...
Aby skorzystać z usługi Chipster, należy mieć aktywne konto w infrastrukturze PLGrid.
Do usługi Chipster może uzyskać dostęp każdy użytkownik PLGrid, który jest użytkownikiem usługi Molecular Biology Data Analysis Toolkit. W celu uzyskania dostępu do tych usług należy wejść na stronę http://portal.plgrid.pl a , a następnie zalogować się podając swój identyfikator plgrid PLGrid (np. plgkowalski) i hasło do portalu, po czym z górnej belki zawierającej menu wybrać opcję „Moje konto”. W prawej kolumnie ukaże się Katalog usług dostępnych dla danego użytkownika.
Z katalogu usług należy wybrać kategorię: Platforma Dziedzinowa – Biologia, a następnie „rozwiń”, ukaże się lista usług w tej kategorii, wśród nich będzie usługa o nazwie Molecular Biology Data Analysis Toolkit a tuż obok link zatytułowany „aplikuj o usługę”. Akceptacja użytkownika następuje automatycznie. Gdy rejestracja się powiedzie, usługa na liście w katalogu zyska status „aktywny”.
...
Interfejs aplikacji Chipster podzielony jest na 4 obszary: Datasets , Workflow , Analysis tools oraz Visualisation . W obszarach Datasets oraz Workflow możliwe jest śledzenie wyników analiz oraz wskazywanie plików, na których mają byc być uruchomione narzędzia dostepne dostępne w obszarze Analysis tools . Ostatni z obszarów, Visualisation , służy do wyświetlanai wyświetlania informacji o wybranym pliku/wyniku oraz do wyświetlania jego wizualizacji.
...
- Analiza jakości mapowania. Narzędzie: Quality Control -> RNA-seq quality metrics with RseQC . Narzędzie należy uruchomić na pliku BAM uzyskanym z mapowania w poprzednim kroku oraz załadowanym pliku chr19_hg19.bed . Przeanalizuj otrzymane wykresy oraz informacje diagnostyczne.
- Zliczanie ilości odczytów zmapowanych w obrębie genów. Narzędzie RNA-seq -> Count aligned reads per genes with HTseq-count . Uruchamiamy dla plików bam uzyskanych z mapowania paired-end z użyciem bowtie2. Parametry:
- Reference organism: Homo_sapiens.GRch37.75
- Does the BAM file contain paired-end data: yes
- Was a data produced with a strand-specific protocol: yes
- Zdefiniowanie układu eksperymentalnego. Narzędzie: Utilities -> Define NGS experiment . Uruchamiamy na plikach htseq-count.tsv z poprzedniego kroku (zanzaczyć oba przed uruchomieniem). W opcjach należy zaznaczyć kolumnę zawierającą zliczenia w obrębie plików wybranych do analizy, w naszym przypadku „count”. Po uruchomieniu powstaje tabela łącząca zliczenia z obu plików oraz plik phenodata.tsv . Plik ten należy zaznaczyć i w oknie wizualizacji wybrać Phenodata editor . Teraz należy przyporządkować próbki do grup eksperymentalnych. W naszym przypadku nie mamy replikatów, więc sample001.tsv opisujemy w kolumnie „group” jako „adrenal”, natomiast sample0002.tsv jako „brain” i naciskamy „close”.
- Testowanie statytyczne statystyczne genów pod względem różnicowej ekspresji. Narzędzie: RNA-seq -> Differential expression using edgeR . Narzędzie uruchom na plikach otrzymanych w poprzednim kroku. Parametry pozostaw domyślne. Przeanalizuj wykresy diagnostyczne oraz listę genów ulegających statystycznie istotnej różnicowej ekspresji.
Gdzie szukać dalszych informacji?
...
Uzyskanie informacji/helpdesk PLGrid: dokumentacji o pomocy