...
Obecnie aplikacje składające się na usługę są zainstalowane w ramach infrastruktury PLGrid tylko na klastrze inula w Poznańskim Centrum Superkomputerowo-Sieciowym oraz na superkomputerze prometheus w Cyfronecie.
Portal QCG umożliwiający interaktywne uruchamianie zadań kieruje zadania tylko na klaster inula. Za pośrednictwem portalu QCG można uruchomić tylko główny moduł obliczeniowy UNRES, natomiast moduły analizy wyników dynamiki molekularnej z wymianą replik można uruchomić jedynie bezpośrednio w trybie wsadowym. Rozszerzenie funkcjonalności portalu QCG na ten moduły jest w toku.
Ponieważ, w chwili obecnej, system QCosCos nie obejmuje kierowania zadań na komputerze prometheus, w przypadku uruchamiania zadań na tym komputerze należy używać systemu slurm podobnie, jak w przypadku uruchamiania innych zadań na tym komputerze. Szczegółowy opis znajduje się w podrozdziale "Uruchamianie zadań na komputerze prometheus".
Zalecane jest zapoznanie się z dokumentacją części składowych pakietu UNRES dostępną na stronie pakietu (dokumentacja w języku angielskim).
...
Następnie w zakładce "Zasoby" ustawiamy klaster obliczeniowy oraz czas obliczeń. UWAGA: W chwili obecnej pakiet UNRES zaimplementowany jest tylko portal uruchamia zadania jedynie na klastrze Inulainula).
Więcej opcji dynamiki można uzyskać po kliknięciu napisu "Zaawansowane" w zakładce MD. Odpowiednie pola są objaśnione poniżej; wartości domyślne podano w nawiasach:
...
Uruchamianie zadań na klastrze inula
W celu zdefiniowania ścieżek dostępu oraz ustawienia wartości zmiennych środowiskowych dla usługi należy załadować moduł plgrid/apps/unres-e0ll2y/3.2.1
(pole E0LL2Y0) lub plgrid/apps/unres-gab/3.2.1
(pole GAB), w zależności od żądanego pola siłowego. W przypadku uruchamiania zadań przez portal odpowiedni moduł jest ładowany poprzez wybór odpowiedniego pola siłowego z menu.
...
1L2Y_lang.pdb : wynikowy plik z konformacjami w formacie PDB; konformacje te zawierają geometrię na poziomie gruboziarnistym; tylko atomy węgla alfa (CA) i centra łańcuchów bocznych (CB).
Uruchamianie zadań na komputerze prometheus
Zadania są uruchamiane w systemie kolejkowania slurm. Należy załadować moduł plgrid/apps/unres-e0ll2y/3.2.1 (w tym przypadku należy uruchomić aplikację unresMD_ifort_MPI_E0LL2Y.exe lub odpowiedni stowarzyszony z nią program przetwarzający wyniki symulacji) lub plgrid/apps/unres-gab/3.2.1 (w tym przypadku należy uruchomić aplikację unresMD_ifort_MPI_GAB.exe lub odpowiedni stowarzyszony z nią program przetwarzający wyniki symulacji) w zależności od używanego pola i dodatkowo moduł plgrid/tools/impi. Podobnie jak w przypadku klastra inula, załadowanie modułów powoduje zdefiniowanie plików z właściwymi dla danego pola parametrami; pliki te można jednk podmienić na pliki z parametrami użytkownika. Przykładowy skrypt jest podany poniżej.
----------------------------------------------------------
Plik energy-pdb.sbatch
----------------------------------------------------------
#!/bin/bash -l
#SBATCH -J unres
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=1
#SBATCH -n 1
#SBATCH --time=00:01:00
#SBATCH -A unresprometheustest
#SBATCH -p plgrid
#SBATCH --output="output.out"
#SBATCH --error="error.err"
#
module load plgrid/apps/unres-e0ll2y/3.2.1
module add plgrid/tools/impi
export PREFIX=1L2Y_ene-pdb
export OUT1FILE=YES
export FGPROCS=1
mpirun unresMD_ifort_MPI_E0LL2Y.exe
-----------------------------------------------------------------
Przykładowe pliki wsadowe dla systemu slurm oraz pliki danych i pliki wynikowe dla różnych trybów obliczeń wraz z krótkim opisem są dostępne w katalogu /net/software/local/unres/Przyklady na komputerze prometheus; archiwum można pobrać stąd w postani pliku Przyklady_prometheus.zip.
...