Page tree

Versions Compared

Key

  • This line was added.
  • This line was removed.
  • Formatting was changed.

...

oraz wykonać inicjalizację zmiennych:

. lofarinit.sh

Moduł ten ma w zależnościach między innymi moduły CASA core i Pythona.

Operacje na modułach

Operacje na modułach możliwe są tylko w środowisku obliczeniowym (nie na maszynach dostępowych - UI).

Uruchamianie (ładowanie) modułu. Pozwala na korzystanie z programów i bibliotek zainstalowanych w ramach modułu. W przeciwnym wypadku są niedostępne.

module load nazwa_modułu
Wyświetlanie listy załadowanych modułów:

module list

Wyświetlanie listy wszystkich dostępnych modułów (uwaga! długa lista, może potrwać; przerwanie Ctrl-C):

module avail

Informacje o module:

module show nazwa_modułu

Środowisko obliczeniowe (kolejki):

Wszelkie obliczenia oraz używanie programów interaktywnych wykonywane jest w klastrze w ramach kolejek zadań określających priorytet i czas wykonania zadania. Bezpośrednio na maszynach dostępowych (UI, np. zeus) można wykonywać operacje plikowe: tworzenie, modyfikowanie, usuwanie plików i kartotek. Poprzez  środowisko UI możliwe jest też kopiowanie danych do i z klastra. UI pozwala też na wykonywanie niektórych bardziej złożonych operacji stricte plikowych, takich jak tworzenie i rozpakowywanie archiwów tar.

Dostępne jest kilka kolejek:
 * l_interactive do zadań wymagających interakcji, także grafika przez X,
 * l_test do zadań do 15 minut czasu wykonania (rzeczywistego).
 * l_prio do zadań szybkich do 1 godziny,
 * l_short do zadań do 3 godzin
 * l_long do zadań do 3 tygodni

W przypadku kolejek stricte obliczeniowych (l_prio, l_short) wskazane jest uruchamianie zadań poprzez skrypty PBS: 
qsub -q nazwa_kolejki nazwa_skryptu

Informacje o zadanich w danej kolejce, między innymi można odczytać numer zadania PBS_JOBID. 
qstat -q nazwa kolejki

Lista zadań podanego użytkownika:

qstat -u username

Zabijanie zadania:

qdel PBS_JOBID

Uruchamianie kolejek

 Uruchomiając zadanie w kolejce podaje się  liczbę wymaganych nodów i rdzeni na przykład 2 węzły po 12 rdzeni (wskazane jest używanie pełnych węzłów z maksymalną liczbą rdzeni, czyli 12) :

nodes=2:ppn=12

Można użyć bezpośrednio w linii poleceń, albo w skrypcie. Im więcej zażąda się nodów, tym dłuższy jest przeciętny czas uruchomienia zadania (nie wykonania). Do testowania i oglądania wyników wskazane jest użycie kolejki trybu interaktywnego. Uruchomienie na jednym rdzeniu na trzy godziny: 
qsub -IX -q l_interactive -l nodes=1:ppn=1 -l walltime=03:00:00 
Uruchomienie na 2 węzłach po 12 rdzeni z domyślnym czasem maksymalnym (3 godziny):
qsub -IX -q l_interactive -l nodes=2:ppn=12 

Zaawansowane użycie

1. Łączenie poszczególnych subbandów

Przed wykonaniem kalibracji konieczne jest uzyskanie dobrego stosunku sygnału do szumu w danych obserwacujnych. W tym celu pojedyncze subbandy łączone są w paczki. Przy założeniu, że np. subbandów z danych obserwacji jest 324, dobre wyniki uzyskuje się przy podziale na 12 paczek po 27 subbandów. Służy do tego polecenie uruchamiające program NDPPP:

concat.NDPPP.script <numer pierwszej obserwacji> <numer ostatniej obserwacji> 000

Dla danych testowych testowych numery pierwszej i ostatniej obserwacji to 168883 i 168952. Program wymaga umieszczenia pliku z parametrami NDPPP-dummy.parset-proto w katalogu, w którym jest uruchamiany. Rezultatem pracy jest powstanie plików postaci LXXXXXX_ALL_uv.dppp.MS.ndppp.ndppp

...