• Created by Unknown User (plgfilocha), last modified by Unknown User (plgzywicki) on Oct 14, 2015

You are viewing an old version of this page. View the current version.

Compare with Current View Page History

« Previous Version 3 Next »

Poniższy szablon należy odpowiednio uzupełnić.

  • Układ należy zachować (z dopuszczeniem minimalnych modyfikacji).
  • Opis nie powinien przekraczać 10 stron przeciętnego ekranu laptopa.
  • W razie potrzeby należy założyć podstrony (na końcu z rozdziałem "Co dalej?" i odnośnikiem do kolejnego rozdziału dokumentacji).
  • Język opisu - polski. W sytuacji, gdy zasadnicza dokumentacja usługi ma być po angielsku, w tym rozdziale powinny znaleźć się podstawowe informacje pozwalające zorientować się w zaletach usługi i zgrubnie w wymaganych krokach do jej uruchomienia.
  • Uprawnienia do odczytu strony (Tools/Restrictions) powinny być ustawione na "Confluence-users" w trakcie pisania dokumentacji, inaczej będzie widoczna od razu dla osób niezalogowanych.
  • Pytania dotyczące systemu dokumentacji: Hubert Siejkowski,
  • Pytania dotyczące Podręcznika Użytkownika: Unknown User (plgfilocha).

Wstawianie odnośników do innych stron podręcznika

Przy wstawianiu linków do stron wewnętrznych Podręcznika użytkownika (np. certyfikat="Aplikowanie, rejestracja i użycie certyfikatu"' założenie konta="Zakładanie konta w portalu"; Pomoc="Gdzie szukać pomocy") należy w trybie edycji strony:

  • wpisać tekst, pod który będzie podpięty link
  • zaznaczyć tekst
  • wstawić link (Ctrl+K lub ikona Link na pasku narzędzi)
  • wybrać opcję Search z lewej strony okna Insert Link
  • w pasku po prawej wpisać tytuł strony (lub zacząć wpisywać tytuł i wybrać właściwą stronę z pojawiających się podpowiedzi)
  • zatwierdzić wybraną stronę opcją Insert w prawym dolnym rogu

Efekt powyższego opisu można zobaczyć klikając lewym klawiszem myszki (w trybie edycji strony) na dowolny link w tym oknie informacji. Pojawi się pole, w którym do wyboru będzie opcja Edit, którą klikamy. Pojawi się okno Edit link, z aktywnym polem Search i nazwą strony wewnętrznej podręcznika.

 

Przy wstawianiu linków do konkretnych sekcji (akapitów) na wybranej stronie, np. Certyfikaty Simple CA ="Aplikowanie, rejestracja i użycie certyfikatu#Certyfikaty Simple CA", należy nazwę strony wraz z tytułem sekcji, rozdzielone znakiem #, podać w opcji Advanced w okienku link. Przy wstawianiu nazwy stron istotne jest zachowanie znaków spacji pomiędzy wyrazami oraz braków spacji pomiędzy #.


LINKI ZEWNĘTRZNE

Linki zewnętrzne np. do strony PL-Grid wstawiamy w oknie Insert Link (Ctrl+K) w opcji Web Link.

Pomoc w pisaniu stron w Confluence: https://confluence.atlassian.com/display/DOC/Using+the+Editor

 

Krótki opis usługi

Usługa jest przeznaczona dla biologów oraz bioinformatyków. 

Chipster jest implementacją popularnego środowiska zarządzania zadaniami pozwalającego na uproszczone uruchamianie analiz bioinformatycznych na zasobach obliczeniowych PLGrid. W ramach usługi szczególny nacisk położony został na udostępnienie możliwie dużej liczby narzędzi związanych z analizą danych pochodzących z eksperymentów opartych o metody wysokoprzepustowego sekwencjonowania. Wykonywanie analiz z użyciem Chipster oparte jest o wygodny interfejs dostępny w formie aplikacji Java, pozwalający na intuicyjne zarządzanie danymi, narzędziami oraz wynikami. Wbudowane moduły wizualizacji pozwalają na przejrzystą i efektywną analizę wyników.

Aktywowanie usługi

Aby skorzystać z usługi Chipster, należy mieć aktywne konto w infrastrukturze PLGrid.

Do usługi Chipster może uzyskać dostęp każdy użytkownik PLGrid, który jest użytkownikiem usługi Molecular Biology Data Analysis Toolkit. W celu uzyskania dostępu do tych usług należy wejść na stronę http://portal.plgrid.pl a następnie zalogować się podając swój identyfikator plgrid (np. plgkowalski) i hasło do portalu, po czym z górnej belki zawierającej menu wybrać opcję „Moje konto”. W prawej kolumnie ukaże się Katalog usług dostępnych dla danego użytkownika.

Z katalogu usług należy wybrać kategorię: Platforma Dziedzinowa – Biologia, a następnie „rozwiń”, ukaże się lista usług w tej kategorii, wśród nich będzie usługa o nazwie Molecular Biology Data Analysis Toolkit a tuż obok link zatytułowany „aplikuj o usługę”. Akceptacja użytkownika następuje automatycznie. Gdy rejestracja się powiedzie, usługa na liście w katalogu zyska status „aktywny”.

Pierwsze kroki

Uruchomienie usługi

Uruchomienie aplikacji Chipster możliwe jest na każdym komputerze wyposażonym w przeglądarkę internetową oraz środowisko Java Web Start. Usługa dostępna jest poprzez portal MBDAT bądź pod adresem: http://chipster.biologia.plgrid.pl. Na wskazanej stronie należy wcisnąć link launch Chipster. Alternatywnie, można również wybrać wersję aplikacji możliwą do zastosowania na komputerach o większej ilości pamięci RAM: 3 lub 6 GB. Po wciśnięciu linku pobrany zostanie plik startowy aplikacji chipster.jnlp. Pobrany plik należy uruchomić za pomocą Java Web Start. Podczas uruchamiania aplikacji nastąpi monit o zalogowanie z użyciem danych konta PLGrid.

 

Organizacja interfejsu

Interfejs aplikacji Chipster podzielony jest na 4 obszary: Datasets, Workflow, Analysis tools oraz Visualisation. 

Zaawansowane użycie

Ewentualnie jako osobny podrozdział.

Gdzie szukać dalszych informacji?

Strony zewnętrzne (jeśli są), odnośnik do helpdesku lub strony dokumentacji o pomocy.

Można też dodać sekcję "Co dalej?" ze wskazaniem (odnośnikiem) do dalszej części dokumentacji, o ile jest wymagana.

 

 

 

  • No labels