Page History

...

Obecnie aplikacje składające się na usługę są zainstalowane w ramach infrastruktury PLGrid tylko na klastrze inula w Poznańskim Centrum Superkomputerowo-Sieciowym oraz na superkomputerze prometheus w Cyfronecie.

Portal QCG umożliwiający interaktywne uruchamianie zadań kieruje zadania tylko na klaster inula. Za pośrednictwem portalu QCG można uruchomić tylko główny moduł obliczeniowy UNRES, natomiast moduły analizy wyników dynamiki molekularnej z wymianą replik można uruchomić jedynie bezpośrednio w trybie wsadowym. Rozszerzenie funkcjonalności portalu QCG na ten moduły jest w toku.

Ponieważ, w chwili obecnej, system QCosCos nie obejmuje kierowania zadań na komputerze prometheus, w przypadku uruchamiania zadań na tym komputerze należy używać systemu slurm podobnie, jak w przypadku uruchamiania innych zadań na tym komputerze. Szczegółowy opis znajduje się w podrozdziale "Uruchamianie zadań na komputerze prometheus".

Pierwsze kroki

Zalecane jest zapoznanie się z dokumentacją części składowych pakietu UNRES dostępną na stronie pakietu (dokumentacja w języku angielskim).

...

Następnie w zakładce "Zasoby" ustawiamy klaster obliczeniowy oraz czas obliczeń. UWAGA: W chwili obecnej pakiet UNRES zaimplementowany jest tylko portal uruchamia zadania jedynie na klastrze Inulainula).

Więcej opcji dynamiki można uzyskać po kliknięciu napisu "Zaawansowane" w zakładce MD. Odpowiednie pola są objaśnione poniżej; wartości domyślne podano w nawiasach:

...

Uruchamianie bezpośrednio w systemie wsadowym

Uruchamianie zadań na klastrze inula

W celu zdefiniowania ścieżek dostępu oraz ustawienia wartości zmiennych środowiskowych dla usługi należy załadować moduł plgrid/apps/unres-e0ll2y/3.2.1  (pole E0LL2Y0) lub plgrid/apps/unres-gab/3.2.1 (pole GAB), w zależności od żądanego pola siłowego. W przypadku uruchamiania zadań przez portal odpowiedni moduł jest ładowany poprzez wybór odpowiedniego pola siłowego z menu.

...

1L2Y_lang.pdb : wynikowy plik z konformacjami w formacie PDB; konformacje te zawierają geometrię na poziomie gruboziarnistym; tylko atomy węgla alfa (CA) i centra łańcuchów bocznych (CB).

Uruchamianie zadań na komputerze prometheus

Zadania są uruchamiane w systemie kolejkowania slurm. Należy załadować moduł plgrid/apps/unres-e0ll2y/3.2.1 (w tym przypadku należy uruchomić aplikację unresMD_ifort_MPI_E0LL2Y.exe lub odpowiedni stowarzyszony z nią program przetwarzający wyniki symulacji) lub plgrid/apps/unres-gab/3.2.1 (w tym przypadku należy uruchomić aplikację unresMD_ifort_MPI_GAB.exe lub odpowiedni stowarzyszony z nią program przetwarzający wyniki symulacji) w zależności od używanego pola i dodatkowo moduł plgrid/tools/impi. Podobnie jak w przypadku klastra inula, załadowanie modułów powoduje zdefiniowanie plików z właściwymi dla danego pola parametrami; pliki te można jednk podmienić na pliki z parametrami użytkownika. Przykładowy skrypt jest podany poniżej.

----------------------------------------------------------

Plik energy-pdb.sbatch

----------------------------------------------------------

#!/bin/bash -l

#SBATCH -J unres

#SBATCH -N 1

#SBATCH --ntasks-per-node=1

#SBATCH -n 1

#SBATCH --time=00:01:00

#SBATCH -A unresprometheustest

#SBATCH -p plgrid

#SBATCH --output="output.out"

#SBATCH --error="error.err"

#

module load plgrid/apps/unres-e0ll2y/3.2.1

module add plgrid/tools/impi

export PREFIX=1L2Y_ene-pdb

export OUT1FILE=YES

export FGPROCS=1

mpirun unresMD_ifort_MPI_E0LL2Y.exe

-----------------------------------------------------------------

Przykładowe pliki wsadowe dla systemu slurm oraz pliki danych i pliki wynikowe dla różnych trybów obliczeń wraz z krótkim opisem są dostępne w katalogu  /net/software/local/unres/Przyklady na komputerze prometheus; archiwum można pobrać stąd w postani pliku Przyklady_prometheus.zip.

Zaawansowane użycie

Przewidywanie de novo struktury białka przy pomocy pola siłowego UNRES

...