Page tree
Skip to end of metadata
Go to start of metadata

You are viewing an old version of this page. View the current version.

Compare with Current View Page History

« Previous Version 4 Next »

Krótki opis usługi

TODO AR: Dla kogo jest przeznaczona, jakie najważniejsze możliwości oferuje? Opisać podbudowę teoretyczną ale bez przesady.

Aktywowanie usługi

Przed pierwszym skorzystaniem z usługi SinusMed należy założyć konto w portalu PL-Grid. Udostępnia ono podstawowy dostęp do infrastruktury obliczeniowej polskiej nauki. Szczegóły podaje podręcznik: Zakładanie konta w portalu

Po założeniu konta w portalu należy aktywować dwie niezbędne usługi:

  1. Globalny dostęp UNICORE oraz
  2. SinusMed znajdujący się w sekcji Platforma dziedzinowa: Zdrowie.

Aktywacja usług kontrolowana jest w zakładce "Moje konto" portalu i powinna przebiec automatycznie. Detale zarządzania usługami podaje podręcznik: Aktywacja i rezygnacja z usług.

Od tego momentu jest możliwa praca z usługą SinusMed. W przypadku prowadzenia dużej ilości symulacji zalecamy stworzenie tzw. grantu obliczeniowego, który pozwoli na użycie większej ilości zasobów infrastruktury PL-Grid niż jest to dostępne dla każdego, zaraz po założeniu konta. Szczegóły podaje rozdział podręcznika: Granty obliczeniowe.

Pierwsze kroki

  1. TODO Logowanie do portalu UNICORE. Adres i link do współdzielonej instrukcji dla portalu.
  2. TODO Wybranie aplikacji SinusMed w głównym menu
  3. Stworzenie nowej symulacji
    1. przygotowanie inputu
    2. określenie opcji
    3. zlecenie
  4. TODO Przeglądanie i interpretacja wyników
  5. TODO Otwarcie poprzedniej symulacji
  6. TODO Wykorzystanie storage gridowego do ponownej symulacji na poprzednio użytych danych wejściowych

Logowanie do usługi 

TODO Logowanie do portalu UNICORE. Adres i link do współdzielonej instrukcji dla portalu.

Interfejs główny

Poniższy zrzut ekranu przedstawia widok główny interfejsu usługi. Górna część zawiera przycisk tworzący nową symulację (1) oraz pod nim tabelę z wszystkimi symulacjami SinusMed jakie dotychczas zostały zlecone (3). Przy pierwszym uruchomieniu tabela będzie pusta. Podczas pracy z konkretną symulacją można kontrolować rozmiar tabeli z zadaniami poprzez przeciągnięcie poziomej belki znajdującej się pod nią lub ją całkowicie schować za pomocą przycisku (3).

Stworzenie nowej symulacji

Przed przystąpieniem do zlecenia nowej symulacji należy przygotować dane na których symulacja będzie działać. W tym celu należy spakować do jednego pliku zip wynik badania CT. Badanie takie zawiera wiele plików w formacie DICOM, często umieszczonych w strukturze podkatalogów. Usługa znajdzie serie danych DICOM w największym rozmiarze w paczce zip i na nich będzie prowadzona analiza.

Po kliknięciu przycisku (1) pod tabelą z zadaniami pojawi się zakładka w której można podać ustawienia i dane wejściowe symulacji. W kolejności należy wypełnić następujące pola:

  1. Nazwa symulacji, która może być dowolna, powinna być intuicyjna dla użytkownika.
  2. Nazwa grantu obliczeniowego PL-Grid. Podanie nazwy grantu jest opcjonalne, jeśli nie zostanie podana będzie użyty grant domyślny, ustawiony w portalu PL-Grid.
  3. Dane wejściowe. Przygotowany plik wejściowy .zip powinien zostać wysłany poprzez wybranie go w oknie pojawiającym się po kliknięciu w przycisk Upload. Alternatywna wersja wyboru pliku z zasobów dyskowych infrastruktury jest opisana w dalszej części dokumentu.
  4. Atlas określa do którego zestawu danych wzorcowych ma być dopasowany zbiór danych wejściowych.
  5. Profil pracy (execution profile) określa proporcję pomiędzy dokładnością a czasem wykonania zadania. Symulacja w najniższej jakości zakończy się w czasie znacznie krótszym niż godzina. Symulacja w najwyższej jakości będzie trwać około 8 godzin (jest to wartość bardzo orientacyjna).

Po ustawieniu danych wejściowych symulację można rozpocząć poprzez kliknięcie w zielony przycisk ze strzałką.

Uruchomiona symulacja wpierw oczekuje na przydzielenie zasobów na których zostanie wykonana. Ten okres trwa różnie w zależności od obciążenia infrastruktury jednak zazwyczaj około minuty. W momencie gdy symulacja zostanie faktycznie wystartowana (wszystko to dzieje się automatycznie i nie wymaga interwencji użytkownika) pojawia się w interfejsie czerwona ikonka za pomocą której można anulować zadanie - np. jeśli zostało zlecone omyłkowo.

Oczekiwanie na zakończenie symulacji naturalnie nie musi odbywać się z otwartą zakładką tejże. Również nie ma konieczności bycia zalogowanym do portalu usługi. Otwarcie wcześniej zleconej symulacji jest opisane w sekcji poniżej.

Przeglądanie i interpretacja wyników

Praca z wcześniej zleconymi symulacjami

Gdzie szukać dalszych informacji?

W przypadku problemów z usługą oraz w celu zgłoszenia próśb o rozszerzenie należy je zgłaszać do Helpdesku PL-Grid https://helpdesk.plgrid.pl, dokładna instrukcja jest podana na dole strony: Gdzie szukać pomocy?

 

 

 

  • No labels