Page tree
Skip to end of metadata
Go to start of metadata

You are viewing an old version of this page. View the current version.

Compare with Current View Page History

« Previous Version 5 Next »

Krótki opis usługi

TODO AR: Dla kogo jest przeznaczona, jakie najważniejsze możliwości oferuje? Opisać podbudowę teoretyczną ale bez przesady.

Aktywowanie usługi

Przed pierwszym skorzystaniem z usługi SinusMed należy założyć konto w portalu PL-Grid. Udostępnia ono podstawowy dostęp do infrastruktury obliczeniowej polskiej nauki. Szczegóły podaje podręcznik: Zakładanie konta w portalu

Po założeniu konta w portalu należy aktywować dwie niezbędne usługi:

  1. Globalny dostęp UNICORE oraz
  2. SinusMed znajdujący się w sekcji Platforma dziedzinowa: Zdrowie.

Aktywacja usług kontrolowana jest w zakładce "Moje konto" portalu i powinna przebiec automatycznie. Detale zarządzania usługami podaje podręcznik: Aktywacja i rezygnacja z usług.

Od tego momentu jest możliwa praca z usługą SinusMed. W przypadku prowadzenia dużej ilości symulacji zalecamy stworzenie tzw. grantu obliczeniowego, który pozwoli na użycie większej ilości zasobów infrastruktury PL-Grid niż jest to dostępne dla każdego, zaraz po założeniu konta. Szczegóły podaje rozdział podręcznika: Granty obliczeniowe.

Pierwsze kroki

Logowanie do usługi 

TODO Logowanie do portalu UNICORE. Adres i link do współdzielonej instrukcji dla portalu. Wybranie aplikacji SinusMed w głównym menu

Interfejs główny

Poniższy zrzut ekranu przedstawia widok główny interfejsu usługi. Górna część zawiera przycisk tworzący nową symulację (1) oraz pod nim tabelę z wszystkimi symulacjami SinusMed jakie dotychczas zostały zlecone (3). Przy pierwszym uruchomieniu tabela będzie pusta. Podczas pracy z konkretną symulacją można kontrolować rozmiar tabeli z zadaniami poprzez przeciągnięcie poziomej belki znajdującej się pod nią lub ją całkowicie schować za pomocą przycisku (3).

Stworzenie nowej symulacji

Przed przystąpieniem do zlecenia nowej symulacji należy przygotować dane na których symulacja będzie działać. W tym celu należy spakować do jednego pliku zip wynik badania CT. Badanie takie zawiera wiele plików w formacie DICOM, często umieszczonych w strukturze podkatalogów. Usługa znajdzie serie danych DICOM w największym rozmiarze w paczce zip i na nich będzie prowadzona analiza.

Po kliknięciu przycisku (1) pod tabelą z zadaniami pojawi się zakładka w której można podać ustawienia i dane wejściowe symulacji. W kolejności należy wypełnić następujące pola:

  1. Nazwa symulacji, która może być dowolna, powinna być intuicyjna dla użytkownika.
  2. Nazwa grantu obliczeniowego PL-Grid. Podanie nazwy grantu jest opcjonalne, jeśli nie zostanie podana będzie użyty grant domyślny, ustawiony w portalu PL-Grid.
  3. Dane wejściowe. Przygotowany plik wejściowy .zip powinien zostać wysłany poprzez wybranie go w oknie pojawiającym się po kliknięciu w przycisk Upload. Alternatywna wersja wyboru pliku z zasobów dyskowych infrastruktury jest opisana w dalszej części dokumentu.
  4. Atlas określa do którego zestawu danych wzorcowych ma być dopasowany zbiór danych wejściowych.
  5. Profil pracy (execution profile) określa proporcję pomiędzy dokładnością a czasem wykonania zadania. Symulacja w najniższej jakości zakończy się w czasie znacznie krótszym niż godzina. Symulacja w najwyższej jakości będzie trwać około 8 godzin (jest to wartość bardzo orientacyjna).

