Matematyka: DataBank

Krótki opis usługi

Usługa do równoległego i wielosesyjnego gromadzenia i monitorowania danych do celów analiz matematycznych i statystycznych.

Adres usługi: elder13.man.poznan.pl/redcap/

Aktywowanie usługi

Aby móc korzystać z usługi należy:

Założyć konto w portalu PLGrid: Zakładanie konta w portalu.
Wygenerować certyfikat: Aplikowanie, rejestracja i użycie certyfikatu.
Aktywacja usługi:
1. Zalogować się w: Portal PLGrid.
2. Przejść do zakładki 'Moje Konto'
3. W katalogu usług znaleźć 'Platforma dziedzinowa: Matematyka'.
4. Znaleźć usługę DATA BANK i kliknąć 'Aplikuj o usługę' .

Pierwsze kroki

Pierwsze logowanie
1. Wejść na stronę usługi:
2. Kliknąć w przycisk 'Log in using PlGrid OpenID'
3. Strona automatycznie zostanie przekierowana do strony OpenID PLGridu:
4. Podać swoją nazwę użytkownika portalu PLGrid oraz hasło.
5. Po pomyślnej weryfikacji danych, usłudze DATA BANK zostanie utworzone automatycznie konto użytkownika. Następnie użytkownik zostanie przekierowany z powrotem do usługi DATA BANK.
Strona startowa
1. Home - link do strony domowej
2. My projects - projekty, do których użytkownik posiada dostęp
3. Create New Project - dodawanie nowego projektu
4. Training Resources - materiały do nauki obsługi usługi
5. Help & FAQ - pomoc
6. Send-it - moduł, który umożliwia bezpieczne przesyłanie plików
Tworzenie projektu
Na stronie głównej usługi wybrać zakładkę 'Create New Project'. Przykładowy projekt z wykorzystaniem szablonu:
Ustawienia projektu
Po stworzeniu projektu pojawi się 'check lista', która wskazuje podstawowe zadania, które powinny być wykonane przed wejściem projektu do produkcji (w projekcie będącym w fazie produkcji nie możliwości zmiany struktury formularzy). Zadaniami mogą być: tworzenie struktur przechowujących (opisujących dane), nadawanie uprawnień, ustawienia modułów (np. moduł api, raportów itp).
Opis Menu
1. Menu główne – zawiera linki do podstawowych oraz najważniejszych miejsc w usłudze.
2. Formularze/ankiety służące gromadzeniu oraz wprowadzaniu danych
3. Moduły dostępne w projekcie:
  1. Calendar – moduł kalendarza, umożliwia ustalanie spotkań, przypomnień w projekcie oraz planowanie przeprowadzania badań (ankiet) na pacjentach – można stworzyć harmonogram:
  2. Data export tool – narzędzia służące eksportowaniu danych
  3. Data import tool – import danych
  4. Data comparison tool – porównywanie dwóch pacjentów, pokazywane są wszystkie różnice między wybranymi pacjentami
  5. Logging – aktywność użytkowników w usłudze
  6. Field Comment log – log komentarzy dodanych do pól (do każdego pola w formularzu pacjenta można dodawać komentarze), np:
  7. File repository – repozytorium plików które dodali użytkownicy, lub plików, które zostały wyeksportowane przez nich.
  8. (1) User rights i (2) DAG (Data Access Group) - uprawnienia i definicje dostępu:
    1. User Rights - definicje uprawnień użytkowników. Uprawnienia mogą być przypisywane indywidualnie lub za pomocą ról – rys. poniżej (wygląd panelu może się zmienić w zależności od uruchomionych modułów w projekcie):
    2. Data Access Group – zarządzanie grupami użytkowników wewnątrz projektu – każdy użytkownik może być przypisany tylko do jednej grupy. Użytkownik przypisany do jednej grupy ma dostęp tylko do pacjentów dodanych przez użytkowników znajdujących się wewnątrz grupy (jeżeli zmienimy użytkownikowi grupę, to może on stracić dostęp do danych, które wprowadził wcześniej).
