Krótki opis usługi

GeneSpring GX to program do analizy i wizualizacji danych ekspresyjnych. Pozwala poddawać przetwarzaniu dane z mikromacierzy mRNA oraz miRNA, oraz przeprowadzać zintegrowane analizy danych transkryptomicznych, metabolomicznych i proteomicznych. Zaprojektowany specjalnie dla potrzeb biologów, GeneSpring GX oferuje interaktywne środowisko, które pomaga w poszukiwaniach i ułatwia przełożenie danych mikromacierzowych na znaczenie biologiczne. Narzędzie to wspiera wszystkie popularne formaty danych, włącznie z mikromacierzami producentów Agilent, Affymetrix, i Illumina.

Usługa dziedzinowa LifeScience - GeneSpring została utworzona w celu udostępnienia użytkownikom Infrastruktury PL-Grid oprogramowania GeneSpring GX firmy Agillent. Oprogramowanie zainstalowane jest na maszynie z systemem operacyjnym Windows. Dostęp do tej maszyny dla użytkowników realizowany jest za pomocą pulpitu zdalnego (protokół RDP). Adresem dostępowym dla aplikacji klienckiej protokołu RDP jest:

genespring.plgrid.pl

Ze względu na charakter licencji oprogramowania GeneSpring GX, w jednej chwili z usługi może korzystać tylko jeden użytkownik.

Aktywowanie usługi

Do aktywowania usługi GeneSpring niezbędne jest posiadanie konta użytkownika w Portalu PL Grid. Informacje dotyczące zakładania nowego konta dostępne są w podręczniku użytkownika.

Każda osoba posiadająca konto w Portalu PL-Grid ma możliwość korzystania z usługi GeneSpring, po uprzednim aktywowaniu usługi, polegającym na:

• Zalogowaniu się na swoje konto użytkownika w Katalogu aplikacji
• Odnalezieniu i aktywowaniu usługi "GeneSpring - program do analizy i wizualizacji danych ekspresyjnych" (wymaga podania krótkiej motywacji).

Po poprawnym wypełnieniu oraz wysłaniu formularza motywacyjnego, zgłoszenie trafia do eksperta, który po zatwierdzeniu go, aktywuje usługę dla użytkownika. Prosimy o krótką informację odnośnie tematu badań oraz kilku zdań o ich istocie - pozwoli nam to zorientować się w rodzaju narzędzi, jakie mogłyby być interesujące dla użytkowników naszych usług.

Następnie ekspert przesyła użytkownikowi, za pośrednictwem poczty e-mail i/lub wiadomości SMS, niezbędne do zalogowania się dane.

Ograniczenia w korzystaniu (rezerwacja czasu dostępu do usługi)

Ze względu na fakt, że korzystać z usługi może wyłącznie jeden użytkownik w danej chwili. Aktualnie dostęp do usługi odbywa się bez ustalania rezerwacji czasu - prosimy więc o przestrzeganie procedury poprawnego wylogowania się z systemu po zakończeniu pracy z GeneSpring (tak, aby nie utrudniać innym użytkownikom korzystania z usługi). Opis sposobu wylogowania się z maszyny zdalnej znajduje się na końcu tej instrukcji.

Pierwsze kroki

Dostęp do usługi z komputera z systemem Windows

Dla użytkowników korzystających z systemu operacyjnego Windows, dostęp do usługi GeneSpring realizowany jest za pomocą aplikacji Podłączanie pulpitu zdalnego. Aplikacja dostępna jest (w zależności od wersji wykorzystywanego systemu Windows) w menu Start w podmenu Wszystkie programy – Akcesoria – Podłączanie pulpitu zdalnego.

W aplikacji, w polu Komputer należy podać adres do usługi (tj. genespring.plgrid.pl) a następnie kliknąć przycisk Podłącz. 

Image Added

W kolejnym oknie należy podać nazwę użytkownika oraz hasło.

Image Added

Kliknięcie przycisku OK spowoduje połączenie z pulpitem zdalnym maszyny, na której użytkownik ma możliwość korzystania z aplikacji Agilent GeneSpring GX.

Dostęp do usługi z komputera z systemem Linux

Dla użytkowników korzystających z systemu operacyjnego Linux, dostęp do usługi GeneSpring realizowany jest za pomocą dowolnego klienta protokołu RDP (np. Remmina), wspierającego uwierzytelnianie połączeń protokołu RDP na poziomie sieci (Network Level Authentication).

