Usługa gLite została wycofana z Infrastruktury PLGrid. |
Użytkownik, który chce zlecać obliczenia za pośrednictwem gLite, powinien aktywować usługę Globalny dostęp gLite.
Ogólne kroki aktywacji usług opisane są w osobnym rozdziale.
Posiadając aktywny dostęp do usługi gLite w wybranym ośrodku (Dostęp do UI) użytkownik możne logować się na jej komputer dostępowy. Logowanie dokładnie opisano w osobnym rozdziale. W skrócie, na komputerze z systemem operacyjnym typu Unix należy wykonać polecenie (pamiętając o podmianie plgkowalski na nazwę swojego konta, a ui.plgrid.icm.edu.pl na nazwę jednej z maszyn wymienionych powyżej):
ssh plgkowalski@ui.plgrid.icm.edu.pl
Po zalogowaniu użytkownik ma możliwość korzystania z poleceń linii komend pozwalających na m.in. zarządzanie zadaniami i danymi w gridzie.
JDL - język, który służy do opisu zadania obliczeniowego. Pliki JDL zawierają informacje potrzebne dla Resource Brokera:
Każda linia musi być zakończona znakiem ";", po którym nie może już nic występować.
Prosty plik job.jdl,
$ cat job.jdl
Executable = "/bin/hostname";
Arguments = "-f";
StdOutput = "job.out";
StdError = "job.err";
OutputSandbox = {"job.out", "job.err"};
|
gdzie:
Executable #plik wykonywalny Arguments #argumenty dla pliku wykonywalnego StdOutput #plik, w którym znajdzie się strumień STDOUT StdError #plik, w którym znajdzie się strumień STDERR OutputSandbox #zawartość OutputSandbox - lista plików wyjścia zadania |
Dodatkowo w pliku jdl możemy zdefiniować
Requirements = other.GlueCEUniqueID == "CEId"; |
JobType = "Normal"; |
JobType = "MPICH"; NodeNumber = 4; |
InputSandbox = {"test.sh", "fileA", "fileB", ...}; |
Po zarejestrowaniu się w vo.plgrid.pl użytkownik może wysłać zadanie testowe.
W wybranym edytorze przygotuj plik job.jdl, który można umieścić/skopiować na maszynie dostępowej gLite (np. ui.cyf-kr.edu.pl)
job.jdl$ cat job.jdl
Executable = "/bin/hostname";
Arguments = "-f";
StdOutput = "job.out";
StdError = "job.err";
OutputSandbox = {"job.out", "job.err"};
|
gdzie:
Executable #plik wykonywalny Arguments #argumenty dla pliku wykonywalnego StdOutput #plik, w którym znajdzie się strumień STDOUT StdError #plik, w którym znajdzie się strumień STDERR OutputSandbox #zawartość OutputSandbox - lista plików wyjścia zadania |
Aby możliwe było utworzenie certyfikatu proxy, konieczne jest posiadanie certyfikatu osobistego (wraz z kluczem prywatnym). Jeżeli został on wygenerowany w portalu, lub też uzyskany inną drogą ale umieszczony w portalu, to powinien być dostępny w wirtualnym systemie plików keyFS. W przeciwnym wypadku należy umieścić w katalogu domowym, podkatalogu .globus poświadczenia w następującej formie:
usercert.pem
oraz klucz w formacie RSA w pliku
userkey.pem
(opis uzyskania plików znajduje się w sekcji PKCS12 -> PEM artykułu o certyfikatach) lubusercred.p12 Uwaga! Plik .p12 pobrany z portalu PLGrid zawiera dodatkowo certyfikat CA. Dlatego konieczne jest wykonanie dla niego kroków opisanych w sekcji PKCS12 -> PEM oraz PEM -> PKCS12 w artykułu o certyfikatach, aby uzyskać plik usercred.p12 użyteczny w katalogu .globus.W przypadku posiadania poświadczeń zarówno w LDAP-ie (dostępnych przez keyFS) jak i lokalnie, wyboru między nimi można dokonać poleceniami
creds local |
dla plików z katalogu .globus oraz
creds keyfs |
dla plików z keyFS (ta opcja jest domyślna).
Podstawowym poleceniem do generowania certyfikatu proxy dla użytkowników PLGrid jest:
$ voms-proxy-init --voms vo.plgrid.pl |
$ glite-wms-job-submit -a job.jdl Connecting to the service https://rb1.cyf-kr.edu.pl:7443/glite_wms_wmproxy_server ====================== glite-wms-job-submit Success ====================== The job has been successfully submitted to the WMProxy Your job identifier is: https://lb.grid.cyf-kr.edu.pl:9000/AgP9eWoJf0l4YMiESWrRow ========================================================================== |
$ glite-wms-job-status https://lb.grid.cyf-kr.edu.pl:9000/qn69-B5xUIl40yY5oP9f9Q ************************************************************* BOOKKEEPING INFORMATION: Status info for the Job : https://lb.grid.cyf-kr.edu.pl:9000/qn69-B5xUIl40yY5oP9f9Q Current Status: Waiting Submitted: Thu Jul 23 10:32:46 2009 CEST ************************************************************* |
Powtarzanie powyższej komendy pozwala zaobserwować zmieniający się status zadania
Current Status: Ready Current Status: Scheduled Current Status: Running |
Ostatecznie powinniśmy otrzymać informację o prawidłowym zakończeniu obliczeń
$ glite-wms-job-status https://lb.grid.cyf-kr.edu.pl:9000/qn69-B5xUIl40yY5oP9f9Q ************************************************************* BOOKKEEPING INFORMATION: Status info for the Job : https://lb.grid.cyf-kr.edu.pl:9000/qn69-B5xUIl40yY5oP9f9Q Current Status: Done (Success) Exit code: 0 Status Reason: Job terminated successfully Destination: ce.cyf-kr.edu.pl:2119/jobmanager-pbs-gaussian Submitted: Thu Jul 23 10:32:46 2009 CEST ************************************************************* |
Otrzymane pliki można np. ściągnąć na maszynę dostępową do katalogu output *
$ glite-wms-job-output --dir output https://lb.grid.cyf-kr.edu.pl:9000/qn69-B5xUIl40yY5oP9f9Q
Connecting to the service https://149.156.9.29:7443/glite_wms_wmproxy_server
================================================================================
JOB GET OUTPUT OUTCOME
Output sandbox files for the job:
https://lb.grid.cyf-kr.edu.pl:9000/qn69-B5xUIl40yY5oP9f9Q
have been successfully retrieved and stored in the directory:
/home/people/.../.../job1/output
================================================================================
$ cd output/
$ ls
job.err job.out
|
Po dalsze informacje na temat korzystania z gLite zapraszamy do następnego rozdziału.