Page History
...
Aby skorzystać z usługi UNRES należy posiadać konto w portalu PLGRID oraz posiadać aktywny grant obliczeniowywłaściwy PLGrid. Należy również złożyć wniosek o usługę UNRES w Katalogu Aplikacji i Usług. Spowoduje to dodanie użytkownika do zespołu plggunresng (zespół użytkowników usługi UNRES).
...
Uwaga 2: Sekwencja aminokwasowa musi zaczynać/kończyć się resztą "dummy" oznaczaną jako X jeżeli łańcuch nie zaczyna się/kończy pełną grupą peptydową (czyli grupa początkowa jest grupą -NH3+ lub grupa końcowa jest grupą COO-; sekwencja "nieblokowana"). Jeżeli łańcuch zaczyna się/kończy pełną grupą peptydową lub pierwszą/ostatnią resztą jest glicyna, należy wstawić G. Wstawienie innych reszt niź X lub G na początku lub końcu spowoduje błędy w obliczeniach. Wstawienie grup blokujących powoduje pozorne wydłużenie sekwencji, np. jeżeli chcemy wykonać obliczenia nieblokowanego pentapeptydu Ala-Lys-Gly-Pro-Ser to musimy wprowadzić sekwencję XAKGPSX a jeżeli chcemy wykonać obliczenia analogicznego blokowanego pentapeptydu Ac-Ala-Lys-Gly-Pro-Ser-NHCH3 to wprowadzamy sekwencję GAKGPSG. W przypadku sekwencji np. Gly-Leu-Pro-Leu-Ala-Gly nie trzeba dodawać grup blokujących i wprowadzić sekwencję GLPLAG
Następnie w zakładce "Zasoby" ustawiamy klaster obliczeniowy oraz czas obliczeń. UWAGA: W chwili obecnej portal uruchamia zadania jedynie na klastrze inula).
...
DT: (0.1) długość kroku czasowego; jednostka jest równa 48,9 fs.
(1): Maksymalna dopuszczalna zmiana przyspieszenia podczas jednego kroku czasowego
...
1L2Y_lang.pdb : wynikowy plik z konformacjami w formacie PDB; konformacje te zawierają geometrię na poziomie gruboziarnistym; tylko atomy węgla alfa (CA) i centra łańcuchów bocznych (CB).
Uruchamianie zadań na klastrze Prometheus
...
Strona dokumentacji pakietu UNRES ze szczegółowym opisem wprowadzanych danych (w języku angielskim).
Overview
Content Tools