- Otwórz stronę http://insilicolab.chemia.plgrid.pl
- Wykonaj eksperyment Obliczenia metodami chemii kwantowej
- Wykonaj ekperyment Trajectory Sculptor - półautomatyczne przycinanie dużych układów molekularnych
- Utwórz nowy eksperyment typu Trajectory Sculptor.
- Wgraj plik z uzyskaną wcześniej trajektorią układu cząstek e2-200.xyz.bz2 składającą się z 200 ramek
- Przejrzyj kilka z klatek wgranej w poprzednim punkcie trajektorii
- Ponieważ trajektorię uzyskano w obliczeniach z periodycznymi warunkami brzegowymi o długości periodu 44.7302 A w każdym z kierunków, ustaw odpowiednio warunki analizy
- Atomy badanej cząsteczki organicznej (tzw. solutu) znajdują się na początku każdej z ramek trajektorii i jest ich 38. Ustaw odpowiednio parametry poszukiwania solutu.
- Badany układ zawiera 3 rodzaje cząsteczek rozpuszczalnika: acetonitryl (o sekwencji atomów CNCHHH), jony nadchloranowe (o sekwencji ClOOOO) oraz kationy litu (Li). Ustaw odpowiednio parametry wyszukiwania cząsteczek rozpuszczalnika.
- Sprawdź czy portal rzeczywiście znalazł wyspecyfikowane cząsteczki
- Wybierz dla każdego z rozpuszczalników jedną z metod ustalania odległości i wytnij układ tak by pozostało jedynie 40 cząsteczek acetonitrylu, 1 jon nadchloranowy oraz 1 kation litu.
- Oglądnij geometrię przyciętego układu.
- Wybierz kilka z wszystkich ramek trajektorii i uruchom eksperyment, by z każdej z nich został przycięty wybrany układ.
- Po wygenerowaniu nowych geometrii przyciętego układu użyj ich do nowego eksperymentu kwantowochemicznego
- Przeprowadź obliczenia kwantowochemiczne przy użyciu programu Gaussian analogiczne do przyładowych zawartych w pliku pm3.gjf
- Przeanalizuj uzyskane wyniki
Page History
Overview
Content Tools