Page tree

Versions Compared

Key

  • This line was added.
  • This line was removed.
  • Formatting was changed.

Table of Contents
maxLevel3

...

Opis usługi

Usługa do równoległego i wielosesyjnego gromadzenia i monitorowania danych do celów analiz matematycznych i statystycznych.

Info

Adres usługi: elder13.man.poznan.pl/redcap/

Aktywowanie usługi

Aby móc korzystać z usługi należy:

  1. Założyć konto w portalu PLGrid: Zakładanie konta w portalu.
  2. Wygenerować certyfikat: Aplikowanie, rejestracja i użycie certyfikatu.
  3. Aktywacja usługi:
    1. Zalogować się w:  Portal PLGrid.
    2. Przejść do zakładki 'Moje Konto'
    3. W katalogu usług znaleźć 'Platforma dziedzinowa: Matematyka'.
    4. Znaleźć usługę DATA BANK i kliknąć 'Aplikuj o usługę' .

Pierwsze kroki

...

Pierwsze logowanie

  1. Wejść na stronę usługi:
    Image Removed
  2. Kliknąć w przycisk 'Log in using PlGrid OpenID'
  3. Strona automatycznie zostanie przekierowana do strony OpenID PLGridu:
    Image Removed
  4. Podać swoją nazwę użytkownika portalu PLGrid oraz hasło.
  5. Po pomyślnej weryfikacji danych, usłudze DATA BANK zostanie utworzone automatycznie konto użytkownika. Następnie użytkownik zostanie przekierowany z powrotem do usługi DATA BANK.

...

Strona startowa

Image Removed
  1. Home - link do strony domowej
  2. My projects - projekty, do których użytkownik posiada dostęp
  3. Create New Project - dodawanie nowego projektu
  4. Training Resources - materiały do nauki obsługi usługi
  5. Help & FAQ - pomoc
  6. Send-it - moduł, który umożliwia bezpieczne przesyłanie plików

...

Tworzenie projektu

...

Image Removed

...

Ustawienia projektu

...

Tworzenie własnego formularza (data instrument)

...

  1. Text box - zwykły plik tekstowy
  2. Notes box - do przechowywania dłuższych tekstów
  3. Calculated field - pole zawierające funkcję agregujące wartości z pozostałych pól. Agregowane pola nie mogą zawierać wartości tekstowych. Nazwy agregowanych pól należy umieszczać w nawiasach kwadratowych '[Variable Name]' (Variable Name - systemowa nazwa pojedynczego pola, unikalna dla danego projektu). Przykładowa funkcja BMI:

    Code Block
    languagejs
    [weight] / ([height]^2)
  4. Multiple choice - drop down list - wybór jednej opcji list rozwijanej
  5. Multiple choice - radio button - wybór jednego 'radio butttona'
  6. Checkboxes - wybór wielu opcji z listy:
    Image Removed
  7. Yes/No - wybór tak/nie
  8. True/False - wybór prawda/fałsz
  9. Slider - suwak:
    Image Removed
  10. File upload - pole służące dodawaniu plików przez użytkowników wypełniających ankietę/formularz (np. swoje zdjęcie).
  11. Descriptive text - przechowuje dodatkowe dokumenty dla formularza, np. jego opis lub wskazówki
  12. Begin new section - dzieli formularz na sekcje:
    Image Removed

Dodawanie nowego rekordu

...

Raporty

Raport jest dynamicznym widokiem, który przechowuje wybrane pola ze zdefiniowanych wcześniej formularzy (data instruments). W raporcie można umieścić dowolne pole (field) z danego projektu. Dodatkowo dla każdego pola można zdefiniować warunki, które będą określały jakie rekordy zostaną umieszczone w raporcie (filtrowanie rekordów). Raporty można tworzyć za pomocą 'Report Builder'a - przycisk w menu z lewej strony, zakładka 'Applications'. Jeżeli przycisku nie ma w tej zakładce to znaczy, że nie posiadasz odpowiednich uprawnień do projektu lub moduł ten został wyłączony z danego projektu.

 Przykładowy raport:

Image Removed

Data Quality

Panel umożliwiający przeszukiwanie danych pod kątem ich poprawności (brakujące pola, wartości przekraczające zakres itp).

Image Removed

...

Import danych

Image Removed

Obsługiwany przez usługę szablon importowanego pliku można pobrać w zakładce 'Data import tool' .

Przykładowy plik z danymi demograficznymi.Wczytane dane z pliku trzeba zaakceptować przed dodaniem do bazy.

Ubieganie się o token

Token to unikalny klucz, który umożliwia dostęp do danych poprzez API.
Aby uzyskać własny token:

...

