 
  3. Aby powrócić do zapisanej sesji należy po uruchomieniu wybrać z manu File opcję Open Cloud Session. Po wybraniu odpowiedniego pliku spowoduje to załadowanie wcześniej zapisanej sesji.
  4. Jeśli sesja zostanie zapisana w momencie kiedy aktywne są obliczenia (Running Jobs w prawym rogu dolnego paska stanu aplikacji), pozostaną one nadal aktywne, a ich wyniki  po ukończeniu będą widoczne po ponownym załadowaniu zapisanej sesji. Opcja ta jest zalecana, kiedy zlecane są długotrwałe obliczenia.
  5. Ilość przestrzeni dyskowej na zapisane sesje jest ograniczona. Prosimy o rozsądne gospodarowanie miejscem. Niepotrzebne sesje można usuwać za pomocą File -> Manage Cloud Sessions
  6. Przestrzeń dyskowa dostępna w ramach sesji zdalnych nie posiada kopii zapasowej! Zalecamy tworzenie kopii istotnych danych poprzez lokalne zachowywanie sesji lub poszczególnych plików na komputerze użytkownika.

 

Przykładowy scenariusz użycia: analiza danych RNA-seq

...