Warning | ||
---|---|---|
| ||
Usługa gLite została wycofana z Infrastruktury PLGrid. |
Table of Contents | ||||
---|---|---|---|---|
|
Użytkownik, który chce zlecać obliczenia za pośrednictwem gLite, powinien aktywować usługę Globalny dostęp gLite.
Ogólne kroki aktywacji usług opisane są w osobnym rozdziale.
Excerpt Include | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
|
Posiadając aktywny dostęp do usługi gLite w wybranym ośrodku (Dostęp do UI) użytkownik możne logować się na jej komputer dostępowy. Logowanie dokładnie opisano w osobnym rozdziale. W skrócie, na
Dostęp do infrastruktury PL-Grid jest zapewniony m.in. poprzez oprogramowanie pośredniczące gLite.
...
!certyfikat.png|width=600 !
Posiadając aktywny dotęp do usługi gLite w wybranej instytucji użytkownik możne logować się na jej komputery.
Tabela zawiera potrzebne dane do pracy na poszczególnych maszynach.
Po zalogowaniu użytkownik ma możliwość korzystania z poleceń linii komend pozwalających na m.in. zarządzanie zadaniami i danymi w Gridzie typu gLite. Polecenia te opisane są w podręczniku obsługi Gridu gLite.
Nazwa parametru | ICM | TASK | CYFRONET | PCSS | WCSS |
---|---|---|---|---|---|
Nazwa maszyny | ui.plgrid.icm.edu.pl | ui.grid.task.gda.pl | ui.grid.cyfronet.pl | ui.reef.man.poznan.pl | ui.plgrid.wcss.wroc.pl |
Protokół dostępu | ssh | ssh | ssh | ssh | ssh |
Port dostępowy | 22 | 22 | 22 | 22 | 22 |
System operacyjny | Scientific Linux 5.5 | Scientific Linux 5.5 | Scientific Linux 4 | Scientific Linux Cern 5.7 | Scientific Linux Cern 4.8 |
Kontakt | plgrid-admins@icm.edu.pl | lcg-admin@task.gda.pl | cyfronet-lcg2@helpdesk.plgrid.pl | egee@man.poznan.pl | egee-site-manager@kdm.wcss.wroc.pl |
Dostęp do lokalnego systemu kolejkowego | NIE | TAK | TAK | TAK | NIE |
Logowanie dokładnie opisano w artykule Logowanie
Na komputerze z systemem operacyjnym typu Unix należy wykonać polecenie (pamiętając o podmianie plgkowalski
na własny identyfikatornazwę swojego konta, a ui.plgrid.icm.edu.pl
na nazwę jednej z maszyn wymienionych powyżej):
ssh plgkowalski@ui.plgrid.icm.edu.pl
Po zalogowaniu użytkownik ma możliwość korzystania z poleceń linii komend pozwalających na m.in. zarządzanie zadaniami i danymi w gridzie.
...
JDL - język, który służy do opisu zadania obliczeniowego. Pliki JDL zawierają informacje potrzebne dla Resource Brokera:
Każda linia musi być zakończona znakiem ";", po którym nie może już nic występować.
Prosty plik job.jdl
,
Code Block |
---|
...
$ cat job.jdl
Executable = "/bin/hostname";
Arguments = "-f";
StdOutput = "job.out";
StdError = "job.err";
OutputSandbox = {"job.out", "job.err"};
|
gdzie:
Code Block |
---|
...
Executable #plik wykonywalny
Arguments #argumenty dla pliku wykonywalnego
StdOutput #plik, w którym znajdzie się strumień STDOUT
StdError #plik, w którym znajdzie się strumień STDERR
OutputSandbox #zawartość OutputSandbox - lista plików wyjścia zadania
|
Dodatkowo w pliku jdl możemy zdefiniować
Code Block |
---|
Requirements = other.GlueCEUniqueID == "CEId"; |
Code Block |
---|
JobType = "Normal"; |
Code Block |
---|
JobType = "MPICH";
NodeNumber = 4; |
Code Block |
---|
InputSandbox = {"test.sh", "fileA", "fileB", ...}; |
Po zarejestrowaniu się w vo.plgrid.pl użytkownik może wysłać zadanie testowe.
