Page History

Table of Contents

Krótki opis usługi

Usługa jest przeznaczona dla biologów i bioinformatyków. 

Usługa bioKepler BioKepler składa się z kilku elementów: dostarczane jest całe wirtualne środowisko pracy dostępne poprzez zdalny desktop: maszyna wirtualna uruchomiona na zasobach chmurowych, a na niej zainstalowany zestaw popularnych narzędzi i aplikacji bioinformatycznych oraz oprogramowanie bioKeplerBioKepler. BioKepler jest modułem platformy zarządzania naukowymi scenariuszami obliczeniowymi -  Keplera, który służy do uruchamiania zestawu narzędzi bioinformatycznych w rozproszonych środowiskach obliczeniowych takich jak PLGrid. Użytkownik może tworzyć całe scenariusze obliczeniowe (ang. Workflows workflows lub pipelines), składające się z wielu kroków, a poszczególne komponenty mogą być uruchamiane na różnych zasobach obliczeniowych.

Przykładowe komponenty bioKeplera BioKeplera (tzw. aktorzy): 2bwt-builder, DynamicTrim.pl, RNA_parse.pl SOAPdenovo31mer, blast_rRNA.pl, blastall, bowtie, bowtie-build, bowtie2-build, breakdancer-max, bwa_align bwa_index, cd-hit cd-hit-454, cd-hit-est, clustalw, clustalx, cuffdiff, cytoscape, faa_stat.pl, fastq2fasta.py, fraggene_scan.pl, fraggene_scan_parse.pl, hmm_rRNA.pl, hmmsearch.pl, hmmsearch_parse.pl, kegg.pl, kegg_parse.pl, metagene.pl, mother, muscle orf_2_tbl.pl, orf_finder, qc_filter.pl, qc_filter_fastq.pl, qiime rasmol, rpsblast.pl, rpsblast_parse.pl, samtools, soap, ssake, tRNAscan-SE.pl, tophat, uchime, velvetg, velveth

Środowisko Kepler ,w którym scenariusze są tworzone graficznie poprzez łączenie aktorów (elementarnych cegiełek wykonujących określone zadanie) przy użyciu kabli (które transportują dane), ma wbudowaną bibliotekę ponad 400 aktorów (np. 'wyrażenie matematyczne', 'czytnik danych tabelarycznych', 'kod Java', 'skrypt Python', 'narysuj wykres'). Gotowe scenariusze mogą być uruchamiany w trybie graficznym bądź z linii komend.

...

Aby skorzystać z usługi BioKepler, należy mieć aktywne konto w infrastrukturze Infrastrukturze PLGridoraz aktywną afiliację.

Do usługi BioKepler może uzyskać dostęp każdy użytkownik PLGrid, który jest użytkownikiem usługi Grid Dziedzinowy Biologia Molecular Biology Data Analysis Toolkit . W celu uzyskania dostępu do tych usług należy wejść na stronę http://portal.plgrid.pl a następnie zalogować się podając swój identyfikator plgrid (np. plgnowak) i hasło do portalu, po czym z górnej belki zawierającej menu wybrać opcję „Moje konto”. W prawej kolumnie ukaże się Katalog usług dostępnych dla danego użytkownika.

Z katalogu usług należy wybrać kategorię: Platforma Dziedzinowa – Biologia, a następnie „rozwiń”, ukaże się lista usług w tej kategorii, wśród nich będzie usługa o nazwie „Biologia” a tuż obok link zatytułowany „aplikuj o usługę”. Akceptacja użytkownika następuje automatycznie. Gdy rejestracja się powiedzie, usługa na liście w katalogu zyska status „aktywny”.

Pierwsze kroki

Tryb graficzny

tej usługi należy po zalogowaniu się w Portalu PLGrid w lewym menu wybrać zakładkę Usługi. Po przejściu do tej zakładki należy kliknąć zielony przycisk Zarządzaj usługami, znajdujący się w prawym górnym rogu. Spowoduje to przejście do Katalogu Aplikacji i Usług (KAiU), gdzie należy wyszukać usługę Molecular Biology Data Analysis Toolkit, a następnie o nią aplikować.

Przyznanie usługi następuje automatycznie. Gdy usługa zostanie przyznana, pojawi się na liście usług w portalu PLGrid ze statusem „active” Status usługi będzie również widoczny w KAiU jako "Status użytkownika: Usługa aktywna — usługa dostępna dla użytkownika".

