Poniższy przykład opisuje niezbędne kroki do uruchomienia obliczeń kwantowo-chemicznych za pomocą programu Gaussian. Obliczenia będą wykonywane na maszynach udostępnionych w ramach infrastruktury PL-Grid.
Uruchamianie zadań możliwe jest w ramach różnych interfejsów graficznych do obsługi zadań. W poniższym przykładzie do uruchomienia zadania wykorzystano usługę QCG. Poniżej opisane zostały najważniejsze kroki wymagane do rozpoczęcia obliczeń:
Aktywowanie usługi
W celu wykonania poniższych ćwiczeń konieczne jest uzyskanie dostępu do usługi QCG (procedura aplikowania o dostęp do QCG jest opisana tutaj).
Zasadniczym celem poniższego samouczka jest prezentacja różnych metod pozwalających na uruchomienie zadania obliczeniowego w programie Gaussian za pośrednictwem usługi QCG. Przykład 1 prezentuje w jaki sposób zlecić zadanie z wykorzystaniem wbudowanego w język QCG Simple interfejsu do aplikacji Gaussian. Przykład 2 pokazuje jak uruchamiać to samo zadanie za pośrednictwem mechanizmu modułów.
We wszystkich przykładach będziemy korzystać z przykładowego pliku wsadowego do programu Gaussian sample.com (celem obliczeń zdefiniowanych w tym pliku jest optymalizacja struktury i analiza częstotliwości drgań dla cząsteczki etanolu na poziomie B3LYP/3-21g).
Do uruchamiania zadań wykorzystamy mechanizm klienta QCG. W celu skorzystania z klienta należy zalogować się na maszynę dostępową z zainstalowanym oprogramowaniem klienckim. Aktualnie istnieje kilka interfejsów użytkownika (User Interface, UI) do infrastruktury. Dane dostępowe tych maszyn można znaleźć tutaj. Z jedną z maszyn dostępowych należy połączyć się wykorzystując protokół ssh. W celu użytkownik o loginie plguser ponien w terminalu wydać polecenie:
...
Zadanie zostanie zlecone przez klienta QCG. Ponieważ nie wskazano konkretnego klastra obliczeniowego, na którym zadanie ma się wykonać, broker QCG sam wybierze klaster z dostępnymi zasobami i tam uruchomi zadanie. Do sprawdzenia statusu zadania możemy wykorzystać polecenie qcg-list. Po zakończeniu obliczeń w naszym katalogu domowym na UI pojawi się archiwum z zawartością katalogu roboczego z węzła obliczeniowego po zakończeniu obliczeń.
W poprzednim przykładzie nie wskazano klastra na którym chcemy wykonać obliczenia i nie podano wersji oprogramowania Gaussian, z której chcemy skorzystać. W rezultacie broker QCG wybrał klaster z dostępnymi zasobami i tam wysłał zadanie. Zostało ono uruchomione z pomocą wersji programu Gaussian09 ustawionej na tym klastrze jako domyślna. Jeżeli istnieje potrzeba kontrolowania wersji oprogramowania i klastra, na którym zadanie ma się wykonać możemy skorzystać z mechanizmu modułów. (Ten przykład może okazać się przydatny również gdy chcemy uruchomić obliczenia w aplikacji nie wspieranej przez klienta QCG.)
...
Należy również zwrócić uwagę na linię ze słowem kluczowym QCG host. Pozwala ona na kontrolowanie, na którym klastrze zadanie się wykona. W tym wypadku obliczenia zostaną uruchomione na klastrze supernova.wcss.wroc.pl (alias nova).
Możliwe jest także uruchamianie zadań przez inne systemy dostępowe, ...