Page History

...

Usługa jest przeznaczona dla biologów i bioinformatyków. 

Usługa bioKepler składa się z kilku elementów: dostarczane jest całe wirtualne środowisko pracy dostępne poprzez zdalny desktop: maszyna wirtualna uruchomiona na zasobach chmurowych, a na niej zainstalowany zestaw popularnych narzędzi i aplikacji bioinformatycznych oraz oprogramowanie bioKepler. BioKepler jest modułem platformy zarządzania naukowymi scenariuszami obliczeniowymi -  Keplera Keplera, który służy do uruchamiania zestawu narzędzi bioinformatycznych w rozproszonych środowiskach obliczeniowych takich jak PLGrid. Użytkownik może tworzyć całe scenariusze obliczeniowe (ang. Workflows lub pipelines), składające się z wielu kroków, a poszczególne komponenty mogą być uruchamiane na różnych zasobach obliczeniowych.

Przykładowe komponenty bioKeplera (aktorzy): 2bwt-builder, DynamicTrim.pl, RNA_parse.pl SOAPdenovo31mer, blast_rRNA.pl, blastall, bowtie, bowtie-build, bowtie2-build, breakdancer-max, bwa_align bwa_index, cd-hit cd-hit-454, cd-hit-est, clustalw, clustalx, cuffdiff, cytoscape, faa_stat.pl, fastq2fasta.py, fraggene_scan.pl, fraggene_scan_parse.pl, hmm_rRNA.pl, hmmsearch.pl, hmmsearch_parse.pl, kegg.pl, kegg_parse.pl, metagene.pl, mother, muscle orf_2_tbl.pl, orf_finder, qc_filter.pl, qc_filter_fastq.pl, qiime rasmol, rpsblast.pl, rpsblast_parse.pl, samtools, soap, ssake, tRNAscan-SE.pl, tophat, uchime, velvetg, velveth

Aktywowanie usługi

Co należy aktywować, aby móc skorzystać z usługi? (Założenie konta, certyfikat, grant?, aktywacja konkretnych usług w portalu). Należy pamiętać o istnieniu rozdziałów ogólnych podręcznika, do których warto się odwołać.

Ograniczenia w korzystaniu (podsekcja opcjonalna)

Tutaj wpisujemy specjalne zasady korzystania z usługi jeśli takowe są np. konieczność ustawienia grantu domyślnego, zakaz uruchamiania intensywnych zadań na UI itp. Jeśli takowych nie ma to należy tę podsekcję usunąć.

Środowisko Kepler w którym scenariusze są tworzone graficznie poprzez łączenie aktorów (elementarnych cegiełek wykonujących określone zadanie) przy użyciu kabli (które transportują dane) ma wbudowaną bibliotekę ponad 400 aktorów (np. 'wyrażenie matematyczne', 'czytnik danych tabelarycznych', 'kod Java', 'skrypt Python', 'narysuj wykres'). Gotowe scenariusze mogą być uruchamiany w trygir graficznym bądź z lini komend.

Aktywowanie usługi

Aby skorzystać z usługi BioKepler, należy mieć aktywne konto w infrastrukturze PLGrid.

Do usługi BioKepler może uzyskać dostęp każdy użytkownik PLGrid, który jest użytkownikiem usługi Grid Dziedzinowy Biologia . W celu uzyskania dostępu do tych usług należy wejść na stronę http://portal.plgrid.pl a następnie zalogować się podając swój identyfikator plgrid (np. plgnowak) i hasło do portalu, po czym z górnej belki zawierającej menu wybrać opcję „Moje konto”. W prawej kolumnie ukaże się Katalog usług dostępnych dla danego użytkownika.

Pierwsze kroki

Koniecznie z przykładowymi zrzutami ekranu lub fragmentami kodu.

...

Gdzie szukać dalszych informacji?

Strony zewnętrzne (jeśli są), odnośnik do helpdesku lub strony dokumentacji o pomocy.

...

Szczegółowe informacje o użytkowaniu infrastruktury PLGrid znajdują się w Podręczniku Użytkownika.

Szczegółowa dokumentacja programu BioKepler znajduje się na stronie: http://www.biokepler.org/userguide

Szczegółowa dokumentacja platformy Kepler znajduje się w pliku: dokumentacja.pdf 

Informacje o usługach dziedzinowych Biologia dostępne są na stronie: http://biologia.plgrid.pl/

Uzyskanie informacji/helpdesk PLGrid: dokumentacji o pomocy