Page History

...

Obecnie aplikacje składające się na usługę są zainstalowane w ramach infrastruktury PLGrid tylko na klastrze inula w Poznańskim Centrum Superkomputerowo-Sieciowym oraz na klastrze prometheus Prometheus w Cyfronecie.

Portal QCG umożliwiający interaktywne uruchamianie zadań kieruje zadania tylko na klaster inula. Za pośrednictwem portalu można uruchomić tylko główny moduł obliczeniowy UNRES, natomiast moduły analizy wyników dynamiki molekularnej z wymianą replik można uruchomić jedynie bezpośrednio w trybie wsadowym. Rozszerzenie funkcjonalności portalu QCG na ten moduły jest w toku.

Ponieważ, w chwili obecnej, system QCosCos nie obejmuje kierowania zadań na klastrze prometheusPrometheus, w przypadku uruchamiania zadań na tym komputerze należy używać systemu slurm podobnie, jak w przypadku uruchamiania innych zadań na tym komputerze. Szczegółowy opis znajduje się w podrozdziale "Uruchamianie zadań na klastrze prometheusPrometheus".

Pierwsze kroki

Zalecane jest zapoznanie się z dokumentacją części składowych pakietu UNRES dostępną na stronie pakietu (dokumentacja w języku angielskim).

...

Uruchamianie zadań na klastrze prometheusPrometheus

Zadania są uruchamiane w systemie kolejkowania slurm. Należy załadować moduł plgrid/apps/unres-e0ll2y/3.2.1 (w tym przypadku należy uruchomić aplikację unresMD_ifort_MPI_E0LL2Y.exe lub odpowiedni stowarzyszony z nią program przetwarzający wyniki symulacji) lub plgrid/apps/unres-gab/3.2.1 (w tym przypadku należy uruchomić aplikację unresMD_ifort_MPI_GAB.exe lub odpowiedni stowarzyszony z nią program przetwarzający wyniki symulacji) w zależności od używanego pola i dodatkowo moduł plgrid/tools/impi. Podobnie jak w przypadku klastra inula, załadowanie modułów powoduje zdefiniowanie plików z właściwymi dla danego pola parametrami; pliki te można jednk podmienić na pliki z parametrami użytkownika. Przykładowy skrypt jest podany poniżej.

...

Przykładowe pliki wsadowe dla systemu slurm oraz pliki danych i pliki wynikowe dla różnych trybów obliczeń wraz z krótkim opisem są dostępne w katalogu  /net/software/local/unres/Przyklady na klastrze prometheusPrometheus; archiwum można pobrać stąd w postani pliku Przyklady_prometheus.zip.

...