API raportu (Report API)

  1. Opis

    To API umożliwia eksportowanie zbioru wierszy, które są zawarte w w wybranym raporcie

  2. URL

    https://elder13.man.poznan.pl/redcap/api/

  3. Wspierane metody żądań (request methods)

    POST

  4. Parametry

    Wymagane
    1. token
      token dla API jest to specjalny unikalny kod, przypisany do projektu oraz użytkownika.
    2. content
      report
    3. report_id
      1. <id raportu> - identyfikator raportu, który chcemy wyeksportować.
      2. 'integer' - zwraca liczbę wierszy, które obejmuje raport
      3. 'all' - zwraca strukturę wszystkich raportów przypisanych do danego projektu
    4. format
      csv,json,  xml [default]
    5. type
      • flat - zwraca jeden rekord na każdy wiersz w raporcie [domyślnie]
      • eav - zwraca jeden wiersz na każdą osobną wartość (komórka tabeli) występującą w raporcie
        • dla projektów typu: 'Non-longitudinal': każdy rekord składa się z 3 pól: rekord*, nazwa_pola,wartość
        • dla projektów typu: 'Longitudinal':  każdy rekord składa się z 4 pól: rekord*, nazwa_pola,wartość,<nazwa_eventu>

      * Rekord odnosi się do pola <study_id> lub jakiekolwiek innego klucza identyfikującego wiersz

    Opcjonalne
    • rawOrLabel
      raw [domyślnie] - pokazuje wartości kodowane, label - pokazuje etykietę przypisaną do wartości, both - zwraca kodowaną wartość wraz z jej etykietą
    • eventName
      unique  zwraca unikalną nazwę , label - zwraca etykietę
    • events
      lista nazw wydarzeń dla których zwracane maja być rekordy - tylko dla projektów typu: 'longitudinal projects'
  5. Rezultat:

    przykładowy rezultat:

    EAV XML:
    <?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>
    <records>
       <item>
          <record></record>
          <field_name></field_name>
          <value></value>
          <redcap_event_name></redcap_event_name>
       </item>
    </records>
    
    Flat XML:
    <?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>
    <records>
       <item>
          each data point as an element
          ...
       </item>
    </records>

    Więcej informacji o dostępnych funkcjach API znajduje się tutaj.

Zlecanie obliczeń przez QCG-icon (przed następnymi krokami należy zainstalować aplikację QCG-icon)

...

DataBank to usługa portalowa integrująca z infrastrukturą PLGrid wybrane systemy do tworzenia elektronicznych formularzy i zbierania danych naukowych. Usługa umożliwia użytkownikom w prosty sposób definiowanie problemowo-zorientowanych formularzy i samodzielne budowanie baz i banków danych oferując rozproszonym zespołom badawczym możliwość wielosesyjnego i wieloośrodkowego gromadzenia i współdzielenia danych przeznaczonych do dalszej analizy. Eksport danych do formatów umożliwiających ich dalsze przetwarzanie w usłudze R-SAD.DataBank jest usługą umożliwiającą zbieranie i przechowywanie danych dowolnego typu. Usługa powstała z myślą o pomocy w zbieraniu danych do badań naukowych. DataBank udostępnia między innymi takie akcje jak:

  •   eksport zbioru rekordów z projektu,
  •   import zbioru rekordów do projektu,
  •   eksport metadanych z projektu,
  •   eksport dokumentu dołączonego do pojedynczego rekord projektu,
  •   import dokumentu, który zostanie dołączony do pojedynczego rekordu projektu,
  •   kasowanie dokumentu dołączonego do pojedynczego rekord projektu,
  •   eksport różnego typu dokumentów dołączonych do projektu,
  •   eksport zdarzeń zachodzących w projekcie,
  •   eksport grupy zdarzeń (Arms) dla projektu,
  •   eksport powiązań pomiędzy dokumentami oraz zdarzeniami,
  •   eksport użytkowników danego projektu.

 

Adres usługi

Usługa dostępna jest pod adresem: databank.plgrid.pl

Dostępne narzędzia w DataBank

  • OpenClinica - OpenClinica jest jednym z najczęściej używanym oprogramowaniem typu 'open-source' w badaniach klinicznych. OpenClinica rozwijana jest od 2005 roku, została zaprojektowana z myślą o wielu potrzebach nowoczesnych środowisk badawczych.
  • Redcap - Prosta aplikacja, której zadaniem jest umożliwiać integrację danych medycznych oraz wykonywanie obliczeń na infrastrukturze PLGrid.Użytkownik ma dostęp do spójnej bazy danych, może przeglądać, filtrować dane zebrane przez innych użytkowników.
  • Simple - Zaawansowana aplikacja do gromadzenia i monitorowania danych do celów analiz statystycznych. Aplikacja umożliwia zbieranie danych dowolnego typu, import/ekport danych, dostęp do danych za pomocą API, robudowany system formularzy i ankiet.

Gdzie szukać dalszych informacji?

Dodatkowe materiały dotyczące wykorzystania usługi dostępne są tutaj oraz , na  stronie pomocy usługi (strona dostępna po zalogowaniu) oraz tutaj.

Dodatkowo: krótki tutorial w jęz. ang..

W razie wątpliwości lub problemów prosimy skorzystać z systemu pomocy.

Kontakt

Zgłaszanie problemów i pomoc poprzez system helpdesk.