Page tree
Skip to end of metadata
Go to start of metadata

Krótki opis instancji usługi

Cel istnienia instancji AuxEx do pracy indywidualnej jest dwojaki. Po pierwsze, utworzono ją po to aby umożliwić nowym użytkownikom usługi zapoznanie się z funkcjonalnościami dostępnymi w instalacjach już wdrożonych dla konkretnych grup użytkowników. Jeśli użytkownik jest członkiem takiej grupy i wnioskuje o uzyskanie dostępu do już działającej instancji AuxEx, to po zawnioskowaniu o usługę (procedurę wnioskowania opisano tutaj) skontaktuje się z nim administrator usługi w celu ustalenia szczegółów dostępu (wszelkie pytania należy kierować do zespołu wsparcia na adres auxex@helpdesk.plgrid.pl). Drugim celem powstania instancji do pracy indywidualnej jest umożliwienie użytkownikowi, w ramach tej instancji, korzystania z narzędzi dostarczanych wraz z usługą służących do gromadzenia, przetwarzania i składowania danych eksperymentalnych. Szczegółowy opis tych narzędzi znajduje się w dalszej części tego podręcznika.

Pierwsze kroki z AuxEx do pracy indywidualnej

W celu uzyskania dostępu do instancji do pracy indywidualnej wystarczy zawnioskować o usługę AuxEx w portalu PL-Grid (procedurę wnioskowania opisano tutaj). Po aplikowaniu o usługę użytkownik automatycznie otrzymuje dostęp do instancji do pracy indywidualnej dostępnej pod adresem https://auxex.plgrid.pl. Wszystkie dane zgromadzone w aplikacji będą dostępne tylko dla niego. Pozostali użytkownicy usługi nie mają do nich dostępu.

Logowanie

W celu zalogowania się do usługi należy połączyć się, za pomocą przeglądarki internetowej, z serwerem usługi:
https://auxex.plgrid.pl
.

Do logowania użytkowników wykorzystywany jest system OpenID, który pozwala zalogować się do tej i innych usług dziedzinowych dostępnych w infrastrukturze PL-Grid. Po połączeniu ze stroną usługi następuje automatyczne przekierowanie na stronę systemu OpenID (https://openid.plgrid.pl). Zalogować można się na dwa sposoby:

  • wykorzystując certyfikat osobisty zarejestrowany w portalu PL-Grid i zainstalowany w przeglądarce (więcej o certyfikatach znajduje się tutaj),
  • z użyciem loginu i hasła (te same dane dostępowe co do infrastruktury PL-Grid).

Po pomyślnym zalogowaniu się do systemu OpenID nastąpi automatyczne przekierowanie z powrotem na stronę usługi AuxEx.

W zakładce Home wyświetlane są podstawowe informacje dotyczące aplikacji t.j. lista ostatnich zdarzeń (Latest events), statystyki usługi (Service statistics) oraz lista użytkowników zalogowanych aktualnie do usługi do pracy indywidualnej.

Dodawanie nowego materiału

Pracę z aplikacją należy rozpocząć od dodania nowego materiału, który znajduje się w obszarze zainteresowań badawczych użytkownika. Materiały pogrupowane są w kategorie. W celu dodania kategorii materiału należy wybrać z menu pozycję Materials i kliknąć przycisk Add new compound category. Po podaniu nazwy kategorii i kliknięciu Submit, kategoria zostaje utworzona i można dodać do niej nowy materiał. W tym celu należy kliknąć przycisk Add new compound, wypełnić kwestionariusz charakteryzujący materiał i kliknąć przycisk Submit. Nowy materiał zostanie dodany do utworzonej wcześniej kategorii. Zestaw parametrów charakteryzujących materiał został opracowany na potrzeby wdrożenia AuxEx dla projektu NewLoks (zestaw ten może ulec zmianie jeśli grupa badawcza zgłosi zapotrzebowanie na wdrożenie AuxEx na jej potrzeby, więcej o wnioskowaniu tutaj). Oprócz parametrów podawanych przy tworzeniu materiału, może on zostać opisany z wykorzystaniem danych pochodzących z eksperymentów dyfraktometrycznych. Na stronie Parameters opisującej materiał możliwe jest dodanie plików z danymi a następnie wyświetlenie struktury materiału opisanej plikiem w formacie cif (przykładowy plik cif), oraz dyfraktogramu z pliku w formacie xrd (przykładowy plik xrd). Do wizualizacji danych z plików cif posłużono się zaawansowanym programem do wizualizacji struktury Jmol.

