...
Usługa UNRES jest przyjazną dla użytkownika realizacją pakietu modelowania gruboziarnistego białek, opartego na polu siłowym UNRES opracowanym w wyniku współpracy grupy prof. Adama Liwo z Wydziału Chemii Uniwersytetu Gdańskiego oraz grupy prof. Harolda A. Scheragi z Cornell University, USA. Dzięki znacznemu uproszczeniu reprezentacji łańcucha polipeptydowego przy jednoczesnym ścisłym związku wyprowadzonego pola siłowego z fizyką oddziaływać symulacje są przyspieszone 1000 - 10000 razy w stosunku do obliczeń w reprezentacji pełnoatomowej. Adresatami usługi są biofizycy, biologowie molekularni i bioinformatycy, zainteresowani symulowaniem zmian strukturalnych, dynamiki i termodynamiki dużych układów białkowych w czasie rzeczywistym. W szczególności usługa będzie przydatna dla badaczy, którzy chcą wykonać wspomniane wielkoskalowe symulacje białek, natomiast brak czasu nie pozwala im na zapoznanie się z uruchamianiem zadań bezpośrednio na serwerach przy użyciu systemu kolejkowania. Z usługi można korzystać na dwa sposoby: za pośrednictwem interaktywnego portalu UNRES oraz przy pomocy systemy wsadowego QosCos. W tym drugim przypadku należy najpierw załadować moduł /usr/share/Modules/modulefiles/plgrid/plgrid/apps/unres-e0ll2y/3.2.1 (obliczenia przy użyciu ogólnej wersji pola siłowego opisanej w He et al.W usłudze dostępne są dwie wersje pola siłowego. Wersja pierwsza, ogólna, oznaczana dalej jako E0LL2Y, umożliwia obliczenia dla białek o wszystkich typach struktury drugorzędowej, jednak wymaga użycia metod przewidywania struktury drugorzędowej i nałożenia słabych więzów na tę strukturę (He et al., J. Comput. Chem., 2009, 30, 2127-2135) lub /usr/share/Modules/modulefiles/plgrid/plgrid/apps/unres-gab/3.2.1 (obliczenia dla wersji pola siłowego odpowiedniego dla białek helikalnych; . Wersja druga, oznaczana dalej jako GAB, umożliwia obliczenia dla białek o strukturze helikalnej (Liwo et al., J. Phys. Chem. B, 2007, 111, 260-285).
...
Z usługi można korzystać na dwa sposoby: za pośrednictwem interaktywnego portalu UNRES oraz przy pomocy systemy wsadowego QosCos.
Aby skorzystać z usługi UNRES należy posiadać konto w portalu PLGRID oraz posiadać aktywny grant obliczeniowy. Należy również złożyć wniosek o dołączenie do zespołu plggunresng (zespół użytkowników usługi UNRES).
...
Następnie w zakładce "Zasoby" ustawiamy klaster obliczeniowy oraz czas obliczeń. UWAGA: W chwili obecnej pakiet UNRES zaimplementowany jest tylko na klastrze Inula.
...
Następnie w zakładce "Zasoby" ustawiamy klaster obliczeniowy oraz czas obliczeń. UWAGA: W chwili obecnej pakiet UNRES zaimplementowany jest tylko na klastrze Inula.
W celu zdefiniowania ścieżek dostępu oraz ustawienia wartości zmiennych środowiskowych dla usługi należy załadować moduł /usr/share/Modules/modulefiles/plgrid/plgrid/apps/unres-e0ll2y/3.2.1 (pole E0LL2Y0 lub /usr/share/Modules/modulefiles/plgrid/plgrid/apps/unres-gab/3.2.1 (pole GAB), w zależności od żądanego pola siłowego. W przypadku uruchamiania zadań przez portal odpowiedni moduł jest ładowany poprzez wybór odpowiedniego pola siłowego z menu.
Przykłady przygotowywania plików wsadowych oraz danych do uruchamiania usługi UNRES w różnych wariantach wraz z opisem zawarte są w archiwum zip. przykłady.zip można pobrać korzystając z przytoczonego linku.
...