Warning | ||
---|---|---|
| ||
Usługa gLite została wycofana z Infrastruktury PLGrid. |
Table of Contents | ||||
---|---|---|---|---|
|
...
Certyfikat użytkownika, którego klucz prywatny jest zabezpieczony hasłem, służy do wygenerowania i podpisania tymczasowego certyfikatu, zwanego proxy (z ang. pośrednik). Przeznaczeniem proxy jest umożliwienie identyfikacji użytkownika w gridzie. Ponieważ po generacji użwanie proxy nie wymaga hasła, ważnym jest aby plik go zawierający był jedynie do odczytu dla użytkownika (jest to ustawienie domyślnie). Aby zwiększyć bezpieczeństwo, proxy ma krótki okres życia, np. 12h, znacznie krótszy niż przeciętny certyfikat.
Tworzenie proxy
Code Block |
---|
$ voms-proxy-init --voms <VO> |
<VO> - wirtualna organizacja np. vo.plgrid.pl
Powyższą komendą oprócz utworzenia proxy, można także przedłużyć już istniejący.
Tworzenie proxy na określony czas
Code Block |
---|
$ voms-proxy-init -valid <H:M> |
Code Block |
---|
$ voms-proxy-init --voms <VO> -valid <H:M> |
<H:M> - czas godziny:minuty
Należy pamiętać, że im dłuższy okres życia proxy tym większe niebezpieczeństwo przechwycenia przez niepowołaną osobę.
Uzyskanie informacji o istniejącym proxy
Code Block |
---|
$ voms-proxy-info |
Dzięki tej komendzie, możemy dowiedzieć się jak długo jeszcze będzie żyć nasze proxy.
Niszczenie proxy po wykonaniu obliczeń
Code Block |
---|
$ voms-proxy-destroy |
Po zakończeniu pracy należy zniszczyć proxy, tak aby zmniejszć ryzyko przechwycenia przez niepowołaną osobę.
Wartym uwagi jest fakt, iż jeśli okres życia proxy skończy się, kiedy w gridzie mamy puszczone zadanie, nie zostanie ono wykonane.
...
W celu policzenia zadania na gridzie, możemy sprawdzić czy istnieją takie CE w naszej VO, które nam to umożliwią
Code Block |
---|
$ glite-wms-job-list-match -a job.jdl
Connecting to the service https://rb1.cyf-kr.edu.pl:7443/glite_wms_wmproxy_server
==========================================================================
COMPUTING ELEMENT IDs LIST
The following CE(s) matching your job requirements have been found:
*CEId*
- ce.cyf-kr.edu.pl:2119/jobmanager-pbs-gaussian
- ce.reef.man.poznan.pl:2119/jobmanager-pbs-gaussian
- ce.ulakbim.gov.tr:2119/jobmanager-lcgpbs-gaussian
- grid01.erciyes.edu.tr:2119/jobmanager-lcgpbs-gaussian
==========================================================================
|
Możemy też wyświetlić wszystkie dostępne CE na VO (gaussian), wraz z informacją o powiązanych procesorach
Code Block |
---|
$ lcg-infosites --vo gaussian ce
#CPU Free Total Jobs Running Waiting ComputingElement
----------------------------------------------------------
22 20 0 0 0 ce.ulakbim.gov.tr:2119/jobmanager-lcgpbs-gaussian
1792 908 0 0 0 ce.reef.man.poznan.pl:2119/jobmanager-pbs-gaussian
2312 487 0 0 0 ce.cyf-kr.edu.pl:2119/jobmanager-pbs-gaussian
56 54 1 0 1 grid01.erciyes.edu.tr:2119/jobmanager-lcgpbs-gaussian
1792 914 0 0 0 creamce.reef.man.poznan.pl:8443/cream-pbs-gaussian
|
Podobnie możemy też uzyskać informacje o zasobach dyskowych (SE) dostępnych na VO
Code Block |
---|
$ lcg-infosites --vo gaussian se
Avail Space(Kb) Used Space(Kb) Type SEs
----------------------------------------------------------
24394342856 4861111830 n.a dpm.cyf-kr.edu.pl
n.a n.a n.a grid02.erciyes.edu.tr
6320000000 2 n.a se.reef.man.poznan.pl
2680000000 n.a n.a se.ulakbim.gov.tr
|
Wysyłamy zadanie
Code Block |
---|
$ glite-wms-job-submit -a job.jdl
Connecting to the service https://rb1.cyf-kr.edu.pl:7443/glite_wms_wmproxy_server
====================== glite-wms-job-submit Success ======================
The job has been successfully submitted to the WMProxy