Dodatkowo aplikację wyposażono w silnik obliczeniowy pozwalający na teoretyczne obliczenie dyfraktogramu na podstawie pliku cif. Po wczytaniu pliku cif teoretyczny dyfraktogram jest automatycznie generowany, zapisywany w formacie xrd w systemie i może być wizualizowany z pomocą wbudowanego narzędzia (na liście rozwijanej XRD należy wybrać plik o tej samej nazwie co plik cif z dopiskiem _calc).

Plikami cif i xrd można zarządzać w zakładce Structure Data.

W zakładce Experiments zebrane są wszystkie dane eksperymentalne udostępnione przez użytkownika w aplikacji i dotyczące konkretnego materiału wraz z zestawem filtrów pozwalających na przeszukiwanie bazy danych.

W zakładce Calculation Methods można umieszczać dokumenty opisujące rezultaty teoretycznych przewidywań właściwości danego materiału. Zakładka Related Bibliography pozwala na powiązanie z danym materiałem odnośników bibliograficznych wprowadzonych wcześniej w module bibliografii (więcej w rozdziale dotyczącym Bibliography).

Dodawanie nowego eksperymentu

W celu dodania do systemu nowego eksperymentu należy wybrać z menu pozycję Experiments i kliknąć przycisk Add experiment. Następnie należy wypełnić formularz podając nazwę eksperymentu (Experiment name), wybierając jego typ z listy rozwijanej (Experiment type) i wprowadzając opis w oknie edytora (Experiment description). Po kliknięciu przycisku Add experiment eksperyment zostanie dodany i strona jego opisu powinna wyglądać jak na poniższym przykładzie:

Obsługiwane typy eksperymentów

  • Spectrometer
    Eksperyment ten zaprojektowano na potrzeby obsłużenia stanowiska pomiarowego wyposażonego w spektrofotometr McPherson, przeznaczony do analizy emisji i absorpcji w zakresie od 120 do 1800 nm (specyfikacja urządzenia dostępna jest pod adresem www.mcphersoninc.com/systems/PDPphosphor.htm). Ze względu na bardzo ogólny sposób traktowania danych spektroskopowych w AuxEx możliwe jest zastosowanie tego eksperymentu do gromadzenia i analizowania dowolnych danych spektroskopowych pochodzących z dowolnego urządzenia.
    Obsługiwane formaty danych
    Moduł obsługujący eksperyment typu Spektrometr przystosowany jest do przetwarzania plików w formacie tekstowym z danymi w dwóch kolumnach, gdzie pierwsza jest długością fali wyrażoną w nanometrach, natomiast druga jest liczbą zliczeń detektora. Przykładowe pliki pomiarowe załączono poniżej:
    Zestaw metadanych dowiązanych do plików pomiarowych, widoczny na rysunku poniżej, został zdefiniowany na potrzeby wdrożenia AuxEx dla projektu NewLoks.

    Zestaw ten może być specyficzny dla stanowiska pomiarowego, dla którego interfejs został zaprojektowany. Jeśli jest on nieadekwatny do zastosowań użytkownika, można skontaktować się z administratorami (auxex@helpdesk.plgrid.pl) i wnioskować o przygotowanie interfejsu dostosowanego do potrzeb grupy badawczej użytkownika lub o utworzenie dedykowanej usługi dla grupy badawczej, z nowymi funkcjonalnościami.
    Dodawanie plików eksperymentalnych

    W celu przesłania plików z wynikami pomiarów dla danego eksperymentu należy przejść do zakładki Upload spectrometer. Pliki z wynikami pomiarów dla danej próbki można przesłać w sekcji Upload spectrometer file. W eksperymencie spektroskopowym oprócz pomiaru dla próbki właściwej potrzebny jest również pomiar dla próbki referencyjnej. W pierwszej kolejności należy dodać plik referencyjny. W tym celu należy wypełnić formularz Upload reference file i kliknąć przycisk Ulpoad pod tym formularzem. (W zakładce Reference files możliwe jest zarządzanie dodanymi plikami referencyjnymi.) Następnie należy wypełnić formularz Upload spectrometer file. Z listy Reference file należy wybrać dodany wcześniej plik referencyjny, natomiast z listy Material reference zdefiniowany wcześniej materiał, którego pomiar dotyczy. Po uzupełnieniu wszystkich pól z metadanymi opisującymi warunki pomiaru, należny nacisnąć przycisk Upload. Plik wraz z metadanymi zostanie zapisany w bazie danych aplikacji.
    Zakładka
    Management
    Dla wszystkich eksperymentów zdefiniowanych w aplikacji dostępna jest zakładka Management służąca do wyszukiwania i wizualizacji zgromadzonych w aplikacji plików. Metody wizualizacji i analizy danych zostały spersonalizowane pod kątem grupy, dla której konkretny interfejs był projektowany. Jeśli sposób analizy i wizualizacji danych jest skomplikowany lub nieintuicyjny w widoku Management można kliknąć ikonę znaku zapytania celem uruchomienia aplikacji instruktażowej.
  • Hasylab Desy
    Eksperyment tego typu przeznaczony jest do zarządzania i wizualizacji danych powstałych na stacji pomiarowej Doris III.