Podczas pierwszego połączenia, należy zdefiniować połączenie poprzez utworzenie nowego pliku zdalnego pulpitu (przycisk wskazany strzałką na poniższym rysunku).

Image Added

Minimalna konfiguracja połączenia polega na ustaleniu nazwy profilu (pole "Nazwa"), ustawieniu protokołu na RDP, wpisaniu w polu "Serwer" adresu do serwera usługi (tj. genespring.plgrid.pl), a także uzupełnieniu pół "Nazwa użytkownika" oraz "Hasło" prawidłowymi danymi.

Image Added

Kliknięcie przycisku "Połącz" spowoduje połączenie z pulpitem zdalnym maszyny, na której użytkownik ma możliwość korzystania z aplikacji Agilent GeneSpring GX. Dodatkowo profil połączenia zostanie zapisany, przez co przy kolejnych połączeniach, użytkownik nie będzie musiał ponownie definiować połączenia, a jedynie będzie musiał wybrać z listy zdefiniowany profil. Jeśli klient zgłasza problem z uwierzytelnieniem połączenia, może pomóc zmiana protokołu bezpieczeństwa - w zakładce "Zaawansowane" pole protokołu bezpieczeństwa należy ustawić na wartość RDP.

Uruchomienie programu GeneSpring

Ikona programu GeneSpring jest dostępna na pulpicie po zalogowaniu się. Dwukrotne kliknięcie w nią spowoduje uruchomienie aplikacji.

Zmiana hasła użytkownika

Poza zmianą hasła, którą użytkownik musi wykonać po pierwszym logowaniu się do usługi, ma on również możliwość kolejnych zmian swojego hasła. Zmiana hasła następuje poprzez wciśnięcie odpowiedniego skrótu klawiszowego. Dla połączenia RDP wykonanego z komputera z systemem Windows, jest to skrót Ctrl+Alt+End, natomiast dla połączenia RDP wykonanego z komputera z systemem Linux, jest to skrót Crtl+Alt+Del.

Po wciśnięciu tego skrótu, użytkownik powinien otrzymać listę opcji widoczną na poniższym rysunku.

Image Added

Z listy, należy wybrać opcję "Change a password", co skutkować będzie możliwością zmiany hasła, dzięki stosownemu formularzowi.

Image Added

Formularz zmiany hasła składa się z 4 pól:

1. W pierwszym polu widnieje nazwa użytkownika. Tego pola nie należy zmieniać.
2. Do drugiego pola "Old password" należy wpisać aktualne hasło.
3. Do trzeciego pola "New password" należy wpisać nowe hasło.
4. Do czwartego pola "Confirm password" należy wpisać ponownie nowe hasło (takie same jakie zostało wpisane do trzeciego pola).

Po wypełnieniu formularza należy nacisnąć myszką znak strzałki widniejący w polu "Confirm password" lub wcisnąć na klawiaturze klawisz "Enter".

Zmiana hasła powiedzie się, jedynie wtedy, kiedy nowe hasło będzie spełniać poniższe warunki:

1. Długość hasła powinna wynosić minimum 6 znaków.
2. W haśle nie może zawierać się nazwa użytkownika lub fragment nazwy użytkownika zawierający więcej niż 2 kolejne znaki nazwy użytkownika.
3. Hasło powinno zawierać znaki z co najmniej trzech z poniższych czterech kategorii:
   1. Wielkie litery (A-Z)
   2. Małe litery (a-z)
   3. Cyfry (0-9)
   4. Znaki specjalne (np. !, $, #, %)

Przykłady (dla użytkownika o nazwie "test"):

• Przykład dobrego hasła: uo$9edp1mz
  

 Hasło ma długość większą niż 6 znaków

 W haśle nie zawiera się nazwa użytkownika

 Hasło zawiera znaki z 3 wymaganych grup (małe litery, cyfry oraz znaki specjalne)

• Przykład złego hasła: test12

 Hasło ma wystarczającą długość 6 znaków

 Hasło zawiera znaki z tylko 2 z wymaganych 3 grup (małe litery oraz cyfry)

