Page History

...

Uruchamianie przez portal QCG

W celu zlecenia zadania z poziomu portalu UNRES należy wybrać zakładkę "Zlecanie zadań", a następnie przycisk "nowe zadanie":

Image Added

W celu zlecenia dynamiki molekularnej należy w zakładce "MD" :

• ustawić pole siłowe (GAB lub E0LL2Y)
• ustawić liczbę kroków dynamiki
• wybrać plik PDB będący strukturą referencyjną
• podać sekwencję aminokwasów w pliku PDB w zapisie jednoliterowych uwzględniając aminokwasy terminalne w  zapisie pakietu UNRES.

Image Added

Następnie w zakładce "Zasoby" ustawiamy klaster obliczeniowy oraz czas obliczeń. UWAGA: W chwili obecnej pakiet UNRES zaimplementowany jest tylko na klastrze Inula.

Image Added

 Image Added

Uruchamianie bezpośrednio w systemie wsadowym

Przykłady przygotowywania plików wsadowych oraz danych do uruchamiania usługi UNRES w różnych wariantac wariantach wraz z opisem można pobrać stąd (plik przykłady.zip).

...