...
oraz wykonać inicjalizację zmiennych:
. lofarinit.sh
Moduł ten ma w zależnościach między innymi moduły CASA core i Pythona.
Operacje na modułach możliwe są tylko w środowisku obliczeniowym (nie na maszynach dostępowych - UI).
Uruchamianie (ładowanie) modułu. Pozwala na korzystanie z programów i bibliotek zainstalowanych w ramach modułu. W przeciwnym wypadku są niedostępne.
module load nazwa_modułu
Wyświetlanie listy załadowanych modułów:
module list
Wyświetlanie listy wszystkich dostępnych modułów (uwaga! długa lista, może potrwać; przerwanie Ctrl-C):
module avail
Informacje o module:
module show nazwa_modułu
Wszelkie obliczenia oraz używanie programów interaktywnych wykonywane jest w klastrze w ramach kolejek zadań określających priorytet i czas wykonania zadania. Bezpośrednio na maszynach dostępowych (UI, np. zeus) można wykonywać operacje plikowe: tworzenie, modyfikowanie, usuwanie plików i kartotek. Poprzez środowisko UI możliwe jest też kopiowanie danych do i z klastra. UI pozwala też na wykonywanie niektórych bardziej złożonych operacji stricte plikowych, takich jak tworzenie i rozpakowywanie archiwów tar.
Dostępne jest kilka kolejek:
* l_interactive do zadań wymagających interakcji, także grafika przez X,
* l_test do zadań do 15 minut czasu wykonania (rzeczywistego).
* l_prio do zadań szybkich do 1 godziny,
* l_short do zadań do 3 godzin
* l_long do zadań do 3 tygodni
W przypadku kolejek stricte obliczeniowych (l_prio, l_short) wskazane jest uruchamianie zadań poprzez skrypty PBS:
qsub -q nazwa_kolejki nazwa_skryptu
Informacje o zadanich w danej kolejce, między innymi można odczytać numer zadania PBS_JOBID.
qstat -q nazwa kolejki
Lista zadań podanego użytkownika:
qstat -u username
Zabijanie zadania:
qdel PBS_JOBID
Uruchomiając zadanie w kolejce podaje się liczbę wymaganych nodów i rdzeni na przykład 2 węzły po 12 rdzeni (wskazane jest używanie pełnych węzłów z maksymalną liczbą rdzeni, czyli 12) :
nodes=2:ppn=12
Można użyć bezpośrednio w linii poleceń, albo w skrypcie. Im więcej zażąda się nodów, tym dłuższy jest przeciętny czas uruchomienia zadania (nie wykonania). Do testowania i oglądania wyników wskazane jest użycie kolejki trybu interaktywnego. Uruchomienie na jednym rdzeniu na trzy godziny:
qsub -IX -q l_interactive -l nodes=1:ppn=1 -l walltime=03:00:00
Uruchomienie na 2 węzłach po 12 rdzeni z domyślnym czasem maksymalnym (3 godziny):
qsub -IX -q l_interactive -l nodes=2:ppn=12
1. Łączenie poszczególnych subbandów
Przed wykonaniem kalibracji konieczne jest uzyskanie dobrego stosunku sygnału do szumu w danych obserwacujnych. W tym celu pojedyncze subbandy łączone są w paczki. Przy założeniu, że np. subbandów z danych obserwacji jest 324, dobre wyniki uzyskuje się przy podziale na 12 paczek po 27 subbandów. Służy do tego polecenie uruchamiające program NDPPP:
concat.NDPPP.script <numer pierwszej obserwacji> <numer ostatniej obserwacji> 000
Dla danych testowych testowych numery pierwszej i ostatniej obserwacji to 168883 i 168952. Program wymaga umieszczenia pliku z parametrami NDPPP-dummy.parset-proto w katalogu, w którym jest uruchamiany. Rezultatem pracy jest powstanie plików postaci LXXXXXX_ALL_uv.dppp.MS.ndppp.ndppp
...