W wybranym edytorze przygotuj plik job.jdl, który można umieścić/skopiować na maszynie dostępowej gLite (np. ui.cyf-kr.edu.pl)
job.jdl
Code Block |
---|
$ cat job.jdl
Executable = "/bin/hostname";
Arguments = "-f";
StdOutput = "job.out";
StdError = "job.err";
OutputSandbox = {"job.out", "job.err"};
|
gdzie:
Code Block |
---|
Executable #plik wykonywalny
Arguments #argumenty dla pliku wykonywalnego
StdOutput #plik, w którym znajdzie się strumień STDOUT
StdError #plik, w którym znajdzie się strumień STDERR
OutputSandbox #zawartość OutputSandbox - lista plików wyjścia zadania
|
__Więcej informacji o przygotowaniu opisu zadania+
Podstawowym poleceniem do generowania certyfikatu proxy dla użytkowników PL-Grid jest:
Code Block |
---|
$ voms-proxy-init --voms vo.plgrid.pl
|
Certyfikaty proxy na UI z KeyFS (tylko Simple CA, tylko UI WCSS i TASK)
Jeśli użytkownik wyeksportował swój klucz prywatny i certyfikat do bazy LDAP PL-Grid, to ma je dostępne na dowolnym UI ze skonfigurowanym keyFS. Aby wygenerować certyfikat proxy na UI korzystając z keyFS, należy wskazać keyFS jako źródło klucza prywatnego i certyfikatu:
Code Block |
---|
creds keyfs
|
a następnie użyć voms-proxy-init lub grid-proxy-init:
Code Block |
---|
voms-proxy-init -voms vo.plgrid.pl
grid-proxy-init
|
Aby wygenerować certyfikat proxy korzystając z klucza prywatnego i certyfikatu lokalnie (znajdujących się w katalogu $HOME/.globus), należy wskazać jako źródło klucza prywatnego i certyfikatu local:
Code Block |
---|
creds local
|
a następnie użyć voms-proxy-init lub grid-proxy-init:
Code Block |
---|
voms-proxy-init -voms vo.plgrid.pl
grid-proxy-init
|
Jako źródło klucza prywatnego i certyfikatu na UI z zainstalowanym keyFS domyślnie ustawiony jest keyFS.
Certyfikat proxy na UI bez keyFS
Aby wygenerować certyfikat proxy na UI bez keyFS, należy upewnić się, że klucz prywatny oraz certyfikat są dostępne w katalogu $HOME/.globus (a jeśli nie, to je tam skopiować) i użyć polecenia voms-proxy-init lub grid-proxy-init:
Aby możliwe było utworzenie certyfikatu proxy, konieczne jest posiadanie certyfikatu osobistego (wraz z kluczem prywatnym). Jeżeli został on wygenerowany w portalu, lub też uzyskany inną drogą ale umieszczony w portalu, to powinien być dostępny w wirtualnym systemie plików keyFS. W przeciwnym wypadku należy umieścić w katalogu domowym, podkatalogu .globus poświadczenia w następującej formie:
usercert.pem
oraz klucz w formacie RSA w pliku userkey.pem
(opis uzyskania plików znajduje się w sekcji PKCS12 -> PEM artykułu o certyfikatach) lubusercred.p12
Uwaga! Plik .p12 pobrany z portalu PLGrid zawiera dodatkowo certyfikat CA. Dlatego konieczne jest wykonanie dla niego kroków opisanych w sekcji PKCS12 -> PEM oraz PEM -> PKCS12 w artykułu o certyfikatach, aby uzyskać plik usercred.p12 użyteczny w katalogu .globus.W przypadku posiadania poświadczeń zarówno w LDAP-ie (dostępnych przez keyFS) jak i lokalnie, wyboru między nimi można dokonać poleceniami
Code Block |
---|
creds local |
dla plików z katalogu .globus
oraz
Code Block |
---|
creds keyfs |
dla plików z keyFS (ta opcja jest domyślna).
