Page History

...

Krótki opis usługi

Dla kogo jest przeznaczona, jakie najważniejsze możliwości oferuje?

Usługa jest przeznaczona dla biologów prowadzących badania nad kolistymi DNA w tym dla tych, którzy w swoich badaniach wykorzystują plazmidy. Oprogramowanie Vector NTI Advance jest zintegrowanym, wielofunkcyjnym pakietem aplikacji do analizy sekwencji DNA, RNA i białek. Jest jednym z najlepszych tego typu narzędzi dostępnych obecnie na rynku i zapewnia doskonałą integrację, zarządzanie danymi i skalowalność.

Oprogramowanie Vector NTI Express jest zintegrowanym, wielofunkcyjnym pakietem aplikacji do analizy sekwencji DNA, RNA i białek. Jest jednym z najlepszych tego typu narzędzi dostępnych obecnie na rynku i zapewnia doskonałą integrację, zarządzanie danymi i skalowalność, a jego interfejs jest bardzo intuicyjny. Do najważniejszych modułów aplikacyjnych należą:

• Vector NTI z lokalną bazą danych - podstawowe narzędzie do analizy, adnotacji i ilustracji cząsteczek DNA/RNA/białek. Szczególnie przydatne w procesie planowania jak i dokumentacji konstruktów stosowanych w inżynierii genetycznej. Program w sposób łatwy i przejrzysty ułatwia również zarządzanie posiadanymi oligonukleotydami, enzymami, markerami wielkości DNA lub danymi dotyczącymi analiz bioinformatycznych.

• ContigExpress - aplikacja do analizy jakościowej wyników sekwencjonowania DNA, usuwanie sekwencji wektora, składanie kilku sekwencji DNA w contig, wykrywanie w sekwencji polimorfizmów i mutacji.

• BioAnnotator - narzędzie do analiz fizykochemicznych sekwencji DNA i białek jak również do mapowania i adnotacji sekwencji białek przy wykorzystaniu motywów odnalezionych w bazach danych m.in. Pfam, Prosite.

• AlignX - przyrównywanie globalne sekwencji DNA lub sekwencji białkowych oraz tworzenie kladogramów i identyfikacja powtórzeń.

• GenomBench - wizualizacja i analiza obszernych fragmentów genomego DNA pochodzących z serwerów DAS.

Ponadto oprogramowanie umożliwia analizę wyników standardowego sekwencjonowania DNA jak i pochodzących z nowych technologii sekwencjonowania (NGS) takich platform jak Ion Torrent PGM™, SOLiD^® i Illumina^® HiSeq^®

Aktywowanie usługi

Co należy aktywować, aby móc skorzystać z usługi? (Założenie konta, certyfikat, grant?, aktywacja konkretnych usług w portalu). Należy pamiętać o istnieniu rozdziałów ogólnych podręcznika, do których warto się odwołać.

...

Szczegółowa dokumentacja programu Vector NTI: VectorNTIExpressUG.pdf.

Informacje o gridzie dziedzinowym biologia: http://biologia.plgrid.pl/.