Page History

...

Skrypt QCG (plik langdyn.qcg; nie ma w nim dodanych tutaj komentarzy):

-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

#QCG host=inula                                                                              #
## Obliczenia na inuli (na razie jedyna możliwość)
#QCG walltime=PT15M                                                                          #
## maksymalny czas zadania 15 minut
#QCG nodes=1:1                                                                               #
## używamy 1 procesor
#QCG note=l2y-langdyn                                                                        #
## identyfikator zadania
#QCG output=${JOB_ID}.output                                                                 #
## specyfikacja nazw pliku z wydrukami z programu i systemu qcg na ekran
#QCG error=${JOB_ID}.error                                                                   #
## specyfikacja nazwy pliku z komunikatami o błędach
#QCG stage-in-dir=.                                                                          #
## pliki danych będą brane z bieżącego katalogu
#QCG stage-out-dir=.                                                                         #
## pliki wynikowe będą umieszczane w bieżącym kagalogu
module load plgrid/apps/unres-e0ll2y/3.2.1                                                   #
## ładowanie modułu zawierającego komp0onentu usługi dla pola E0LL2Y
export NPROCS=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l`                       l`                       
cd $PBS_O_WORKDIR
mpirun -machinefile $PBS_NODEFILE -np $NPROCS unres.csh          #
## uruchamiamie skryptu unres.csh

-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

 Plik unres.csh (nie ma w nim dodanych tutaj komentarzy)


-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

#!/bin/csh
setenv FGPROCS 1                                                                              
# obliczenia energii nie są zrównoleglone
setenv POT GB                                                                                 
# specyfikacja potencjału oddziaływań między łańcuchami bocznymi (musi być taka dla pola E0LL2Y)
setenv PREFIX 1L2Y_lang                                                                       
# specyfikacja nazw plików; plik wynikowy będzie się nazywał 1L2Y_lang.inp
setenv OUT1FILE YES                                                                           
# plik wynikowy będzie produkowany tylko przez procesor główny (tutaj nie jest to ważne bo obliczenia są jednoprocesorowe)
unresMD_gfortran_MPICH_E0LL2Y.exe $*                                                          
# uruchamianie aplikacji.

...

Plik danych 1L2Y_lang.inp (uwaga: formatowanie przy wyświetlaniu na stronie podręcznika nie jest poprawne); plik poprawnie sformatowany można pobrać stąd. Proszę NIE KOPIOWAĆ jego treści podanej dalej bezpośrednio z ekraru ponieważ zawiera ona komentarze, które będą powodowały błędy czytania. Poniżej podany jest tylko przykładowy skrótowy opis; pełen opis danych znajduje się w dokumentacji pakietu UNRES (w języku angielskim).

...