Page History

Krótki opis usługi

GeneSpring GX to program do analizy i wizualizacji danych ekspresyjnych. Pozwala poddawać przetwarzaniu dane z mikromacierzy mRNA oraz miRNA, oraz przeprowadzać zintegrowane analizy danych transkryptomicznych, metabolomicznych i proteomicznych. Zaprojektowany specjalnie dla potrzeb biologów, GeneSpring GX oferuje interaktywne środowisko, które pomaga w poszukiwaniach i ułatwia przełożenie danych mikromacierzowych na znaczenie biologiczne. Narzędzie to wspiera wszystkie popularne formaty danych, włącznie z mikromacierzami producentów Agilent, Affymetrix, i Illumina.

Usługa dziedzinowa LifeScience - GeneSpring została utworzona w celu udostępnienia użytkownikom Infrastruktury PL-Grid oprogramowania GeneSpring GX firmy Agillent. Oprogramowanie zainstalowane jest na maszynie z systemem operacyjnym Windows. Dostęp do tej maszyny dla użytkowników , realizowany jest za pomocą pulpitu zdalnego (protokół RDP). Adresem dostępowym dla aplikacji klienckiej protokołu RDP jest

genespring.plgrid.pl

. Ze względu na charakter licencji oprogramowania GeneSpring GX, w jednej chwili z usługi , może korzystać tylko jeden użytkownik.

GeneSpring GX to program do analizy i wizualizacji danych ekspresyjnych. Zaprojektowany  został specjalnie do potrzeb biologów. GeneSpring GX oferuje interaktywne środowisko które pomaga w poszukiwaniach i ułatwia przełożenie danych mikromacierzowych na znaczenie biologiczne.

Aktywowanie usługi

Do aktywowania usługi GeneSpring niezbędne jest posiadanie konta użytkownika w Portalu PL Grid.

...

Każda osoba posiadająca konto w Portalu PL-Grid ma możliwość korzystania z usługi GeneSpring, po uprzednim aktywowaniu usługi, polegającym na:

• Zalogowaniu się na swoje konto użytkownika w Portalu PL-Grid
• Przejściu do zakładki Moje konto
• Rozwinięciu sekcji Platforma dziedzinowa: LifeScience przy pomocy przycisku Rozwiń z prawej strony
• Kliknięcie w przycisk Wypełnij motywację w tabeli, w wierszu oznaczonym nazwą usługi: "GeneSpring - program do analizy i wizualizacji danych ekspresyjnych"
• Uzupełnienie oraz wysłanie motywacji (formularza).

...

Po poprawnym wypełnieniu oraz wysłaniu formularza motywacyjnego, zgłoszenie trafia do eksperta, który po zatwierdzeniu formularza, aktywuje usługę dla użytkownika.. Nie jest wymagane podanie numeru grantu. Także pole Wykorzystywane oprogramowanie oraz Współpraca są opcjonalne. Prosimy jednak o krótką informację odnośnie tematu badań oraz kilku zdań o ich istocie - pozwoli nam to zorientować się w rodzaju narzędzi, jakie mogłyby być interesujące dla użytkowników naszych usług.

Następnie ekspert przesyła użytkownikowi, Ekspert przesyła użytkownikowi za pośrednictwem poczty e-mail i/lub wiadomości SMS, niezbędne do zalogowania się dane.

...

...

...

Ograniczenia w korzystaniu (rezerwacja czasu dostępu do usługi)

Ze względu na fakt, że korzystać z usługi może wyłącznie jeden użytkownik w jednym czasiedanej chwili, planowane jest wdrożenie systemu rezerwacji czasu dostępu.

Aktualnie dostęp do usługi odbywa się bez ustalania rezerwacji czasu. Po wdrożeniu rozwiązania opartego na rezerwacji, nie będzie możliwości dostępu do usługi, bez poprawnej rezerwacji.

Pierwsze kroki

Dostęp do usługi z komputera z systemem Windows

Dla użytkowników korzystających z systemu operacyjnego Windows, dostęp do usługi GeneSpring realizowany jest za pomocą aplikacji Podłączanie pulpitu zdalnego. Aplikacja dostępna jest (w zależności od wersji wykorzystywanego systemu Windows) w menu Start w podmenu Wszystkie programy – Akcesoria – Podłączanie pulpitu zdalnego.

...

Kliknięcie przycisku OK spowoduje połączenie z pulpitem zdalnym maszyny, na której użytkownik ma możliwość korzystania z aplikacji Agilent GeneSpring GX.

Dostęp do usługi z komputera z systemem Linux

Dla użytkowników korzystających z systemu operacyjnego Linux, dostęp do usługi GeneSpring realizowany jest za pomocą dowolnego klienta protokołu RDP (np. Remmina), wspierającego uwierzytelnianie połączeń protokołu RDP na poziomie sieci (Network Level Authentication).

...

Kliknięcie przycisku "Połącz" spowoduje połączenie z pulpitem zdalnym maszyny, na której użytkownik ma możliwość korzystania z aplikacji Agilent GeneSpring GX. Dodatkowo profil połączenia zostanie zapisany, przez co przy kolejnych połączeniach, użytkownik nie będzie musiał ponownie definiować połączenia, a jedynie będzie musiał wybrać z listy zdefiniowany profil.

Uruchomienie programu GeneSpring

Ikona programu GeneSpring jest dostępna na pulpicie po zalogowaniu się. Dwukrotne kliknięcie w nią spowoduje uruchomienie aplikacji.

Zakończenie pracy

Po zakończonej pracy, użytkownik powinien wyłączyć aplikację Agilent GeneSpring GX, a następnie poprawnie wylogować się z usługi (sesji pulpitu zdalnego usługi GeneSpring). Aby prawidłowo rozłączyć sesję pulpitu zdalnego, należy:

• Wcisnąć na klawiaturze przycisk z symbolem Windows  (lub: najechać myszką na lewy dolny róg ekranu pulpitu zdalnego, a następnie kliknąć przycisku Start, który pojawi się po chwili, gdy użytkownik najedzie myszką na lewy dolny róg ekranu)
• Kliknąć w prawym górnym rogu ekranu w nazwę użytkownika
• Wybrać opcję Sign out.

Postępowanie wg powyższych wytycznych spowoduje wylogowanie użytkownika z systemu Windows zainstalowanego na zdalnej maszynie, oraz rozłączenie sesji pulpitu zdalnego, a także umożliwi innym użytkownikom bezproblemowe korzystanie z usługi.

Gdzie szukać dalszych informacji?

Szczegółowa instrukcja obsługi programu Agilent GeneSpring GX dostępna jest w dokumencie GeneSpring Manual.

Jak dziękować w publikacji?

Jeśli opublikowaliście planujecie Państwo opublikować pracę z wykorzystaniem rezultatów osiągniętych dzięki naszej usłudze, prosimy o zawarcie następującej formuły podziękowań, w odpowiedniej części swojej publikacji:

...