...
Aby skorzystać z usługi InSilicoLab for Chemistry należy aktywować ją w Portalu PL-Grid. Jest ona dostępna w katalogu usług w dziale "Platforma dziedzinowa: chemia"katalogu aplikacji i usług.
Dodatkowo, do wykonywania obliczeń kwantowochemicznych, wymagane jest aktywowanie usługi "Globalny dostęp gLite" dostępnej w katalogu usług w dziale "Usługi globalne". Aktywowanie tej usługi może się odbyć wyłącznie po zarejestrowaniu conajmniej co najmniej jednego certyfikatu osobistego w Portalu PL-Grid - informację na temat temat rejestracji oraz oraz możliwości uzyskania certyfikatu certyfikatu można znaleźć w rozdziale "Aplikowanie, rejestracja i użycie certyfikatu" niniejszego rozdziale "Pierwsze kroki w Portalu Użytkownika" niniejszego podręcznika.
Uwaga: Zaraz po aktywowaniu usługi "Globalny dostęp gLite" informacje na temat konta użytkownika muszą zostać przekazane do infrastruktury - ten proces może trwać maksymalnie do 6 godzin. W tym czasie może nie być dostępna pełna funkcjonalność eksperymentów kwantowochemicznych (uruchamianie eksperymentów oraz pobieranie danych). Po spropagowaniu wszystkich danych pełna funkcjonalność systemu jest dostępna.
Wykonywanie obliczeń z użyciem pakietu TeraChem wymaga także aktywowania dodatkowych usług:
Zwracamy również uwagę że, w związku z przejściem na nowy system scratch na maszynie Zeus, dla osób które używały starego systemu scratch, konieczne jest przełączenie na nowy. Sprawdzenia, który system jest używany można dokonać wyświetlając zmienną $SCRATCH (echo $SCRATCH
) - powinna ona wskazywać /mnt/lustre/scratch2/people/<nazwa_użytkownika>
. Przełączenia na nowy system scratch można dokonać w następujący sposób:
...
Informacje dotyczące usług i ich aktywowania można znaleźć w rozdziale "Usługi" niniejszego podręcznika podręczniku użytkownika.
Należy połączyć się z serwerem usługi
httphttps://insilicolab.chemia.plgrid.pl/
Po wejściu do usługi, otwiera się ekran. Jeśli nie byliśmy wcześniej zalogowani do usługi, dostępny jest dla nas jedynie ekran anonimowego użytkownika. Logowanie do własnego konta następuje po przyciśnięciu przycisku Log in... i jest możliwe jest na dwa sposoby:
...
Po połączeniu się z serwerem usługi
httphttps://insilicolab.chemia.plgrid.pl
przejściu do portalu InSilicoLab i skonfigurowaniu proxy (patrz Pierwsze kroki) z menu Create a new experiment wybieramy pozycję Trajectory Sculptor. W przeglądarce otworzy się karta eksperymentu pozwalającego przygotować dane do obliczeń kwantowochemicznych poprzez wycięcie wybranych fragmentów układu z ramek trajektorii dynamiki molekularnej.
...
Dostępny na klastrze Zeus program TeraChem pozwala na przyspieszenie części typowych obliczeń kwantowochemicznych poprzez wykonywanie ich na kartach graficznych NVidia.
Uwaga: aby móc skorzystać z obliczeń TeraChemem, należy aktywować dodatkowe usługi - patrz rozdział Aktywowanie usługi.
Szablon odpowiedniego eksperymentu wywołuje się klikając nazwę TeraChem w głównym menu.
Parametry możliwe do ustawienia w eksperymencie to:
xyz
zawierającego geometrię układuJeśli jako Calculation type wybrano Born-Oppenheimer Dynamics, w dodatkowych polach zadaje się:
Wybór opcji QM/MM pozwala na wykonanie obliczeń, w których część układu traktowana jest na poziomie wybranej metody kwantowochemicznej a otaczające ją cząsteczki wody opisywane są mechaniką molekularną w parametryzacji TIP3P. W takim przypadku należy użyć listy TIP3P water molecules do załadowania pliku xyz
z geometrią cząsteczek wody (część kwantowochemiczna zdefinowana jest przez plik podany w Coordinates file). Cząsteczki wody w pliku zapisywane są kolejno, atomy cząsteczki muszą być podawane w kolejności OHH.
W poniższym przykładzie zażądano wykonania 1000 kroków symulacji dynamiki Borna-Oppenheimera z początkową temperaturą 350 K oraz żądaną temperaturą układu 350 K utrzymywaną przez termostat Langevina. Wybrano kombinowaną metodę QM/MM. Geometria kwantowochemicznej części układu zawarta jest w pliku mc1.xyz
, jej ładunek i multipletowość wynoszą 0 i 1. Obliczenia kwantowochemiczne mają zostać wykonane metodą RB3LYP w bazie 6-31G z uwzględnieniem poprawki dyspersyjnej D3. Gęstość gridu używanego w obliczeniach DFT ustawiono na poziomie 2. Kwantowochemiczna część układu otoczona jest cząsteczkami wody TIP3P o początkowej geometrii zadanej w plikumc1-w.xyz
. Obliczenia mają być wykonane z użyciem 8 kart GPU w ramach domyślnego grantu użytkownika.
Kliknięcie przycisku Run powoduje przesłanie zadania do wykonania na klastrze Zeus.
Po zakończeniu obliczeń użytkownik ma możliwość pobrania pliku log
(output programu TeraChem) oraz pliku tar
z zawartością katalogu scr
(pozostałe pliki wynikowe tworzone przez program).
...