Page History

...

Aby skorzystać z usługi Chipster, należy mieć aktywne konto w infrastrukturze Infrastrukturze PLGridoraz aktywną afiliację.

Do usługi Chipster może może uzyskać dostęp każdy użytkownik PLGrid, który jest użytkownikiem usługi Molecular Biology Data Analysis Toolkit . W celu uzyskania dostępu do tych usług należy wejść na stronę http://portal.plgrid.pl, a następnie zalogować się podając swój identyfikator PLGrid (np. plgkowalski) i hasło do portalu, po czym z górnej belki zawierającej tej usługi należy po zalogowaniu się w Portalu PLGrid w lewym menu wybrać zakładkę Usługi. Po przejściu do tej zakładki należy kliknąć zielony przycisk Zarządzaj usługami, znajdujący się w prawym górnym rogu. Spowoduje to przejście do Katalogu Aplikacji i Usług (KAiU), gdzie należy wyszukać usługę Molecular Biology Data Analysis Toolkit, a następnie o nią aplikować.

Przyznanie usługi następuje automatycznie. Gdy usługa zostanie przyznana, pojawi się na liście usług w portalu PLGrid ze statusem „active” Status usługi będzie również widoczny w KAiU jako "Status użytkownika: Usługa aktywna — usługa dostępna dla użytkownika" menu wybrać opcję „Moje konto”. W prawej kolumnie ukaże się Katalog usług dostępnych dla danego użytkownika.
Z katalogu usług należy wybrać kategorię: Platforma Dziedzinowa – Biologia, a następnie „rozwiń”, ukaże się lista usług w tej kategorii, wśród nich będzie usługa o nazwie Molecular Biology Data Analysis Toolkit a tuż obok link zatytułowany „aplikuj o usługę”. Akceptacja użytkownika następuje automatycznie. Gdy rejestracja się powiedzie, usługa na liście w katalogu zyska status „aktywny”.

Pierwsze kroki

Uruchomienie usługi

Uruchomienie Usługa Chipster składa się z aplikacji klienckiej Chipster oraz oprogramowania zainstalowanego na serwerach obliczeniowych PLGrid. Aplikacja kliencka służy do uruchamiania oraz zarządzania zadaniami obliczeniowymi które uruchamiane są na serwerach obliczeniowych PLGrid. Z tego względu uruchomienie aplikacji Chipster możliwe jest na każdym komputerze wyposażonym w przeglądarkę internetową oraz środowisko Java Web Start. Usługa dostępna jest poprzez portal MBDAT bądź pod adresem: http://chipster.biologia.plgrid.pl. Na wskazanej stronie należy wcisnąć link  launch Chipster. Alternatywnie, można również wybrać wersję aplikacji klienckiej możliwą do zastosowania na komputerach o większej ilości pamięci RAM: 3 lub 6 GB. Po wciśnięciu linku pobrany zostanie plik startowy aplikacji  chipster.jnlp . Pobrany plik należy uruchomić za pomocą Java Web Start. Podczas uruchamiania aplikacji klienckiej nastąpi monit o zalogowanie z użyciem danych konta PLGrid.

...

Interfejs aplikacji Chipster podzielony jest na 4 obszary: Datasets , Workflow , Analysis tools oraz Visualisation . W obszarach Datasets oraz  Workflow możliwe jest śledzenie wyników analiz oraz wskazywanie plików, na których mają być uruchomione narzędzia dostępne w obszarze  Analysis tools . Ostatni z obszarów,  Visualisation , służy do wyświetlania informacji o wybranym pliku/wyniku oraz do wyświetlania jego wizualizacji.

Aktualizacja wersji Chipster

Usługa Chipster będzie aktualizowana zgodnie z dostępnością nowych wersji aplikacji. Po aktualizacji wersji, niezbędne jest pobranie nowej wersji aplikacji klienckiej ze strony https://chipster.biologia.plgrid.pl (link Launch Chipster). 

Praca z sesjami zdalnymi (dostępna od wersji 3.6)

W wersjach Chipster poniżej 3.6 praca wymagała utrzymywania połączenia aplikacji klienckiej uruchamianej na komputerze użytkownika z serwerem obliczeniowym. Błędy w połączeniu objawiały się utratą śledzenia postępów obliczeń co prowadziło do sytuacji, kiedy zakończone obliczenia dla użytkownika widoczne były jako trwające. Chipster w wersji 3.6 wprowadził możliwośc zapisywania sesji na serwerze - Cloud Session. Umożliwia to nie tylko przechowywanie wszystkich plików wsadowych i wynikowych na serwerze, ale również kontynuację obliczeń po utracie połączenia aplikacji klienckiej z serwerem, a nawet po jej wyłączeniu. Aby skorzystać z tej opcji należy:

1. Aby zapisać sesję na serwerze, w dowolnym momencie należy z menu File wybrać opcję Save Cloud Session.
2. Po zapisaniu sesji można zamknąć aplikacje kliencką. 
3. Aby powrócić do zapisanej sesji należy po uruchomieniu wybrać z manu File opcję Open Cloud Session. Po wybraniu odpowiedniego pliku spowoduje to załadowanie wcześniej zapisanej sesji.
4. Jeśli sesja zostanie zapisana w momencie kiedy aktywne są obliczenia (Running Jobs w prawym rogu dolnego paska stanu aplikacji), pozostaną one nadal aktywne, a ich wyniki  po ukończeniu będą widoczne po ponownym załadowaniu zapisanej sesji. Opcja ta jest zalecana, kiedy zlecane są długotrwałe obliczenia.
5. Ilość przestrzeni dyskowej na zapisane sesje jest ograniczona. Prosimy o rozsądne gospodarowanie miejscem. Niepotrzebne sesje można usuwać za pomocą File -> Manage Cloud Sessions. 
6. Przestrzeń dyskowa dostępna w ramach sesji zdalnych nie posiada kopii zapasowej! Zalecamy tworzenie kopii istotnych danych poprzez lokalne zachowywanie sesji lub poszczególnych plików na komputerze użytkownika.

Przykładowy scenariusz użycia: analiza danych RNA-seq

...