  9. Randomization – moduł odpowiadający za losowanie wartości wybranego pola – dzięki temu polu możemy przypisywać losowo pacjentów do grup, które obejmuje dane pole.
  10. Graphical Data View & Stats – statystyki, wykresy rozkładu danych dla formularzy oraz pól
  11. Data Quality – sprawdzanie jakości danych – szukanie błędów danych, niewypełnionych pól.
  12. API – api usługi
  13. Report Builder – moduł umożliwiający tworzenie własnych widoków danych
4. Reports – raporty stworzone przez użytkowników wewnątrz projektu. Raporty pokazują dane tylko tych pacjentów, którzy spełniają jego ograniczenia oraz są przypisani do danej grupy użytkownika.
5. Help & Information – pomoc dotyczące usługi .
Tworzenie własnego formularza (data instrument)
Project Setup/ Online designer
1. Każdy formularz składa się z pól. Możliwe pola w usłudze:
  1. Text box - zwykły plik tekstowy
  2. Notes box - do przechowywania dłuższych tekstów
  3. Calculated field - pole zawierające funkcję agregujące wartości z pozostałych pól. Agregowane pola nie mogą zawierać wartości tekstowych. Nazwy agregowanych pól należy umieszczać w nawiasach kwadratowych '[Variable Name]' (Variable Name - systemowa nazwa pojedynczego pola, unikalna dla danego projektu). Przykładowa funkcja BMI:
    [weight] / ([height]^2)
  4. Multiple choice - drop down list - wybór jednej opcji list rozwijanej
  5. Multiple choice - radio button - wybór jednego 'radio butttona'
  6. Checkboxes - wybór wielu opcji z listy:
  7. Yes/No - wybór tak/nie
  8. True/False - wybór prawda/fałsz
  9. Slider - suwak:
  10. File upload - pole służące dodawaniu plików przez użytkowników wypełniających ankietę/formularz (np. swoje zdjęcie).
  11. Descriptive text - przechowuje dodatkowe dokumenty dla formularza, np. jego opis lub wskazówki
  12. Begin new section - dzieli formularz na sekcje:
2. Status formularzy:
Dodawanie nowego rekordu
1. zakładka Add/Edit Records
2. Podać identyfikator nowego rekordu (w ustawieniach projektu można również ustawić automatyczne generowanie identyfikatora rekordu)
3. Zatwierdzić oraz uzupełnić dostępne pola,np:
Raporty
Raport jest dynamicznym widokiem, który przechowuje wybrane pola ze zdefiniowanych wcześniej formularzy (data instruments). W raporcie można umieścić dowolne pole (field) z danego projektu. Dodatkowo dla każdego pola można zdefiniować warunki, które będą określały jakie rekordy zostaną umieszczone w raporcie (filtrowanie rekordów). Raporty można tworzyć za pomocą 'Report Builder'a - przycisk w menu z lewej strony, zakładka 'Applications'. Jeżeli przycisku nie ma w tej zakładce to znaczy, że nie posiadasz odpowiednich uprawnień do projektu lub moduł ten został wyłączony z danego projektu.
Przykładowy raport:
Data Quality
Panel umożliwiający przeszukiwanie danych pod kątem ich poprawności (brakujące pola, wartości przekraczające zakres itp).
Import danych
Obsługiwany przez usługę szablon importowanego pliku można pobrać w zakładce 'Data import tool' .
Przykładowy plik z danymi demograficznymi.Wczytane dane z pliku trzeba zaakceptować przed dodaniem do bazy.
Ubieganie się o token
Token to unikalny klucz, który umożliwia dostęp do danych poprzez API.
Aby uzyskać własny token:
1. My Projects -> Wejść w wybrany projekt -> Zakładka Applications (menu z lewej strony) -> wejść w API (brak opcji API oznacza brak uprawnień do korzystania z tej opcji)
2. Kliknąć w 'Request API token':
3. Poczekać, aż administrator zatwierdzi token
4. Po zatwierdzeniu tokenu token powinien być widoczny dla użytkownika
