Krótki opis usługi
Poniższy przykład opisuje niezbędne kroki do uruchomienia obliczeń kwantowo-chemicznych za pomocą programu Gaussian. Obliczenia będą wykonywane na maszynach udostępnionych w ramach infrastruktury PL-Grid.
Aktywowanie usługi
Uruchamianie zadań możliwe jest w ramach różnych interfejsów graficznych do obsługi zadań. W poniższym przykładzie do uruchomienia zadania wykorzystano usługę QCG. Poniżej opisane zostały najważniejsze kroki wymagane do rozpoczęcia obliczeń:
- Rejestracja(założenie konta)
Rejestracja dotyczy tylko osób które nie mają jeszcze konta w portalu PL-Grid. Przy rejestracji wskazane jest utworzenie konta "zwykłego" użytkownika, chyba, że rejestracja następuje tylko na potrzeby szkolenia, zgodnie z opisem w podręczniku użytkownika. - Wystąpienie o certyfikat
Certyfikat jest niezbędny do uruchamiania zadań w PL-Grid. Do pracy wystarczy certyfikat SimpleCA. Sposób jego uzyskiwania opisany jest w osobnym rozdziale podręcznika – poprzez zakładkę Moje konto w portalu i przycisk "wygeneruj certyfikat SimpleCA". - Wystąpienie o grant obliczeniowy (opcjonalnie)
Każdy użytkownik po założeniu konta otrzymuje automatycznie grant osobisty (czyli minimalną pulę zasobów - 1000 godzin obliczeniowych i 40 GB pamięci dyskowej). Grant osobisty pozwala na szybkie rozpoczęcie pracy. W miarę prowadzenia obliczeń wskazane jest wystąpienie o grant tzw. "właściwy". Aktywowanie usługi
W celu wykonania poniższych ćwiczeń konieczne jest uzyskanie dostępu do usługi QCG (procedura aplikowania o dostęp do QCG jest opisana tutaj).
Pierwsze kroki
Cel ćwiczenia
Zasadniczym celem poniższego samouczka jest prezentacja różnych metod pozwalających na uruchomienie zadania obliczeniowego w programie Gaussian za pośrednictwem usługi QCG. Przykład 1 prezentuje w jaki sposób zlecić zadanie z wykorzystaniem wbudowanego w język QCG Simple interfejsu do aplikacji Gaussian. Przykład 2 pokazuje jak uruchamiać to samo zadanie za pośrednictwem mechanizmu modułów. W przykładzie 3 można zobaczyć w jaki sposób to samo zadanie można uruchomić z poziomu skryptu w BASH'u.
We wszystkich przykładach będziemy korzystać z przykładowego pliku wsadowego do programu Gaussian sample.com (celem obliczeń zdefiniowanych w tym pliku jest optymalizacja struktury i analiza częstotliwości drgań dla cząsteczki etanolu na poziomie B3LYP/6-31g).
Przykład 1 - uruchamianie zadania z pomocą interfejsu QCG do aplikacji Gaussian
O czym warto pamiętać
Dalsze informacje
Możliwe jest także uruchamianie zadań przez inne systemy dostępowe, ...
Overview
Content Tools