Page History

...

• instalacja oprogramowania x2go
• konfiguracja x2go
• łączenie ze środowiskiem pracy użytkownika BioKepler ( na zasobach chmurowych)
• uruchomienie oprogramowania BioKepler
• załadowanie i uruchomienie przykładowego scenariusza (ang. Workflows)uruchomienie przykładowego scenariusza w narzędziu BioKepler
  
  

Anchor
biokepler.instalacja biokepler.instalacja

Instalacja oprogramowania x2go

1. Pobranie oprogramowanie x2go (klient) ze strony: http://wiki.x2go.org/doku.php/doc:installation:x2goclient - na odpowiednią platformę.
2. Instalacja klienta x2go

Anchor
biokepler.konfiguracja biokepler.konfiguracja

Konfiguracja klienta x2go:

1. Session name: BioKepler
2. Host: 62.3.168.25
3. login: 'plgusername'
4. sessiontype: (na przykład GNOME)
5. "ok" doda nową sesję do listy dostępnych sesji na pasku po prawej stronie

...

1. Zmiana rozmiaru zdalnego desktopu: wg. preferencji

Anchor
biokepler.laczenie biokepler.laczenie

Łączenie ze środowiskiem pracy użytkownika BioKepler ( na zasobach chmurowych)

1. Wybór skonfigurowanej sesji
2. podanie hasła
3. potwierdzenie zaufania dla kluczy

...

Po połączeniu ze zdalnym środowiskiem pracy, powinien pojawić się zdalny pulpit, na której między innymi znajduje się ikona do narzędzia BioKepler: kepler.sh

Anchor
biokepler.uruchomienie biokepler.uruchomienie

Uruchomienie oprogramowania BioKepler (poprzez ikonę kepler.sh).

"Run in terminal" da możliwość obserwowania komunikatów w konsoli.

...

Po uruchomieniu pojawi się splash screen aplikacji, który należy zamknąć.(można wybrać opcje żeby nie pojawiał się przy następnych uruchomieniach).

...

Anchor
biokepler.zaladowanie biokepler.zaladowanie

Załadowanie i uruchomienie przykładowego scenariusza

Z zakładki po lewej stronie przestrzeni roboczej (dashboard) można wybrać gotowe scenariusze lub utworzyć samemu nowy scenariusz. Dla przykładu wpisując "blast" lub wybierając "Demos BioKepler Alignment Blast.xml"

...

Poniżej przykładowe wyniki uruchomień przykładowych scenariuszy/:

Soap

Assembly/velvet

SAMTOOLS

...

W sprawie konstruowania innych scenariuszy/pomocy przy konfigurowaniu obecnych można zwrócić się do zespołu zajmującego się wsparciem 

Gridu dziedzinowego Biologii, w szczególności do Marcina Płóciennika i Marka Żywickiego.

  helpdesk PLGrid.

Gdzie szukać dalszych informacji?

...

Informacje o usługach dziedzinowych Biologia dostępne są na stronie: http://biologia.plgrid.pl/

Uzyskanie informacji/helpdesk PLGrid: dokumentacji o pomocy