API raportu (Report API)
1. Opis
  To API umożliwia eksportowanie zbioru wierszy, które są zawarte w w wybranym raporcie
2. URL
  https://elder13.man.poznan.pl/redcap/api/
3. Wspierane metody żądań (request methods)
  POST
4. Parametry
  Wymagane
  1. token
    token dla API jest to specjalny unikalny kod, przypisany do projektu oraz użytkownika.
  2. content
    report
  3. report_id
    1. <id raportu> - identyfikator raportu, który chcemy wyeksportować.
    2. 'integer' - zwraca liczbę wierszy, które obejmuje raport
    3. 'all' - zwraca strukturę wszystkich raportów przypisanych do danego projektu
  4. format
    csv,json, xml [default]
  5. type
    - flat - zwraca jeden rekord na każdy wiersz w raporcie [domyślnie]
    - eav - zwraca jeden wiersz na każdą osobną wartość (komórka tabeli) występującą w raporcie
      - dla projektów typu: 'Non-longitudinal': każdy rekord składa się z 3 pól: rekord*, nazwa_pola,wartość
      - dla projektów typu: 'Longitudinal': każdy rekord składa się z 4 pól: rekord*, nazwa_pola,wartość,<nazwa_eventu>
    * Rekord odnosi się do pola <study_id> lub jakiekolwiek innego klucza identyfikującego wiersz
  Opcjonalne
  - rawOrLabel
    raw [domyślnie] - pokazuje wartości kodowane, label - pokazuje etykietę przypisaną do wartości, both - zwraca kodowaną wartość wraz z jej etykietą
  - eventName
    unique zwraca unikalną nazwę , label - zwraca etykietę
  - events
    lista nazw wydarzeń dla których zwracane maja być rekordy - tylko dla projektów typu: 'longitudinal projects'
5. Rezultat:
  przykładowy rezultat:
```
EAV XML:
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>
<records>
   <item>
      <record></record>
      <field_name></field_name>
      <value></value>
      <redcap_event_name></redcap_event_name>
   </item>
</records>

Flat XML:
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>
<records>
   <item>
      each data point as an element
      ...
   </item>
</records>
```
  Więcej informacji o dostępnych funkcjach API znajduje się tutaj.
Dodawanie Skryptu do aplikacji
1. Przykład wczytania pliku wejściowego: data=read.csv('<:inputname>' ). Pole ‘<:inputname>’ trakcie przygotowania skryptu dla użytkownika zmieniana jest na faktyczna nazwę pliku.
2. Predefiniowane skrypty R należy dodawać do katalogu : ‘<ścieżka_do_redcap>/redcap_<wersja>/Resources/rscript’ np. ‘/var/www/html/redcap/redcap_v5.9.0/Resources/rscript’
3. Opis skryptu należy dodać do katalogu : ‘<ścieżka_do_redcap>/redcap_<wersja>/Resources/rscriptdesc’ np. ‘/var/www/html/redcap/redcap_v5.9.0/Resources/rscriptdesc’
4. Nazwa pliku ze skryptem oraz jego opis muszą być takie same.
5. Plik z opisem składa się z 2 linii:
  1. Nazwa skryptu
  2. Opis skryptu
Zlecanie obliczeń przez QCG-icon (przed następnymi krokami należy zainstalować aplikację QCG-icon)
1. Przygotowanie danych:
  1. Wybierz odpowiedni raport z listy dostępnych raportów.
    Kliknij w link R/JNLP (rysunek poniżej)
  2. Przygotowanie pliku do eksportu:
    Data Export Tool -> Advanced Data Export (Display advanced options).
    Wybrać odpowiednie nagłówki is zatwierdzić (submit), np:
    
    Z zakładki PlGrid wybrać jnlp:
  3. Wybór skryptu z listy:
  4. Uruchomić qcg-run.jnlp (Java Network Launch Protocol)
  5. Ustawianie ścieżki do QCG-icon oraz do folderu z wynikami
  6. Podać token do API projektu
  7. Jeżeli wprowadzone ustawienia są poprawne powinna uruchomić się aplikacja QCG-icon (skrypt wejściowy wraz z danymi są już wybrane). Obsługa: QCG-icon_manual