 Hasło zawiera w sobie nazwę użytkownika

Zakończenie pracy

Po zakończonej pracy, użytkownik powinien wyłączyć aplikację Agilent GeneSpring GX, a następnie poprawnie wylogować się z usługi (sesji pulpitu zdalnego usługi GeneSpring). Aby prawidłowo rozłączyć sesję pulpitu zdalnego, należy:

• Wcisnąć na klawiaturze przycisk z symbolem Windows  (lub: najechać myszką na lewy dolny róg ekranu pulpitu zdalnego, a następnie kliknąć przycisku Start, który pojawi się po chwili, gdy użytkownik najedzie myszką na lewy dolny róg ekranu)
• Kliknąć w prawym górnym rogu ekranu w nazwę użytkownika
• Wybrać opcję Sign out.

Postępowanie wg powyższych wytycznych spowoduje wylogowanie użytkownika z systemu Windows zainstalowanego na zdalnej maszynie, oraz rozłączenie sesji pulpitu zdalnego, a także umożliwi innym użytkownikom bezproblemowe korzystanie z usługi.

Gdzie szukać dalszych informacji?

Szczegółowa instrukcja obsługi programu Agilent GeneSpring GX dostępna jest w dokumencie GeneSpring Manual.

Jak dziękować w publikacji?

Jeśli planujecie Państwo opublikować pracę z wykorzystaniem rezultatów osiągniętych dzięki naszej usłudze, prosimy o zawarcie następującej formuły podziękowań, w odpowiedniej części swojej publikacji:

...

Wstawianie odnośników do innych stron podręcznika

Przy wstawianiu linków do stron wewnętrznych Podręcznika użytkownika (np. certyfikat="Aplikowanie, rejestracja i użycie certyfikatu"' założenie konta="Zakładanie konta w portalu"; Pomoc="Gdzie szukać pomocy") należy w trybie edycji strony:

• wpisać tekst, pod który będzie podpięty link
• zaznaczyć tekst
• wstawić link (Ctrl+K lub ikona Link na pasku narzędzi)
• wybrać opcję Search z lewej strony okna Insert Link
• w pasku po prawej wpisać tytuł strony (lub zacząć wpisywać tytuł i wybrać właściwą stronę z pojawiających się podpowiedzi)
• zatwierdzić wybraną stronę opcją Insert w prawym dolnym rogu

Efekt powyższego opisu można zobaczyć klikając lewym klawiszem myszki (w trybie edycji strony) na dowolny link w tym oknie informacji. Pojawi się pole, w którym do wyboru będzie opcja Edit, którą klikamy. Pojawi się okno Edit link, z aktywnym polem Search i nazwą strony wewnętrznej podręcznika.

Przy wstawianiu linków do konkretnych sekcji (akapitów) na wybranej stronie, np. Certyfikaty Simple CA ="Aplikowanie, rejestracja i użycie certyfikatu#Certyfikaty Simple CA", należy nazwę strony wraz z tytułem sekcji, rozdzielone znakiem #, podać w opcji Advanced w okienku link. Przy wstawianiu nazwy stron istotne jest zachowanie znaków spacji pomiędzy wyrazami oraz braków spacji pomiędzy #.

LINKI ZEWNĘTRZNE

Linki zewnętrzne np. do strony PL-Grid wstawiamy w oknie Insert Link (Ctrl+K) w opcji Web Link.

Krótki opis usługi

Dla kogo jest przeznaczona, jakie najważniejsze możliwości oferuje?

Aktywowanie usługi

Co należy aktywować, aby móc skorzystać z usługi? (Założenie konta, certyfikat, grant?, aktywacja konkretnych usług w portalu). Należy pamiętać o istnieniu rozdziałów ogólnych podręcznika, do których warto się odwołać.

Ograniczenia w korzystaniu (podsekcja opcjonalna)

Tutaj wpisujemy specjalne zasady korzystania z usługi jeśli takowe są np. konieczność ustawienia grantu domyślnego, zakaz uruchamiania intensywnych zadań na UI itp. Jeśli takowych nie ma to należy tę podsekcję usunąć.

Pierwsze kroki

Koniecznie z przykładowymi zrzutami ekranu lub fragmentami kodu.

Zaawansowane użycie

Ewentualnie jako osobny podrozdział.

Gdzie szukać dalszych informacji?

Strony zewnętrzne (jeśli są), odnośnik do helpdesku lub strony dokumentacji o pomocy.

...