Page History

Table of Contents

Krótki opis usługi

Usługa jest przeznaczona dla biologów i bioinformatyków. 

Usługa bioKepler BioKepler składa się z kilku elementów: dostarczane jest całe wirtualne środowisko pracy dostępne poprzez zdalny desktop: maszyna wirtualna uruchomiona na zasobach chmurowych, a na niej zainstalowany zestaw popularnych narzędzi i aplikacji bioinformatycznych oraz oprogramowanie bioKeplerBioKepler. BioKepler jest modułem platformy zarządzania naukowymi scenariuszami obliczeniowymi -  Keplera, który służy do uruchamiania zestawu narzędzi bioinformatycznych w rozproszonych środowiskach obliczeniowych takich jak PLGrid. Użytkownik może tworzyć całe scenariusze obliczeniowe (ang. Workflows lub pipelines), składające się z wielu kroków, a poszczególne komponenty mogą być uruchamiane na różnych zasobach obliczeniowych.

Przykładowe komponenty bioKeplera BioKeplera (aktorzy): 2bwt-builder, DynamicTrim.pl, RNA_parse.pl SOAPdenovo31mer, blast_rRNA.pl, blastall, bowtie, bowtie-build, bowtie2-build, breakdancer-max, bwa_align bwa_index, cd-hit cd-hit-454, cd-hit-est, clustalw, clustalx, cuffdiff, cytoscape, faa_stat.pl, fastq2fasta.py, fraggene_scan.pl, fraggene_scan_parse.pl, hmm_rRNA.pl, hmmsearch.pl, hmmsearch_parse.pl, kegg.pl, kegg_parse.pl, metagene.pl, mother, muscle orf_2_tbl.pl, orf_finder, qc_filter.pl, qc_filter_fastq.pl, qiime rasmol, rpsblast.pl, rpsblast_parse.pl, samtools, soap, ssake, tRNAscan-SE.pl, tophat, uchime, velvetg, velveth

...

Z katalogu usług należy wybrać kategorię: Platforma Dziedzinowa – Biologia, a następnie „rozwiń”, ukaże się lista usług w tej kategorii, wśród nich będzie usługa o nazwie „Biologia” a tuż obok link zatytułowany „aplikuj o usługę”. Akceptacja użytkownika następuje automatycznie. Gdy rejestracja się powiedzie, usługa na liście w katalogu zyska status „aktywny”.

Pierwsze kroki

Tryb graficzny

Poniżej przedstawione są następujące kroki:

• instalacja oprogramowania x2go
• konfiguracja x2go
• łączenie ze środowiskiem pracy użytkownika bioKepler BioKepler ( na zasobach chmurowych)
• uruchomienie oprogramowania bioKeplerBioKepler
• załadowanie przykładowego scenariusza (ang. Workflows)
• uruchomienie przykładowego scenariusza w narzędziu bioKeplerBioKepler
  
  

Instalacja oprogramowania x2go

1. Pobranie oprogramowanie x2go (klient) ze strony: http://wiki.x2go.org/doku.php/doc:installation:x2goclient - na odpowiednią platformę.
2. Instalacja klienta x2go

Konfiguracja klienta x2go:

1. Session name: bioKeplerBioKepler
2. Host: 62.3.168.25
3. login: 'plgusername'
4. sessiontype: (na przykład GNOME)
5. "ok" doda nową sesję do listy dostępnych sesji na pasku po prawej stronie

Dalsza konfiguracja:

1. Zmiana rozmiaru zdalnego desktopu: wg. preferencji

Łączenie ze środowiskiem pracy użytkownika

...

BioKepler ( na zasobach chmurowych)

1. Wybór skonfigurowanej sesji
2. podanie hasła
3. potwierdzenie zaufania dla kluczy

...

Po połączeniu ze zdalnym środowiskiem pracy, powinien pojawić się zdalny pulpit, na której między innymi znajduje się ikona do narzędzia bioKeplerBioKepler: kepler.sh

Uruchomienie oprogramowania

...

BioKepler (poprzez ikonę kepler.sh).

"Run in terminal" da możliwość obserwowania komunikatów w konsoli.

Pierwsze odpalenie bioKeplera BioKeplera będzie trwało dłużej ze względu na automatyczne tworzenie katalogów i kopiowaniu plików do katalogu domowego.. 

...

Z zakładki po lewej stronie przestrzeni roboczej (dashboard) można wybrać gotowe scenariusze lub utworzyć samemu nowy scenariusz. Dla przykładu wpisując "blast" lub wybierając "Demos Biokepler BioKepler Alignment Blast.xml"

i klikając podwójnie na ikonę można otworzyć przykładowy workflow

...

Zestaw kilkuset najczęściej używanych programów domenowych jest dostępnych na ścieżce uruchomieniowej, może być również wykorzystany poprzez bioKepleraBioKeplera.

Część narzędzi bioinformatycznych jest również dostępnych z poziomu menu (na przykład Dendroscope, cn3d, sequin, splitstree, tetra, trev, squint, etc)

...