Your job identifier is:
https://lb.grid.cyf-kr.edu.pl:9000/AgP9eWoJf0l4YMiESWrRow
==========================================================================
|
Sprawdzamy status wysłanego zadania, wykorzystując przydzielony identyfikator
Code Block |
---|
$ glite-wms-job-status https://lb.grid.cyf-kr.edu.pl:9000/qn69-B5xUIl40yY5oP9f9Q
*************************************************************
BOOKKEEPING INFORMATION:
Status info for the Job : https://lb.grid.cyf-kr.edu.pl:9000/qn69-B5xUIl40yY5oP9f9Q
Current Status: Waiting
Submitted: Thu Jul 23 10:32:46 2009 CEST
*************************************************************
|
Powtarzając powyższą komendę, będziemy mogli zaobserwować zmieniający się status naszego zadania
Code Block |
---|
Current Status: Ready
Current Status: Scheduled
Current Status: Running
|
Ostatecznie powinniśmy otrzymać informację o prawidłowym zakończeniu obliczeń
Code Block |
---|
$ glite-wms-job-status https://lb.grid.cyf-kr.edu.pl:9000/qn69-B5xUIl40yY5oP9f9Q
*************************************************************
BOOKKEEPING INFORMATION:
Status info for the Job : https://lb.grid.cyf-kr.edu.pl:9000/qn69-B5xUIl40yY5oP9f9Q
Current Status: Done (Success)
Exit code: 0
Status Reason: Job terminated successfully
Destination: ce.cyf-kr.edu.pl:2119/jobmanager-pbs-gaussian
Submitted: Thu Jul 23 10:32:46 2009 CEST
*************************************************************
|
...
verbosity_value może przyjmować wartości [0|1|2|3]
Kiedy już zadanie się zakończy, możemy pobrać otrzymane wyniki do katalogu output
Code Block |
---|
$ glite-wms-job-output --dir output https://lb.grid.cyf-kr.edu.pl:9000/qn69-B5xUIl40yY5oP9f9Q
Connecting to the service https://149.156.9.29:7443/glite_wms_wmproxy_server
================================================================================
JOB GET OUTPUT OUTCOME
Output sandbox files for the job:
https://lb.grid.cyf-kr.edu.pl:9000/qn69-B5xUIl40yY5oP9f9Q
have been successfully retrieved and stored in the directory:
/home/people/.../.../job1/output
================================================================================
$ cd output/
$ ls
job.err job.out
|
Dzięki możliwości zapisania jobId do pliku, nie musimy go "pamiętać" podczas wykonywania poleceń z jego użyciem
Code Block |
---|
...
$ glite-wms-job-submit -a -o jobId job.jdl
|
Code Block |
---|
...
$ glite-wms-job-status -i jobId
|
...
Ponieważ InputSandbox oraz OutputSandbox specyfikowane w deskrypcji zadania gridowego (pliku JDL) nie mogą być zbyt duże (łączna wielkość plików przesyłanych w ten sposób powinna być mniejsza niż 10-15 MB) dla większych plików przewidziano możliwość przechowywania ich na gridowych zasobach dyskowych zwanych Storage Elements i dostarczanie ich do zadań innymi metodami. Zostały one opisane poniżej.
Każda Wirtualna Organizacja (VO) posiada przestrzeń dyskową na jednym lub kilku specjalnych zasobach tzw. Storage Elements (SE). W celu łatwiejszego dostępu do plików istnieje dodatkowo tzw. LCG File Catalogue (LFC), który przypomina normalną strukturę katalogów na komputerze kontrolowanym przez system z rodziny Unix/Linux. Każdy plik znajdujący się w LFC posiada swoją własną unikalną nazwę w obrębie LFC zwaną Logical File Name (LFN) oraz unikalny identyfikator pliku - Global Unique Identifier (GUID). Ponieważ LFC jest warstwą przykrywającą warstwę Storege Elements (SE) każdy z plików w LFC może posiadać kilka replik w różnych SE. Każda replika jest opisana przez tzw. Storage URL (SURL), który zawiera informacje o o fizycznej lokalizacji repliki pliku.
