Page tree

Versions Compared

Key

  • This line was added.
  • This line was removed.
  • Formatting was changed.

...

  • Rejestracja(założenie konta)
    Rejestracja dotyczy tylko osób które nie mają jeszcze konta w portalu PL-Grid. Przy  Opis rejestracji wskazane jest utworzenie konta "zwykłego" użytkownika, chyba, że rejestracja następuje tylko na potrzeby szkolenia, zgodnie z opisem w podręczniku użytkownikaw Infrastrukturze PLGrid.
  • Wystąpienie o certyfikat
    Certyfikat jest niezbędny do uruchamiania zadań w PL-Grid. Do pracy wystarczy certyfikat SimpleCA. Sposób jego uzyskiwania opisany jest w osobnym rozdziale podręcznika – poprzez zakładkę Moje konto w portalu i przycisk "wygeneruj certyfikat SimpleCA".
  • Wystąpienie o grant obliczeniowy (opcjonalnie)
    Każdy użytkownik po założeniu konta otrzymuje automatycznie grant osobisty testowy (czyli minimalną pulę zasobów - 1000 godzin obliczeniowych i 40 10 GB pamięci dyskowej per ośrodek z wyłączeniem klastra Prometheus). Grant osobisty testowy pozwala na szybkie rozpoczęcie pracy. W miarę prowadzenia obliczeń wskazane jest wystąpienie o grant tzw. "właściwy".
  • Aktywowanie usługi
    W celu wykonania poniższych ćwiczeń konieczne jest uzyskanie dostępu do usługi QCG (procedura aplikowania o dostęp do QCG jest opisana tutaj).

...

Zasadniczym celem poniższego samouczka jest prezentacja różnych metod pozwalających na uruchomienie zadania obliczeniowego w programie Gaussian za pośrednictwem klienta konsolowego Simple usługi QCG. Przykład 1 prezentuje w jaki sposób zlecić zadanie z wykorzystaniem wbudowanego w język QCG Simple  interfejsu do aplikacji Gaussianmechanizmu obsługi aplikacji Gaussian w systemie QCG. Przykład 2 pokazuje jak uruchamiać to samo zadanie za pośrednictwem mechanizmu modułów.ręcznego ładowania modułów. Główna różnica pomiędzy obiema metodami polega na dodatkowych akcjach jakie są wykonywane przez mechanizm obsługi aplikacji Gaussian w systemie QCG (Przykład 1). Wykonują one:

  • automatyczne dostosowanie parametrów pamięciowych opisu zadania Gaussian do wymagań zdefiniowanych w zadaniu,
  • konwersja pliku z opisem zadania do formatu UNIX,
  • automatyczne wykonanie polecenia formchk na pliku wyjściowym checkpoint.

We wszystkich przykładach będziemy korzystać z przykładowego pliku wsadowego do programu Gaussian sample.com (celem obliczeń zdefiniowanych w tym pliku jest optymalizacja struktury i analiza częstotliwości drgań dla cząsteczki etanolu na poziomie B3LYP/3-21g).

...

Do uruchamiania zadań wykorzystamy mechanizm klienta konsolowego QCG Simple. W celu skorzystania z klienta należy zalogować się na maszynę dostępową z zainstalowanym oprogramowaniem klienckim. Aktualnie istnieje kilka interfejsów użytkownika (User Interface, UI) do infrastruktury. Dane dostępowe tych maszyn można znaleźć tutaj. Z jedną z maszyn dostępowych należy połączyć się wykorzystując protokół ssh. W celu użytkownik o loginie plguser ponien w terminalu wydać polecenie:

...

Hasło na wszystkich UI jest takie jak w portalu PLGrid.

 


Następnie należy utworzyć w bieżącym katalogu plik sample.com będący plikiem wsadowym do programu Gaussian. Oprócz tego potrzebny jest plik specyfikujący uruchomieni zadania za pomocą klienta QCG. Przykładowy plik służący do uruchomienia zadania (sample.qcg) wygląda tak:

...

Code Block
#QCG queue=plgrid-testing
#QCG name=et_modul
#QCG note=etanol Gaussian
#QCG output=${JOB_ID}.output
#QCG error=${JOB_ID}.error
#QCG stage-in-file=sample.com -> sample.com
#QCG stage-out-file=wynik.tar -> ${JOB_ID}.tar
#QCG nodes=1:1:1
#QCG host=novabem
#QCG persistent
#QCG walltime=PT1H
#QCG memory=1900

#QCG postprocess=tar cvf wynik.tar *

module load gaussian/g09.B.01
cat sample.com | g09 >& sample.log

...

Należy również zwrócić uwagę na linię ze słowem kluczowym QCG host. Pozwala ona na kontrolowanie, na którym klastrze zadanie się wykona. W tym wypadku obliczenia zostaną uruchomione na klastrze supernovabem.wcss.wroc.pl (alias novabem).

O czym warto pamiętać

Narzędzia i usługi QCG oferują dodatkową funkcjonalność jak na przykład monitorowanie stanu zadania (usługa QCG-Monitoring).

Pełny zestaw narzędzi i ich zakres funkcjonalności opisany jest na stronie (Uruchamianie zadań przez QosCosGrid).

 


Dalsze informacje

Pełna informacja dotycząca narzędzia QCG-SimpleClient dostępna jest w osobnym rodziale - QCG-SimpleClient.