Krótki opis usługi

Poniższy przykład opisuje niezbędne kroki do uruchomienia obliczeń kwantowo-chemicznych za pomocą programu Gaussian. Obliczenia będą wykonywane na maszynach udostępnionych w ramach infrastruktury PL-Grid.

Aktywowanie usługi

Uruchamianie zadań możliwe jest w ramach różnych interfejsów graficznych do obsługi zadań. W poniższym przykładzie do uruchomienia zadania wykorzystano usługę QCG. Poniżej opisane zostały najważniejsze kroki wymagane do rozpoczęcia obliczeń:

Pierwsze kroki

Cel ćwiczenia

Zasadniczym celem poniższego samouczka jest prezentacja różnych metod pozwalających na uruchomienie zadania obliczeniowego w programie Gaussian za pośrednictwem usługi QCG. Przykład 1 prezentuje w jaki sposób zlecić zadanie z wykorzystaniem wbudowanego w język QCG Simple  interfejsu do aplikacji Gaussian. Przykład 2 pokazuje jak uruchamiać to samo zadanie za pośrednictwem mechanizmu modułów. W przykładzie 3 można zobaczyć w jaki sposób to samo zadanie można uruchomić z poziomu skryptu w BASH'u.

We wszystkich przykładach będziemy korzystać z przykładowego pliku wsadowego do programu Gaussian sample.com (celem obliczeń zdefiniowanych w tym pliku jest optymalizacja struktury i analiza częstotliwości drgań dla cząsteczki etanolu na poziomie B3LYP/6-31g).

Przykład 1 - uruchamianie zadania z pomocą interfejsu QCG Simple do aplikacji Gaussian

Do uruchamiania zadań wykorzystamy mechanizm klienta QCG. W celu skorzystania z klienta należy zalogować się na maszynę dostępową z zainstalowanym oprogramowaniem klienckim. Aktualnie istnieje kilka interfejsów użytkownika (User Interface, UI) do infrastruktury. Dane dostępowe tych maszyn można znaleźć tutaj. Z jedną z maszyn dostępowych należy połączyć się wykorzystując protokół ssh. W celu użytkownik o loginie plguser ponien w terminalu wydać polecenie:

$ ssh plguser@ui.plgrid.wcss.wroc.pl

Hasło na wszystkich UI jest takie jak w portalu PLGrid.

O czym warto pamiętać

 

Dalsze informacje

Możliwe jest także uruchamianie zadań przez inne systemy dostępowe, ...