Code Block |
---|
lfn:/grid/vo.plgrid.pl/user01/test.txt
lfn:/grid/vo.plgrid.pl/user03/podkatalog/test.txt
lfn:/grid/vo.plgrid.pl/user10/podkatalog/podkatalog2/duzyplik.tgz
surl://dpm.cyf-kr.edu.pl/dpm/cyf-kr.edu.pl/home/vo.plgrid.pl/generated/2012-06-13/file7fe84ed8-1c9e-4be3-88e5-ac943c2c4bde
surl://se.reef.man.poznan.pl/dpm/reef.man.poznan.pl/home/vo.plgrid.pl/generated/2012-06-13/fileba95a559-21eb-4ffc-b154-14d2b706c488
|
Informacje o dostępnych serwisach katalogujących pliki (serwerach LFC) dostępnych w danej VO można sprawdzić komendą:
Code Block |
---|
lcg-infosites --vo <VO> lfc |
Code Block |
---|
$ lcg-infosites --vo vo.plgrid.pl lfc lfc.grid.cyf-kr.edu.pl |
...
Code Block |
---|
export LFC_HOST=`lcg-infosites --vo <VO> lfc` |
Code Block |
---|
export LFC_HOST=`lcg-infosites --vo vo.plgrid.pl lfc` |
Informacje o dostępnych serwisach dyskowych (SE) dostępnych w danej VO można sprawdzić komendą:
Code Block |
---|
lcg-infosites --vo <VO> se |
Code Block |
---|
$ lcg-infosites --vo vo.plgrid.pl se Avail Space(kB) Used Space(kB) Type SE ------------------------------------------ 292295225 137201503 SRM darkmass.wcss.wroc.pl 29928427150 20872410458 SRM dpm.cyf-kr.edu.pl 1071025899 11233691 SRM se.grid.task.gda.pl 265041106 286414563 SRM se.polgrid.pl n.a 25093075 SRM se.polgrid.pl n.a 4778672492 SRM se.polgrid.pl 15586307152 6834952586 SRM se.reef.man.poznan.pl |
...
Code Block |
---|
lcg-infosites --vo <VO> se |
Code Block |
---|
$ lcg-infosites --vo vo.plgrid.pl closeSE Name of the CE: ce.reef.man.poznan.pl:2119/jobmanager-pbs-plgrid se.reef.man.poznan.pl Name of the CE: ce1.grid.icm.edu.pl:8443/cream-pbs-plgrid Name of the CE: ce1.grid.icm.edu.pl:8443/cream-pbs-plgrid-long Name of the CE: ce9.grid.icm.edu.pl:8443/cream-pbs-plgrid se.polgrid.pl .... |
...
Listę katalogów dostępnych w LFC można sprawdzić komendą:
Code Block |
---|
lfc-ls <nazwa_katalogu_w_LFC> |
Code Block |
---|
$ lfc-ls /grid alice atlas belle bgtut gaussian sbelledev vo.nedm.cyfronet.pl vo.neugrid.eu vo.plgrid.pl vo.turbomole.cyfronet.pl |
...
Code Block |
---|
$ lfc-ls -l <nazwa_katalogu_w_LFC> |
Code Block |
---|
$ lfc-ls -l /grid drwxrwxr-x 0 root 125 0 Mar 18 2010 alice drwxrwxr-x 1 root 126 0 Mar 18 2010 atlas drwxrwxr-x 0 root 127 0 Mar 18 2010 belle drwxrwxr-x 39 root 102 0 Nov 25 2009 bgtut drwxrwxr-x 6 root 101 0 Mar 07 18:07 gaussian drwxrwxr-x 0 root 105 0 Jun 02 2009 sbelledev drwxrwxr-x 3 root 112 0 Dec 10 2009 vo.nedm.cyfronet.pl drwxrwxr-x 1 root 128 0 May 03 2010 vo.neugrid.eu drwxrwxr-x 248 root 103 0 Jun 13 13:10 vo.plgrid.pl drwxrwxr-x 1 root 113 0 Nov 10 2009 vo.turbomole.cyfronet.pl |
Katalogi tworzy się komendą:
Code Block |
---|
lfc-mkdir <scieżka_katalogu_do_utworzenia> |
Code Block |
---|
lfc-mkdir /grid/vo.plgrid.pl/$USER |
Do wyświetlania praw dostępu do katalogów/plików w LFC służy komenda:
Code Block |
---|
lfc-getacl <ścieżka i nazwa pliku lub katalogu> |
Code Block |
---|
$ lfc-getacl /grid/vo.plgrid.pl/$USER/testFile.txt # file: /grid/vo.plgrid.pl/<login>/testFile.txt # owner: /C=PL/O=GRID/O=<nazwa_organizacji>/CN=<nazwa_uzytkownika> # group: vo.plgrid.pl user::rw- group::rw- #effective:rw- other::r-- |
Kopiowanie pliku na SE i jego jednoczesna rejestracja w katalogu na LFC wykonuje się komendą:
...
