Page History

...

1. Analiza jakości mapowania. Narzędzie: Quality Control -> RNA-seq quality metrics with RseQC. Narzędzie należy uruchomić na pliku BAM uzyskanym z mapowania w poprzednim kroku oraz załadowanym pliku chr19_hg19.bed. Przeanalizuj otrzymane wykresy oraz informacje diagnostyczne.
2. Zliczanie ilości odczytów zmapowanych w obrębie genów. Narzędzie RNA-seq -> Count aligned reads per genes with HTseq-count. Uruchamiamy dla plików bam uzyskanych z mapowania paired-end z użyciem bowtie2. Parametry:
   
   • Reference organism: Homo_sapiens.GRch37.75
   • Does the BAM file contain paired-end data: yes
   • Was a data produced with a strand-specific protocol: yes 
3. Zdefiniowanie układu eksperymentalnego. Narzędzie: Utilities -> Define NGS experiment. Uruchamiamy na plikach htseq-count.tsv z poprzedniego kroku (zanzaczyć oba przed uruchomieniem). W opcjach należy zaznaczyć kolumnę zawierającą zliczenia w obrębie plików wybranych do analizy, w naszym przypadku „count”. Po uruchomieniu powstaje tabela łącząca zliczenia z obu plików oraz plik phenodata.tsv. Plik ten należy zaznaczyć i w oknie wizualizacji wybrać Phenodata editor. Teraz należy przyporządkować próbki do grup eksperymentalnych. W naszym przypadku nie mamy replikatów, więc sample001.tsv opisujemy w kolumnie „group” jako „adrenal”, natomiast sample0002.tsv jako „brain” i naciskamy „close”.
4. Testowanie statytyczne genów pod względem różnicowej ekspresji. Narzędzie: RNA-seq -> Differential expression using edgeR. Narzędzie uruchom na plikach otrzymanych w poprzednim kroku. Parametry pozostaw domyślne. Przeanalizuj wykresy diagnostyczne oraz listę genów ulegających statystycznie istotnej różnicowej ekspresji. 
   

Zaawansowane użycie

Ewentualnie jako osobny podrozdział.

Gdzie szukać dalszych informacji?

Strony zewnętrzne (jeśli są), odnośnik do helpdesku lub strony dokumentacji o pomocy.

...

Szczegółowe informacje o użytkowaniu infrastruktury PLGrid znajdują się w Podręczniku Użytkownika.

Szczegółowa dokumentacja Chipster wraz z przykładowymi sesjami znajduje się na stronie: http://chipster.csc.fi/manual/

Informacje o usługach dziedzinowych Biologia dostępne są na stronie: http://biologia.plgrid.pl/

Uzyskanie informacji/helpdesk PLGrid: dokumentacji o pomocy