Podstawowym poleceniem do generowania certyfikatu proxy dla użytkowników PLGrid jest:
Code Block |
---|
$ voms-proxy-init - |
Code Block |
voms-proxy-init -voms vo.plgrid.pl grid-proxy-init |
Code Block |
---|
$ glite-wms-job-submit -a job.jdl
Connecting to the service https://rb1.cyf-kr.edu.pl:7443/glite_wms_wmproxy_server
====================== glite-wms-job-submit Success ======================
The job has been successfully submitted to the WMProxy
Your job identifier is:
https://lb.grid.cyf-kr.edu.pl:9000/AgP9eWoJf0l4YMiESWrRow
==========================================================================
|
Code Block |
---|
$ glite-wms-job-status https://lb.grid.cyf-kr.edu.pl:9000/qn69-B5xUIl40yY5oP9f9Q
*************************************************************
BOOKKEEPING INFORMATION:
Status info for the Job : https://lb.grid.cyf-kr.edu.pl:9000/qn69-B5xUIl40yY5oP9f9Q
Current Status: Waiting
Submitted: Thu Jul 23 10:32:46 2009 CEST
*************************************************************
|
Powtarzanie powyższej komendy pozwala zaobserwować zmieniający się status zadania
Code Block |
---|
Current Status: Ready
Current Status: Scheduled
Current Status: Running
|
Ostatecznie powinniśmy otrzymać informację o prawidłowym zakończeniu obliczeń
Code Block |
---|
$ glite-wms-job-status https://lb.grid.cyf-kr.edu.pl:9000/qn69-B5xUIl40yY5oP9f9Q
*************************************************************
BOOKKEEPING INFORMATION:
Status info for the Job : https://lb.grid.cyf-kr.edu.pl:9000/qn69-B5xUIl40yY5oP9f9Q
Current Status: Done (Success)
Exit code: 0
Status Reason: Job terminated successfully
Destination: ce.cyf-kr.edu.pl:2119/jobmanager-pbs-gaussian
Submitted: Thu Jul 23 10:32:46 2009 CEST
*************************************************************
|
Otrzymane pliki można np. ściągnąć na maszynę dostępową do
...
katalogu output *
Code Block |
---|
...
$ glite-wms-job-output --dir output https://lb.grid.cyf-kr.edu.pl:9000/qn69-B5xUIl40yY5oP9f9Q
Connecting to the service https://149.156.9.29:7443/glite_wms_wmproxy_server
================================================================================
JOB GET OUTPUT OUTCOME
Output sandbox files for the job:
https://lb.grid.cyf-kr.edu.pl:9000/qn69-B5xUIl40yY5oP9f9Q
have been successfully retrieved and stored in the directory:
/home/people/.../.../job1/output
================================================================================
$ cd output/
$ ls
job.err job.out
|
<html>
<style type="text/css">
a.naw {
width:100px;
display:inline; /* change to inline for horizontal menu */
margin-left:5px; /*indents left margin; change for horiz. menu */
margin-top:0px; /* change to 1 or 2px for top space between
buttons*/
padding: 2px 5px 2px 5px;
/* padding numbers = top : right : bottom :
left ; */
text-decoration:none;
/font-family:arial;/
font-weight:bold;
text-align:center;
background-color: #F0F0F0;
color: MidnightBlue;
font-size:9pt;
border: 1px MidnightBlue ridge;
}
a.naw:hover {
border: 1px orange ridge;
}
</style>
<a class=naw onClick="javascript:history.back();" target="_self">
Powrót
</a>
<a class=naw href="/doku.php?id=pakiet5:nowy_podrecznik" target="_self">
Spis treści
</a>
<a class=naw href="/doku.php?id=pakiet5:nowy_podrecznik:pomoc" target="_self">
Dalej
</a>
Po dalsze informacje na temat korzystania z gLite zapraszamy do następnego rozdziału.</html>