Po ustawieniu danych wejściowych symulację można rozpocząć poprzez kliknięcie w zielony przycisk ze strzałką.

Uruchomiona symulacja wpierw oczekuje na przydzielenie zasobów na których zostanie wykonana. Ten okres trwa różnie w zależności od obciążenia infrastruktury jednak zazwyczaj około minuty. W momencie gdy symulacja zostanie faktycznie rozpoczęta (wszystko to dzieje się automatycznie i nie wymaga interwencji użytkownika) pojawia się w interfejsie czerwona ikonka za pomocą której można anulować zadanie - np. jeśli zostało zlecone omyłkowo.

Oczekiwanie na zakończenie symulacji naturalnie nie musi odbywać się z otwartą zakładką tejże. Również nie ma konieczności bycia zalogowanym do portalu usługi. Otwarcie wcześniej zleconej symulacji jest opisane w sekcji  poniżej.

Przeglądanie i interpretacja wyników

Po zakończeniu symulacji portal automatycznie pobierze jej wyniki (ten proces może potrwać do około minuty) i je zaprezentuje.

Górna część zakładki symulacji pokazuje jej podstawowe dane (A). Dolna część pozwala wybrać tryb prezentacji wyników (C). Podstawowe tryby to:

  1. Input only, w którym jest prezentowany jedynie zbiór danych wejściowych
  2. Final result, pokazujący finalny wynik symulacji nałożony na tło będące danymi wejściowymi.

Pozostałe tryby są użyteczne w przypadku analizy przebiegu samej symulacji (zapewne niedostatecznie dokładnej) i pozwalają określić w którym momencie jej wykonanie zaczęło odbiegać od zamierzonego wyniku.

Suwaki pozwalają kontrolować prezentowany przekrój (D) oraz stopień przezroczystości (E) nałożenia wyników (nieistotne przy oglądaniu samych danych wejściowych). Ponieważ dane obrazowe są spore zaleca się, szczególnie przy słabszym łączu internetowym, przeciąganie suwaków zamiast używania przycisków '+' i '-' - przyspiesza to znacznie zmianę widoku.

Interfejs pozwala również na pobranie wyników symulacji (B) na lokalną maszynę w celu dalszej analizy za pomocą własnego oprogramowania. TODO AR - po co?

Praca z wcześniej zleconymi symulacjami

Jak było powiedziane tabela (3) zawiera listę wszystkich symulacji. W rzadkich przypadkach może zajść potrzeba jej odświeżenia pierwszym przyciskiem z menu (4). Symulacje można otworzyć albo z menu kontekstowego albo poprzez podwójne kliknięcie. Portal wpierw sprawdzi aktualny stan symulacji a następnie wyświetli jej wynik lub informacje o tym że wciąż jest w toku (w sposób identyczny jak po zleceniu nowego zadnia).

W menu kontekstowym tabeli zadań (3) można również permanentnie skasować niepotrzebne symulacje oraz uzyskać dostęp do przeglądarki wszystkich plików zadania.

W przypadku przeprowadzania wielu symulacji na tych samych danych można skorzystać z wcześniej wysłanych danych wejściowych poprzedniego zadania lub (dla zaawansowanych użytkowników) danych umieszczonych w Gridowej przestrzeni danych za pomocą innych narzędzi (klienci systemu UNICORE lub menadżer danych portalu). Aby tego dokonać należy przy przygotowywaniu zadania wybrać wariant Input file from a Grid storage, a następnie otworzyć okienko wyboru plików dostępnych na infrastrukturze. W najczęstszym wariancie - wykorzystania plików poprzedniej symulacji należy odszukać jej przestrzeń plików, rozwinąć a następnie wybrać plik wejściowy.

Gdzie szukać dalszych informacji?

W przypadku problemów z usługą oraz w celu zgłoszenia próśb o rozszerzenie należy je zgłaszać do Helpdesku PL-Grid https://helpdesk.plgrid.pl, dokładna instrukcja jest podana na dole strony: Gdzie szukać pomocy?

 

 

 

  • No labels