GeneSpring GX to program do analizy i wizualizacji danych ekspresyjnych. Pozwala poddawać przetwarzaniu dane z mikromacierzy mRNA oraz miRNA, oraz przeprowadzać zintegrowane analizy danych transkryptomicznych, metabolomicznych i proteomicznych. Zaprojektowany specjalnie dla potrzeb biologów, GeneSpring GX oferuje interaktywne środowisko, które pomaga w poszukiwaniach i ułatwia przełożenie danych mikromacierzowych na znaczenie biologiczne. Narzędzie to wspiera wszystkie popularne formaty danych, włącznie z mikromacierzami producentów Agilent, Affymetrix, i Illumina.
Usługa dziedzinowa LifeScience - GeneSpring została utworzona w celu udostępnienia użytkownikom Infrastruktury PL-Grid oprogramowania GeneSpring GX firmy Agillent. Oprogramowanie zainstalowane jest na maszynie z systemem operacyjnym Windows. Dostęp do tej maszyny dla użytkowników realizowany jest za pomocą pulpitu zdalnego (protokół RDP). Adresem dostępowym dla aplikacji klienckiej protokołu RDP jest:
Ze względu na charakter licencji oprogramowania GeneSpring GX, w jednej chwili z usługi może korzystać tylko jeden użytkownik.
Do aktywowania usługi GeneSpring niezbędne jest posiadanie konta użytkownika w Portalu PL Grid. Informacje dotyczące zakładania nowego konta dostępne są w podręczniku użytkownika.
Każda osoba posiadająca konto w Portalu PL-Grid ma możliwość korzystania z usługi GeneSpring, po uprzednim aktywowaniu usługi, polegającym na:
Po poprawnym wypełnieniu oraz wysłaniu formularza motywacyjnego, zgłoszenie trafia do eksperta, który po zatwierdzeniu go, aktywuje usługę dla użytkownika. Prosimy o krótką informację odnośnie tematu badań oraz kilku zdań o ich istocie - pozwoli nam to zorientować się w rodzaju narzędzi, jakie mogłyby być interesujące dla użytkowników naszych usług.
Następnie ekspert przesyła użytkownikowi, za pośrednictwem poczty e-mail i/lub wiadomości SMS, niezbędne do zalogowania się dane.
Info | ||
---|---|---|
| ||
Ważne: Przekazane użytkownikowi przez eksperta hasło, jest aktualne tylko podczas pierwszego logowania się. Po pierwszym poprawnym logowaniu, hasło należy zmienić (podczas logowania, zostanie użytkownikowi wyświetlony stosowny komunikat oraz formularz służący do zmiany hasła). Przy każdym kolejnym logowaniu, użytkownik powinien korzystać z hasła, jakie sam ustalił podczas pierwszego logowania. Hasło, które użytkownik otrzymał od eksperta nie będzie aktywne, oraz nie będzie możliwe kolejne zalogowanie się do usługi za jego pomocą. |
Ze względu na fakt, że korzystać z usługi może wyłącznie jeden użytkownik w danej chwili. Aktualnie dostęp do usługi odbywa się bez ustalania rezerwacji czasu - prosimy więc o przestrzeganie procedury poprawnego wylogowania się z systemu po zakończeniu pracy z GeneSpring (tak, aby nie utrudniać innym użytkownikom korzystania z usługi). Opis sposobu wylogowania się z maszyny zdalnej znajduje się na końcu tej instrukcji.
Dla użytkowników korzystających z systemu operacyjnego Windows, dostęp do usługi GeneSpring realizowany jest za pomocą aplikacji Podłączanie pulpitu zdalnego. Aplikacja dostępna jest (w zależności od wersji wykorzystywanego systemu Windows) w menu Start w podmenu Wszystkie programy – Akcesoria – Podłączanie pulpitu zdalnego.
W aplikacji, w polu Komputer należy podać adres do usługi (tj. genespring.plgrid.pl) a następnie kliknąć przycisk Podłącz.
W kolejnym oknie należy podać nazwę użytkownika oraz hasło.