Uwaga: Nadpisywanie plików nie jest możliwe. W celu podmiany pliku należy najpierw skasować plik z LFC i następnie wgrać nową wersję pliku.
Code Block |
---|
$ lcg-cr -l lfn:/grid/vo.plgrid.pl/$USER/testFile.txt file://$HOME/tutorial/test.txt guid:0721ab19-3e73-40f4-bbec-f92c6a772423 |
Każdy z plików przechowywanych w LFC jest tak na prawdę przechowywany w jednej lub wielu kopiach na poszczególnych SE. Kopie te zwane są replikami. W przypadku dużych plików dobrze jest posiadać repliki na SE bliskich CE gdzie będą się wykonywały obliczenia z wykorzystaniem tych plików. Do listowania wszyskich replik danego pliku służy polecenie:
Code Block |
---|
$ lcg-lr lfn:<ścieżka i nazwa pliku> |
Code Block |
---|
$ lcg-lr lfn:/grid/vo.plgrid.pl/$USER/testFile.txt srm://dpm.cyf-kr.edu.pl/dpm/cyf-kr.edu.pl/home/vo.plgrid.pl/generated/2012-06-13/file7fe84ed8-1c9e-4be3-88e5-ac943c2c4bde srm://se.reef.man.poznan.pl/dpm/reef.man.poznan.pl/home/vo.plgrid.pl/generated/2012-06-13/fileba95a559-21eb-4ffc-b154-14d2b706c488 |
Do tworzenia nowej repliki pliku na innym SE służy komenda:
...
–d
pozwala na wybranie SE, na którym zamierzamy składować plikCode Block |
---|
$ lcg-rep -d se.reef.man.poznan.pl lfn:/grid/vo.plgrid.pl/$USER/testFile.txt |
Do pobierania pliku z LFC na lokalny dysk twardy (np. na WN, gdzie wykonuje się zadanie) służy komenda:
Code Block |
---|
$ lcg-cp lfn:<ścieżka i nazwa pliku> |
Code Block |
---|
$ lcg-cp lfn://grid/vo.plgrid.pl/$USER/testFile.txt file://$HOME/tutorial/dowloaded.txt |
Do usuwania pliku z LFC służy komenda:
Code Block |
---|
lcg-del -a lfn:<ścieżka i nazwa pliku> |
Code Block |
---|
$ lcg-del -a lfn:/grid/vo.plgrid.pl/$USER/testFile.txt |
Do tworzenia skrótu do pliku w LFC służy komenda:
Code Block |
---|
lcg-aa --vo vo.plgrid.pl <GUID> lfn:/<ścieżka i nazwa pliku> |
Code Block |
---|
$ lcg-aa --vo vo.plgrid.pl guid:0721ab19-3e73-40f4-bbec-f92c6a772423 lfn:/grid/vo.plgrid.pl/$USER/testFile.alias |
Do uzyskania GUID dla zadanego LFN lub SURL służy komenda:
Code Block |
---|
lcg-lg lfn:<ścieżka i nazwa pliku> |
Code Block |
---|
$ lcg-lg lfn:/grid/vo.plgrid.pl/$USER/testFile.txt guid:cc50581f-9604-4cd2-b599-ed384be533c3 |
Po wysłaniu zadania na grid utrudniony jest dostęp do plików generowanych poprzez obliczenia. Do ich podglądu specjalny mechanizm tzw. perusal. By z niego skorzystać należy:
PerusalFileEnable = true;
oraz PerusalTimeInterval = czas_sekundach;
(np. PerusalTimeInterval = 1800;
- jest to czas pomiędzy wysyłaniem przez zadania kolejnych uaktualnień pliku na WMS)po wysłaniu zadania na grid należy uruchomić mechanizm "podglądania" plików komendą (oczywiście wymieniając tylko te pliki, których podgląd jest pożądany):
Code Block |
---|
glite-wms-job-perusal --set -f <file1> -f <file2> <jobId> |
do zobaczenia aktualnego stanu podglądanego pliku należy użyć komendy:
