Page History
Krótki opis usługi
Usługa pozwala wyszukiwać asocjacje w danych GWAS, wykorzystując metodę selekcji zmiennych Boruta i szybki, stochastyczny klasyfikator, paprocie losowe. Formalnie program duplikuje funkcjonalność kanonicznych implementacji tych narzędzi, pozwala jednak analizować dane GWAS szybciej i z użyciem mniejszych zasobów.
Aktywowanie usługi
Aby skorzystać z usługi należy mieć konto w projekcie PL-Grid (Zakładanie konta w portalu PL-Grid) wraz z aktywnym grantem (Granty obliczeniowe). Oprogramowanie składa się z kilku aplikacji konsolowych, można z nich korzystać zarówno bezpośrednio na systemie obliczeniowym (w trybie interaktywnym lub w skryptach) lub w skryptach uruchamianych za pośrednictwem systemu UNICORE.
Pierwsze kroki
Pierwszym krokiem jest konwersja danych GWAS na format bsi natywny i zrozumiały dla narzędzia borsnip; służą do tego programy pomocnicze plink2bsi i gen2bsi które akceptują binary plikozbiór narzędzia Plink (trójka .bed .bim i .fam) oraz format GEN (.gen). Dane rozbite na podzbiory (np. oddzielnie chromosomy albo oddzielnie obiekty z różnych grup) należy wcześniej połączyć korzystając z innego narzędzia.
Decyzję należy zachować oddzielnie, jako plik tekstowy z klasami zakodowanymi jako liczby od 0..(#klas-1), po jednej na linię. Połączenie z danymi genomicznymi odbywa się na zasadzie wspólnej kolejności. Jeśli plik/i/ danych zawiera już decyzję, zostanie ona zignorowana.
Przykładowo, zakładając że decyzja jest w pliku input.dec, jeśli mamy dane w formacie Plink jako pliki input.bed, input.bim i input.bed, a chcemy przepakować dane do pliku wejściowego borsnip test.bsi, należy wywołać:
plink2bsi input input.dec test.bsiJeśli mamy plik w formacie GEN, input.gen, należy wywołać:
gen2bsi input.gen input.dec test.bsiW zasadniczym zadaniu należy zamieścić wywołanie głównego programu, borsnip.
borsnip -D 5 -N 100000 test.bsiParametr N (liczba paproci) powinien być nie mniejszy niż liczba analizowanych zmienności, podczas gdy parametr D (głębokość paproci) należy dopasować do złożoności problemu.
Wynikiem będzie tabela podobna do
rs999969 Confirmed 25 25
rs9999966 Rejected 0 11
rs9999662 Rejected 0 11
rs9999931 Confirmed 25 25
rs9999604 Rejected 0 11
Pierwsza kolumna to identyfikator zmienności, skopiowany z pliku wejściowego, druga to decyzja narzędzia (Confirmed dla istotnej asocjacji, Rejected dla nieistotnej, Tentative dla braku decyzji). Kolejne dwie kolumny to odpowiednio liczba zaliczonych i przeprowadzonych testów istotności dla zmienności.
Wywołanie borsnip z parametrem -h wyświetli listę dostępnych opcji. W szczególności, flagą -s można ustawić ziarno generatora pseudolosowego by zapewnić reprodukowalność obliczeń. Flaga -j przełącza output z tabeli na czytelny maszynowo format JSON, zawierający również dodatkowe informacje.
Gdzie szukać dalszych informacji?
Metoda Boruta jest opisana w artykułach http://www.jstatsoft.org/v36/i11/paper i http://www.biomedcentral.com/1471-2105/15/8
| Info |
|---|
Poniższy szablon należy odpowiednio uzupełnić.
|
...
Wstawianie odnośników do innych stron podręcznika
Przy wstawianiu linków do stron wewnętrznych Podręcznika użytkownika (np. certyfikat="Aplikowanie, rejestracja i użycie certyfikatu"' założenie konta="Zakładanie konta w portalu"; Pomoc="Gdzie szukać pomocy") należy w trybie edycji strony:
- wpisać tekst, pod który będzie podpięty link
- zaznaczyć tekst
- wstawić link (Ctrl+K lub ikona Link na pasku narzędzi)
- wybrać opcję Search z lewej strony okna Insert Link
- w pasku po prawej wpisać tytuł strony (lub zacząć wpisywać tytuł i wybrać właściwą stronę z pojawiających się podpowiedzi)
- zatwierdzić wybraną stronę opcją Insert w prawym dolnym rogu
Efekt powyższego opisu można zobaczyć klikając lewym klawiszem myszki (w trybie edycji strony) na dowolny link w tym oknie informacji. Pojawi się pole, w którym do wyboru będzie opcja Edit, którą klikamy. Pojawi się okno Edit link, z aktywnym polem Search i nazwą strony wewnętrznej podręcznika.
Przy wstawianiu linków do konkretnych sekcji (akapitów) na wybranej stronie, np. Certyfikaty Simple CA ="Aplikowanie, rejestracja i użycie certyfikatu#Certyfikaty Simple CA", należy nazwę strony wraz z tytułem sekcji, rozdzielone znakiem #, podać w opcji Advanced w okienku link. Przy wstawianiu nazwy stron istotne jest zachowanie znaków spacji pomiędzy wyrazami oraz braków spacji pomiędzy #.
LINKI ZEWNĘTRZNE
Linki zewnętrzne np. do strony PL-Grid wstawiamy w oknie Insert Link (Ctrl+K) w opcji Web Link.
| Info |
|---|
| Pomoc w pisaniu stron w Confluence: https://confluence.atlassian.com/display/DOC/Using+the+Editor |
Krótki opis usługi
Dla kogo jest przeznaczona, jakie najważniejsze możliwości oferuje?
Aktywowanie usługi
Co należy aktywować, aby móc skorzystać z usługi? (Założenie konta, certyfikat, grant?, aktywacja konkretnych usług w portalu). Należy pamiętać o istnieniu rozdziałów ogólnych podręcznika, do których warto się odwołać.
Ograniczenia w korzystaniu (podsekcja opcjonalna)
Tutaj wpisujemy specjalne zasady korzystania z usługi jeśli takowe są np. konieczność ustawienia grantu domyślnego, zakaz uruchamiania intensywnych zadań na UI itp. Jeśli takowych nie ma to należy tę podsekcję usunąć.
Pierwsze kroki
Koniecznie z przykładowymi zrzutami ekranu lub fragmentami kodu.
Zaawansowane użycie
Ewentualnie jako osobny podrozdział.
Gdzie szukać dalszych informacji?
Strony zewnętrzne (jeśli są), odnośnik do helpdesku lub strony dokumentacji o pomocy.
| Info |
|---|
| Można też dodać sekcję "Co dalej?" ze wskazaniem (odnośnikiem) do dalszej części dokumentacji, o ile jest wymagana. |
oraz na stronie metody https://m2.icm.edu.pl/boruta, zaś metoda paproci losowych w artykule http://www.jstatsoft.org/v61/i10/paper. Wszelkie pytania prosimy kierować do opiekuna aplikacji, na adres M.Kursa@icm.edu.pl.
Overview
Content Tools