Kliknięcie przycisku OK spowoduje połączenie z pulpitem zdalnym maszyny, na której użytkownik ma możliwość korzystania z aplikacji Agilent GeneSpring GX.
Dla użytkowników korzystających z systemu operacyjnego Linux, dostęp do usługi GeneSpring realizowany jest za pomocą dowolnego klienta protokołu RDP (np. Remmina), wspierającego uwierzytelnianie połączeń protokołu RDP na poziomie sieci (Network Level Authentication).
Podczas pierwszego połączenia, należy zdefiniować połączenie poprzez utworzenie nowego pliku zdalnego pulpitu (przycisk wskazany strzałką na poniższym rysunku).
Minimalna konfiguracja połączenia polega na ustaleniu nazwy profilu (pole "Nazwa"), ustawieniu protokołu na RDP, wpisaniu w polu "Serwer" adresu do serwera usługi (tj. genespring.plgrid.pl), a także uzupełnieniu pół "Nazwa użytkownika" oraz "Hasło" prawidłowymi danymi.
Kliknięcie przycisku "Połącz" spowoduje połączenie z pulpitem zdalnym maszyny, na której użytkownik ma możliwość korzystania z aplikacji Agilent GeneSpring GX. Dodatkowo profil połączenia zostanie zapisany, przez co przy kolejnych połączeniach, użytkownik nie będzie musiał ponownie definiować połączenia, a jedynie będzie musiał wybrać z listy zdefiniowany profil. Jeśli klient zgłasza problem z uwierzytelnieniem połączenia, może pomóc zmiana protokołu bezpieczeństwa - w zakładce "Zaawansowane" pole protokołu bezpieczeństwa należy ustawić na wartość RDP.
Ikona programu GeneSpring jest dostępna na pulpicie po zalogowaniu się. Dwukrotne kliknięcie w nią spowoduje uruchomienie aplikacji.
Poza zmianą hasła, którą użytkownik musi wykonać po pierwszym logowaniu się do usługi, ma on również możliwość kolejnych zmian swojego hasła. Zmiana hasła następuje poprzez wciśnięcie odpowiedniego skrótu klawiszowego. Dla połączenia RDP wykonanego z komputera z systemem Windows, jest to skrót Ctrl+Alt+End, natomiast dla połączenia RDP wykonanego z komputera z systemem Linux, jest to skrót Crtl+Alt+Del.
Po wciśnięciu tego skrótu, użytkownik powinien otrzymać listę opcji widoczną na poniższym rysunku.
Z listy, należy wybrać opcję "Change a password", co skutkować będzie możliwością zmiany hasła, dzięki stosownemu formularzowi.
Formularz zmiany hasła składa się z 4 pól:
Po wypełnieniu formularza należy nacisnąć myszką znak strzałki widniejący w polu "Confirm password" lub wcisnąć na klawiaturze klawisz "Enter".
Zmiana hasła powiedzie się, jedynie wtedy, kiedy nowe hasło będzie spełniać poniższe warunki:
Przykłady (dla użytkownika o nazwie "test"):
Hasło ma długość większą niż 6 znaków
W haśle nie zawiera się nazwa użytkownika
Hasło zawiera znaki z 3 wymaganych grup (małe litery, cyfry oraz znaki specjalne)
Hasło ma wystarczającą długość 6 znaków
Hasło zawiera znaki z tylko 2 z wymaganych 3 grup (małe litery oraz cyfry)
Hasło zawiera w sobie nazwę użytkownika
Info | ||
---|---|---|
| ||
Powyższy przykład dobrego hasła został zaprezentowany wyłącznie w celach edukacyjnych. Ze względów bezpieczeństwa, prosimy o nie korzystanie z tego hasła na swoim koncie użytkownika. |
Po zakończonej pracy, użytkownik powinien wyłączyć aplikację Agilent GeneSpring GX, a następnie poprawnie wylogować się z usługi (sesji pulpitu zdalnego usługi GeneSpring). Aby prawidłowo rozłączyć sesję pulpitu zdalnego, należy:
Postępowanie wg powyższych wytycznych spowoduje wylogowanie użytkownika z systemu Windows zainstalowanego na zdalnej maszynie, oraz rozłączenie sesji pulpitu zdalnego, a także umożliwi innym użytkownikom bezproblemowe korzystanie z usługi.
