Warning |
---|
Usługa Biologia: Chipster została wycofana |
Usługa jest przeznaczona dla biologów oraz bioinformatyków.
Chipster jest implementacją popularnego środowiska zarządzania zadaniami pozwalającego na uproszczone uruchamianie analiz bioinformatycznych na zasobach obliczeniowych PLGrid. W ramach usługi szczególny nacisk położony został na udostępnienie możliwie dużej liczby narzędzi związanych z analizą danych pochodzących z eksperymentów opartych o metody wysokoprzepustowego sekwencjonowania. Wykonywanie analiz z użyciem Chipster oparte jest o wygodny interfejs dostępny w formie aplikacji Java, pozwalający na intuicyjne zarządzanie danymi, narzędziami oraz wynikami. Wbudowane moduły wizualizacji pozwalają na przejrzystą i efektywną analizę wyników.
Aby skorzystać z usługi Chipster, należy mieć aktywne konto w infrastrukturze Infrastrukturze PLGridoraz aktywną afiliację.
Do usługi Chipster może może uzyskać dostęp każdy użytkownik PLGrid, który jest użytkownikiem usługi Molecular Biology Data Analysis Toolkit . W celu uzyskania dostępu do tych usług należy wejść na stronę http://portal.plgrid.pl, a następnie zalogować się podając swój identyfikator PLGrid (np. plgkowalski) i hasło do portalu, po czym z górnej belki zawierającej tej usługi należy po zalogowaniu się w Portalu PLGrid w lewym menu wybrać zakładkę Usługi. Po przejściu do tej zakładki należy kliknąć zielony przycisk Zarządzaj usługami, znajdujący się w prawym górnym rogu. Spowoduje to przejście do Katalogu Aplikacji i Usług (KAiU), gdzie należy wyszukać usługę Molecular Biology Data Analysis Toolkit, a następnie o nią aplikować.
Przyznanie usługi następuje automatycznie. Gdy usługa zostanie przyznana, pojawi się na liście usług w portalu PLGrid ze statusem „active” Status usługi będzie również widoczny w KAiU jako "Status użytkownika: Usługa aktywna — usługa dostępna dla użytkownika" menu wybrać opcję „Moje konto”. W prawej kolumnie ukaże się Katalog usług dostępnych dla danego użytkownika.
Z katalogu usług należy wybrać kategorię: Platforma Dziedzinowa – Biologia, a następnie „rozwiń”, ukaże się lista usług w tej kategorii, wśród nich będzie usługa o nazwie Molecular Biology Data Analysis Toolkit a tuż obok link zatytułowany „aplikuj o usługę”. Akceptacja użytkownika następuje automatycznie. Gdy rejestracja się powiedzie, usługa na liście w katalogu zyska status „aktywny”.
Uruchomienie usługi
Usługa Chipster składa się z aplikacji klienckiej Chipster oraz oprogramowania zainstalowanego na serwerach obliczeniowych PLGrid. Aplikacja kliencka służy do uruchamiania oraz zarządzania zadaniami obliczeniowymi które uruchamiane są na serwerach obliczeniowych PLGrid. Z tego względu uruchomienie aplikacji Chipster możliwe jest na każdym komputerze wyposażonym w przeglądarkę internetową oraz środowisko Java Web Start. Usługa dostępna jest poprzez portal MBDAT bądź pod adresem: http://chipster.biologia.plgrid.pl. Na wskazanej stronie należy wcisnąć link launch Chipster. Alternatywnie, można również wybrać wersję aplikacji klienckiej możliwą do zastosowania na komputerach o większej ilości pamięci RAM: 3 lub 6 GB. Po wciśnięciu linku pobrany zostanie plik startowy aplikacji chipster.jnlp . Pobrany plik należy uruchomić za pomocą Java Web Start. Podczas uruchamiania aplikacji klienckiej nastąpi monit o zalogowanie z użyciem danych konta PLGrid.
Organizacja interfejsu
Interfejs aplikacji Chipster podzielony jest na 4 obszary: Datasets , Workflow , Analysis tools oraz Visualisation . W obszarach Datasets oraz Workflow możliwe jest śledzenie wyników analiz oraz wskazywanie plików, na których mają być uruchomione narzędzia dostępne w obszarze Analysis tools . Ostatni z obszarów, Visualisation , służy do wyświetlania informacji o wybranym pliku/wyniku oraz do wyświetlania jego wizualizacji.
...
...
Przykładowy scenariusz użycia: analiza danych RNA-seq
Szczegółowe informacje o użytkowaniu infrastruktury PLGrid znajdują się w Podręczniku Użytkownika.
...