Pierwsze kroki

Poniżej przedstawione są następujące kroki:

• instalacja oprogramowania x2go
• konfiguracja x2go
• łączenie ze środowiskiem pracy użytkownika bioKepler BioKepler ( na zasobach chmurowych)
• uruchomienie oprogramowania bioKeplerBioKepler
• załadowanie i uruchomienie przykładowego scenariusza (ang. Workflows)
• uruchomienie przykładowego scenariusza w narzędziu bioKepler

Image RemovedImage RemovedImage Removed

Image Removed

Image Removed

Image Removed

Image RemovedImage RemovedImage RemovedImage Removed

Zaawansowane użycie

Anchor
biokepler.instalacja biokepler.instalacja

Instalacja oprogramowania x2go

1. Pobranie oprogramowanie x2go (klient) ze strony: http://wiki.x2go.org/doku.php/doc:installation:x2goclient - na odpowiednią platformę.
2. Instalacja klienta x2go

Anchor
biokepler.konfiguracja biokepler.konfiguracja

Konfiguracja klienta x2go:

1. Session name: BioKepler
2. Host: 62.3.168.25
3. login: plgusername
4. sessiontype: GNOME
5. "OK" doda nową sesję do listy dostępnych sesji na pasku po prawej stronie
   
   

Uwaga: można stworzyć sobie poprzez X2Go kilka sesji, na raz może być aktywna tylko jedna z nich. 

Image Added

Dalsza konfiguracja:

1. Zmiana rozmiaru zdalnego desktopu: wg. preferencji

Image Added

Anchor
biokepler.laczenie biokepler.laczenie

Łączenie ze środowiskiem pracy użytkownika BioKepler (na zasobach chmurowych)

1. Wybór skonfigurowanej sesji
2. podanie hasła
3. potwierdzenie zaufania dla kluczy

Image Added

Po połączeniu ze zdalnym środowiskiem pracy, powinien pojawić się zdalny pulpit, na której między innymi znajduje się ikona do narzędzia BioKepler: kepler.sh

Image Added

Anchor
biokepler.uruchomienie biokepler.uruchomienie

Uruchomienie oprogramowania BioKepler (poprzez ikonę kepler.sh).

"Run in terminal" da możliwość obserwowania komunikatów w konsoli.

Pierwsze uruchomienie BioKeplera będzie trwało dłużej ze względu na automatyczne tworzenie katalogów i kopiowaniu plików do katalogu domowego.. 

Image Added

Po uruchomieniu pojawi się ekran powitalny aplikacji, który należy zamknąć(można zaznaczyć na dole okna, żeby nie pojawiał się przy następnych uruchomieniach).

Image Added

Anchor
biokepler.zaladowanie biokepler.zaladowanie

Załadowanie i uruchomienie przykładowego scenariusza

Z zakładki po lewej stronie przestrzeni roboczej (dashboard) można wybrać gotowe scenariusze lub utworzyć samemu nowy scenariusz. Dla przykładu wpisując "blast" lub wybierając "Demos BioKepler Alignment Blast.xml"

i klikając podwójnie na ikonę można otworzyć przykładowy workflow

Image Added

Ponieważ workflow jest prekonfigurowany i są dostępne przykładowe dane wejściowe, można od razu przejść do uruchomienia scenariusza.

Można to osiągnąć poprzez naciśnięcie ikony "press"

Image Added

Wynik uruchomienia tego scenariusza powinien się pojawić w osobnym oknie (blast.Display)

Image Added

Zaawansowane użycie

Analogicznie do przykładu przedstawionego w sekcji pierwsze kroki, można uruchomić kilkanaście innych gotowych scenariuszy.

Poniżej przykładowe wyniki uruchomień przykładowych scenariuszy:

Soap

Image Added

Assembly/velvet

Image Added

SAMTOOLS

Image Added

Zestaw kilkuset najczęściej używanych programów domenowych jest dostępnych na ścieżce uruchomieniowej, może być również wykorzystany poprzez BioKeplera.

Część narzędzi bioinformatycznych jest również dostępnych z poziomu menu (na przykład: Dendroscope, cn3d, sequin, splitstree, tetra, trev, squint, etc)

Image Added

W sprawie konstruowania innych scenariuszy/pomocy przy konfigurowaniu obecnych prosimy kontaktować się przez helpdesk PLGridEwentualnie jako osobny podrozdział.

Gdzie szukać dalszych informacji?

...

Informacje o usługach dziedzinowych Biologia dostępne są na stronie: http://biologia.plgrid.pl/

Uzyskanie informacji/helpdesk PLGrid: dokumentacji o pomocy