Info | ||
---|---|---|
| ||
Bardzo prosimy o przestrzeganie powyższego schematu poprawnego wylogowania się, gdyż zapewni to innym użytkownikom GeneSpring bezproblemowy dostęp do aplikacji, bez konieczności interwencji ze strony administratora usługi. |
Szczegółowa instrukcja obsługi programu Agilent GeneSpring GX dostępna jest w dokumencie GeneSpring Manual.
Info | ||
---|---|---|
| ||
Jeśli mają Państwo problem, który wystąpił w związku z korzystaniem z usługi GeneSpring, prosimy o zgłoszenie go w systemie HelpDesk PL-Grid. Postaramy się sprawnie przyjść z pomocą. Alternatywnie, można zgłosić nam problem wysyłając maila na adres: helpdesk@plgrid.pl. |
Jeśli planujecie Państwo opublikować pracę z wykorzystaniem rezultatów osiągniętych dzięki naszej usłudze, prosimy o zawarcie następującej formuły podziękowań, w odpowiedniej części swojej publikacji:
Info | ||
---|---|---|
| ||
This research was supported in part by PL-Grid Infrastructure. Praca została wykonana z wykorzystaniem Infrastruktury PL-Grid. |
Info |
---|
Poniższy szablon należy odpowiednio uzupełnić.
|
...
Wstawianie odnośników do innych stron podręcznika
Przy wstawianiu linków do stron wewnętrznych Podręcznika użytkownika (np. certyfikat="Aplikowanie, rejestracja i użycie certyfikatu"' założenie konta="Zakładanie konta w portalu"; Pomoc="Gdzie szukać pomocy") należy w trybie edycji strony:
Efekt powyższego opisu można zobaczyć klikając lewym klawiszem myszki (w trybie edycji strony) na dowolny link w tym oknie informacji. Pojawi się pole, w którym do wyboru będzie opcja Edit, którą klikamy. Pojawi się okno Edit link, z aktywnym polem Search i nazwą strony wewnętrznej podręcznika.
Przy wstawianiu linków do konkretnych sekcji (akapitów) na wybranej stronie, np. Certyfikaty Simple CA ="Aplikowanie, rejestracja i użycie certyfikatu#Certyfikaty Simple CA", należy nazwę strony wraz z tytułem sekcji, rozdzielone znakiem #, podać w opcji Advanced w okienku link. Przy wstawianiu nazwy stron istotne jest zachowanie znaków spacji pomiędzy wyrazami oraz braków spacji pomiędzy #.
LINKI ZEWNĘTRZNE
Linki zewnętrzne np. do strony PL-Grid wstawiamy w oknie Insert Link (Ctrl+K) w opcji Web Link.
Info |
---|
Pomoc w pisaniu stron w Confluence: https://confluence.atlassian.com/display/DOC/Using+the+Editor |
Dla kogo jest przeznaczona, jakie najważniejsze możliwości oferuje?
Co należy aktywować, aby móc skorzystać z usługi? (Założenie konta, certyfikat, grant?, aktywacja konkretnych usług w portalu). Należy pamiętać o istnieniu rozdziałów ogólnych podręcznika, do których warto się odwołać.
Tutaj wpisujemy specjalne zasady korzystania z usługi jeśli takowe są np. konieczność ustawienia grantu domyślnego, zakaz uruchamiania intensywnych zadań na UI itp. Jeśli takowych nie ma to należy tę podsekcję usunąć.
Koniecznie z przykładowymi zrzutami ekranu lub fragmentami kodu.
Ewentualnie jako osobny podrozdział.
Strony zewnętrzne (jeśli są), odnośnik do helpdesku lub strony dokumentacji o pomocy.
Info |
---|
Można też dodać sekcję "Co dalej?" ze wskazaniem (odnośnikiem) do dalszej części dokumentacji, o ile jest wymagana. |
...