    Ten typ eksperymentu przewiduje wykonanie szeregu pomiarów emisji i wzbudzenia. Dodatkowo dla pomiarów wzbudzeń przewidziano przeprowadzenie pomiaru eksperymentu. Dla każdego z typów pomiarów przygotowano formularz do wczytania plików wraz z odpowiednim zestawem metadanych.
    Obsługiwane formaty danych
    Dla poszczególnych eksperymentów obsługiwane są pliki binarne z kamery CCD zamontowanej na stanowisku pomiarowym a także pliki ASCII. W celu przesłania plików z wynikami pomiarów należy przejść do zakładki Upload emission i/lub Upload exitation. Przykładowe pliki z danymi zamieszczono poniżej:

Moduł Bibliography

W aplikację wbudowane zostało narzędzie do gromadzenia i zarządzania rekordami bibliograficznymi dostępne po wybraniu z menu pozycji Bibliography.

Dodawanie nowego rekordu

W celu dodania nowego rekordu bibliograficznego w bazie danych aplikacji należy kliknąć przycisk Add new entry. Do wprowadzania informacji bibliograficznych można wykorzystać trzy metody:

  1. Wypełnienie formularza i kliknięcie przycisku Save entry.
  2. Wczytanie pliku w formacie PDF z artykułem (przycisk Browse), do którego odnośnik chcemy dodać i kliknięcie przycisku Extract informations.

    Spowoduje to uruchomienie parsera, który wypełni formularz danymi pochodzącymi z pliku PDF z artykułem. Następnie wystarczy uzupełnić brakujące dane oraz poprawić błędy parsera i kliknąć Save entry celem zapisania rekordu.
  3. Wczytanie informacji bibliograficznej z pliku w formacie RIS lub BibTeX. W zakładce Upload należy wczytać plik BibTeX lub RIS. Następnie w tabeli prezentującej zawartość pliku należy zaznaczyć wpisy interesujące użytkownika i kliknąć przycisk Save selected entries.

Zarządzanie rekordami bibliograficznymi

Tabela w zakładce My entries zbiera wszystkie dodane przez użytkownika rekordy bibliograficzne. Artykuł można oznaczyć (za pomocą linku Mark w kolumnie Working) jako rekord, z którym użytkownik będzie pracował, co spowoduje, że będzie on widoczny w zakładce Working Bibliography. Listę rekordów z tej zakładki można pobrać w postaci pliku w formacie RIS lub BibTeX. W kolumnie Options znajdują się ikony spełniające następujące funkcje:

 

ikonafunkcja
prezentacja szczegółów rekordu
edycja rekordu
usuwanie rekordu
otwarcie strony WWW zdefiniowanej w rekordzie
pobranie pliku PDF dołączonego do rekordu
otwarcie źródła internetowego na podstawie numeru DOI

Rekordy zdefiniowane w module bibliografii mogą być dowiązywane do materiałów za pośrednictwem zakładki Related Bibliography w widoku materiału.

Moduł Meeting

Po wybraniu z menu pozycji Meeting użytkownik zostanie poproszony o zalogowanie się do usługi służącej do tworzenia telekonferencji w portalu meet.plgrid.pl (więcej szczegółów dotyczących tej usługi można znaleźć tutaj). Login i hasło jest identyczne z tym do portalu PLGrid. W zakładce tej użytkownik zobaczy listę wszystkich zdefiniowanych przez siebie spotkań, wraz z linkami do nich. Można również z poziomu tej zakładki utworzyć nową telekonferencję.

 

  • No labels