Page tree
Skip to end of metadata
Go to start of metadata

You are viewing an old version of this page. View the current version.

Compare with Current View Page History

« Previous Version 31 Next »

Krótki opis usługi

Usługa do równoległego i wielosesyjnego gromadzenia i monitorowania danych do celów analiz matematycznych i statystycznych.

Aktywowanie usługi

Aby móc korzystać z usługi należy:

  1. Założyć konto w portalu PLGrid: Zakładanie konta w portalu.
  2. Wygenerować certyfikat: Aplikowanie, rejestracja i użycie certyfikatu.
  3. Aktywacja usługi:
    1. Zalogować się w:  Portal PLGrid.
    2. Przejść do zakładki 'Moje Konto'
    3. W katalogu usług znaleźć 'Platforma dziedzinowa: Matematyka'.
    4. Znaleźć usługę DATA BANK i kliknąć 'Aplikuj o usługę' .

Pierwsze kroki

  1. Pierwsze logowanie

    1. Wejść na stronę usługi:
    2. Kliknąć w przycisk 'Log in using PlGrid OpenID'
    3. Strona automatycznie zostanie przekierowana do strony OpenID PLGridu:
    4. Podać swoją nazwę użytkownika portalu PLGrid oraz hasło.
    5. Po pomyślnej weryfikacji danych, w usłudze DATA BANK zostanie utworzone automatycznie konto użytkownika. Następnie użytkownik zostanie przekierowany z powrotem do usługi DATA BANK.
  2. Strona domowa usługi

    1. Home - link do strony domowej
    2. My projects - projekty, do których użytkownik posiada dostęp
    3. Create New Project - dodawanie nowego projektu
    4. Training Resources - materiały do nauki obsługi usługi
    5. Help & FAQ - pomoc
    6. Send-it - moduł, który umożliwia bezpieczne przesyłanie plików
  3. Tworzenie projektu

    Na stronie głównej usługi wybrać zakładkę 'Create New Project'. Poniżej przedstawiono przykładowy projekt z wykorzystaniem szablonu:

  4. Ustawienia projektu

    Po stworzeniu projektu pojawi się lista kontrolna projektu ('checklist') wskazująca podstawowe zadania, które powinny być wykonane przed zmianą fazy projektu z fazy deweloperskiej do fazy produkcji (w projekcie będącym w fazie produkcji nie możliwości zmiany struktury formularzy przez zwykłych użytkowników). Zadaniami mogą być: tworzenie struktur przechowujących (opisujących dane), nadawanie uprawnień, ustawienia modułów (np. moduł api, raportów itp).


  5. Przygotowanie struktur do wprowadzania danych - tworzenie formularza (data instrument)

    Każdy formularz definiuje w jaki sposób dane powinny być wprowadzane oraz w jaki sposób powinny być przechowywane. Każdy formularz składa się z pól, które mogą przechowywać wartości opisujące jakiś obiekt czy zjawisko (np. karta pacjenta). Różne typy pól opisane są tutaj. Każda instancja formularza związana jest ściśle z określonym obiektem. Formularze składają się również ze statusu. Lista wszystkich statusów formularzy tutaj.

    Aby stworzyć nowa strukturę formularza należy wejść w 'Project Setup' (Opis menu). Następnie wybrać Online Designer.



    Dodawanie pola do formularza:
    1. Kliknąć nazwę formularza
    2. Kliknąć add Field
    3. Wybrać typ pola ( rodzaje pól). Np. zwykły i najprostszy 'Text Box':
    4. Po uzupełnieniu odpowiednich danych kliknąć przycisk 'save':
  6. Dodawanie nowego rekordu

    1. kliknąć w zakładkę Add/Edit Records
    2. Podać identyfikator nowego rekordu (w ustawieniach projektu można również ustawić automatyczne generowanie identyfikatora rekordu - auto-numbering records)

    3. Uzupełnić oraz zatwierdzić dostępne pola, np: 

  7. Import danych

    Obsługiwany przez usługę szablon importowanego pliku można pobrać w zakładce 'Data import tool' .

    Przykładowy plik z danymi demograficznymi.Wczytane dane z pliku trzeba zaakceptować przed dodaniem do bazy.

  8. Dodawanie Skryptu do aplikacji

    1. Przykład wczytania pliku wejściowego:  data=read.csv('<:inputname>' ). Pole ‘<:inputname>’ w trakcie przygotowania skryptu dla użytkownika zmieniana jest na faktyczna nazwę pliku.

    2. Predefiniowane skrypty R należy dodawać do katalogu :  ‘<ścieżka_do_redcap>/redcap_<wersja>/Resources/rscript’  np.  ‘/var/www/html/redcap/redcap_v5.9.0/Resources/rscript’

    3. Opis skryptu należy dodać do katalogu :  ‘<ścieżka_do_redcap>/redcap_<wersja>/Resources/rscriptdesc’  np.  ‘/var/www/html/redcap/redcap_v5.9.0/Resources/rscriptdesc’

    4. Nazwa pliku ze skryptem oraz jego opis muszą być takie same.

    5. Plik z opisem składa się z 2 linii:

      1. Nazwa skryptu

      2. Opis skryptu

  9. Zlecanie obliczeń przez QCG-icon (przed następnymi krokami należy zainstalować aplikację QCG-icon)

    1. Przygotowanie danych:
      1. Wybierz odpowiedni raport z listy dostępnych raportów.
        Kliknij w link R/JNLP (rysunek poniżej)
      2. Przygotowanie pliku do eksportu:
        Data Export Tool -> Advanced Data Export (Display advanced options).
        Wybrać odpowiednie nagłówki i zatwierdzić (submit), np:


        Z zakładki PlGrid wybrać jnlp:



      3. Wybór skryptu z listy:
      4. Uruchomić qcg-run.jnlp (Java Network Launch Protocol)
      5. Ustawianie ścieżki do QCG-icon oraz do folderu z wynikami





      6. Podać token do API projektu
      7. Jeżeli wprowadzone ustawienia są poprawne powinna uruchomić się aplikacja QCG-icon (skrypt wejściowy wraz z danymi są już wybrane). Obsługa: QCG-icon_manual
  10. Zaawansowane funkcje

    Zaawansowane funkcje opisane tutaj.

Gdzie szukać dalszych informacji?

Dodatkowe materiały dotyczące wykorzystania usługi dostępne są tutaj, na  stronie pomocy usługi (strona dostępna po zalogowaniu) oraz tutaj.

Dodatkowo: krótki tutorial w jęz. ang..

W razie wątpliwości lub problemów prosimy skorzystać z systemu pomocy.

 

 

  • No labels