Code Block |
---|
glite-wms-job-perusal --get -f <file> <jobId> |
-all
zczytuje cały plik od początku. Domyślnie pobierana jest tylko część pliku zmieniona po ostatnim użyciu komendy glite-wms-job-perusal --get -f <file> <jobId>
--dir <dir>
zapisuje podglądany plik do podkatalogu <dir> katalogu, z którego wywołana została komenda. Standardowo plik jest zapisywany w katalogu /tmp/<jobId>
Gdy podglądanie pliku przestaje być potrzebne należy wyłączyć mechanizm perusal poleceniem
Code Block |
---|
glite-wms-job-perusal --unset <jobId> |
Ważne: Opisany mechanizm w przypadku bardzo dużych plików może nadmiernie obciążać serwer WMS. Prosimy o stosowanie z rozwagą.
Podczas uruchamiania długo wykonujących się zadań, zalecane jest skorzystanie z długoterminowego proxy. W tym celu należy:
Ustawić zmienną MYPROXY_SERVER_DN na "/C=PL/O=GRID/O=Cyfronet/CN=myproxy.grid.cyf-kr.edu.pl" np. używając powłoki bash komendą:
Code Block |
---|
$ export MYPROXY_SERVER_DN="/C=PL/O=GRID/O=Cyfronet/CN=myproxy.grid.cyf-kr.edu.pl" |
Wygenerować standardowe proxy ważne przynajmniej przez 45 minut
Code Block |
---|
$ voms-proxy-init --voms <VO> |
Stworzyć i zapisać proxy długoterminowe:
Code Block |
---|
$ myproxy-init -s myproxy.grid.cyfronet.pl -d -n --voms <VO> |
gdzie:
-s – specyfikuje hostname maszyny gdzie jest uruchomiony serwer MyProxy;
-d – powoduje, że serwer pośredniczący (serwer proxy) kojarzy DN użytkownika z ustanawianym pośrednikiem (proxy);
-n – powoduje pominięcie użycia hasła dostępu do długoterminowego proxy, dzięki czemu odnawianie proxy może następować automatycznie.
-voms <VO> – dodaje rozszerzenie VO do proxy
Dodatkowo, do obsługi MyProxy przydatne są poniższe komendy:
Informacje na temat utworzonego długoterminowego proxy:
Code Block |
---|
$ myproxy-info -s myproxy.grid.cyfronet.pl -d |
Po zakończeniu zadania, proxy długoterminowe może zostać usunięte komendą:
Code Block |
---|
$ myproxy-destroy -s myproxy.grid.cyf-kr.edu.pl -d |
<html>
<style type="text/css">
a.naw {
width:100px;
display:inline; /* change to inline for horizontal menu */
margin-left:5px; /*indents left margin; change for horiz. menu */
margin-top:0px; /* change to 1 or 2px for top space between
buttons*/
padding: 2px 5px 2px 5px;
/* padding numbers = top : right : bottom :
left ; */
text-decoration:none;
/font-family:arial;/
font-weight:bold;
text-align:center;
background-color: #F0F0F0;
color: MidnightBlue;
font-size:9pt;
border: 1px MidnightBlue ridge;
}
a.naw:hover {
border: 1px orange ridge;
}
</style>
<a class=naw onClick="javascript:history.back();" target="_self">
Powrót
</a>
<a class=naw href="/doku.php?id=pakiet5:nowy_podrecznik" target="_self">
Spis treści
</a>
W zasadzie - nic więcej, tylko liczyć. W razie pytań lub problemów warto zajrzeć na stronę Gdzie szukać pomocy?</html>