Krótki opis usługi

Usługa Vapor jest przeznaczona dla użytkowników zaangażowanych w projekt H2020 EurValve, którego uczestnikiem jest ACK CYFRONET AGH. W kontekście wymienionego projektu prezentowana usługa pozwala na zarządzanie tak zwaną częścią naukową projektu (w odróżnieniu od części klinicznej, za którą odpowiada system DSS nie będący elementem niniejszej usługi).

Celem projektu EurValve jest symulowanie przepływu krwi przez ludzkie serce oraz wpływu, jaki na ww. przepływ wywierają rozmaite schorzenia zastawek. Celem usługi jest wypracowanie zbioru scenariuszy klinicznych (tzw. Reduced Order Models), które posłużą następnie do dobierania odpowiedniej terapii dla rzeczywistych pacjentów. Z uwagi na fakt, iż modelowanie każdego scenariusza jest procesem czasochłonnym i wymaga dostępu do superkomputera, projekt zamierza stworzyć zbiór około 150 gotowych scenariuszy, do których będą dopasowywane przypadki kliniczne (z wykorzystaniem ograniczonego zestawu parametrów i danych wejściowych), co zaowocuje skuteczniejszym doborem terapii dla pacjentów.

W przygotowaniu każdego reprezentatywnego scenariusza EurValve bierze udział szereg narzędzi; w tym narzędzi komercyjnych (m. in. pakiet Ansys Fluent). Z uwagi na złożoność opisywanego procesu oraz zapotrzebowanie na zasoby HPC, usługa Vapor - będąca przedmiotem niniejszego opisu - pozwala autoryzowanym użytkownikom na zarządzanie procesem gromadzenia danych, przetwarzania ich z użyciem klastra Prometeusz, oraz zarządzania i pobierania rezultatów obliczeń. W skład usługi wchodzą następujące elementy:

Usługa przeznaczona jest dla pracowników ACK CYFRONET AGH biorących udział w projekcie EurValve, oraz dla ich zagranicznych kontrahentów wchodzących w skład konsorcjum projektowego.

Aktywowanie usługi

Aktywowanie usługi wymaga członkostwa w zespole plggeurvalve, do którego należy najpierw się zapisać. Po dołączeniu do zespołu należy zawnioskować o dostęp do usługi, po czym możliwe staje się korzystanie z niej. Sama usługa dostępna jest pod adresem Model Execution Environment

Ograniczenia w korzystaniu

Członkostwo w zespole plggeurvalve przysługuje uczestnikom projektu EurValve oraz ich współpracownikom. 

Obsługa systemu

Po uzyskaniu dostępu do usługi można przejść na stronę Model Execution Environment, gdzie zostaniemy poproszeni o zalogowanie się do środowiska MEE. Można to zrobić za pomocą posiadanego zestawu użytkownik/hasło (dla osób, które otrzymały takie konto od administratorów usługi), lub - korzystając z odrębnej opcji - za pomocą swoich danych uwierzytelniających systemu PL-Grid:

Uwaga: Uruchamianie obliczeń na superkomputerze Prometheus jest możliwe tylko w przypadku zalogowania się poprzez PL-Grid.

Po zalogowaniu system wyświetli menu główne aplikacji:

Z poziomu środowiska MEE możliwe jest:

Gdzie szukać dalszych informacji?

Więcej informacji na temat środowiska Model Execution Environment dostępnych jest w zakładkach systemu pomocy (kategoria Help - patrz wyżej).