...
Aby móc skorzystać z infrastruktury QosCosGrid należy:
Aby móc skorzystać z zasobów projektu PL-Grid z wykorzystaniem usług dostępowych QosCosGrid konieczne jest wystąpienie o dostęp do infrastruktury QosCosGrid poprzez wykonanie prostej sekwencji kroków opisanych poniżej.
Info |
---|
Punkt pierwszy nie dotyczy zarejestrowanych użytkowników PL-Gridu. Punkt drugi nie dotyczy natomiast osób, które posiadają już odpowiedni certyfikat |
Aby zostać użytkownikiem PL-Gridu należy zarejestrować się w Portalu PL-Grid. Opis procedury można znaleźć „Podręczniku użytkownika”, w rozdziale: Zakładanie konta w portalu PL-Grid
Do korzystania z zasobów projektu PL-Gridu wymagane jest posiadanie certyfikatu osobistego, który poświadcza tożsamość użytkownika.
Certyfikat taki mogą wystawić użytkownikom PL-Gridu dwa centra certyfikacji (ang. Certification Authority, CA):
Certyfikaty wystawiane przez Simple CA są łatwiejsze do uzyskania, jednak respektowane tylko w ramach infrastruktury PL-Grid. Tożsamość osoby będącej użytkownikiem PL-Gridu nie musi już być dodatkowo weryfikowana.
Certyfikaty podpisywane przez Polish Grid CA są trudniejsze do uzyskania, jednak mogą być respektowane także w infrastrukturze europejskiej, poza PL-Gridem. Tożsamość użytkownika PL-Grid musi być dodatkowo zweryfikowana przez jeden z Urzędów Rejestracji Polish Grid CA (ang. Registration Authority, RA).
Dokładny opis procedury znaleźć można w rozdziale: Aplikowanie o certyfikat.
Po uzyskaniu certyfikatu, kolejnym krokiem jest jego rejestracja w Portalu PL-Grid. Opis czynności można znaleźć w sekcji podręcznika: Rejestracja certyfikatu w przeglądarce.
Aby uzyskać dostęp do infrastruktury QosCosGrid należy aplikować o odpowiednią usługę za pośrednictwem Portalu. W sekcji Usługi globalne zakładki Moje konto znajduje się lista usług. Wybrać należy odnośnik Aplikuj o usługę widoczny przy pozycji Globalny dostęp QosCosGrid.
Dostęp do infrastruktury QCG możliwy jest z dowolnego komputera, na którym zainstalowany jest klient usługi QCG-Broker (będącej częścią infrastruktury QCG), służący do zlecania i kontrolowania zadań na poziomie całego gridu. Dla wygody użytkowników uruchomiona została maszyna dostępowa do infrastruktury QCG z zainstalowaną wersją klienta dla użytkowników PL-Grid.
Klient tekstowy do infrastruktury PL-Grid dostępny jest w dwóch wersjach:
Dla wygody użytkowników klient usługi QCG-Broker zainstalowany został na ogólnodostępnej (dla użytkowników infrastruktury QCG) maszynie.
Adres maszyny: qcg.man.poznan.pl
Typ dostępu: ssh
Użytkownik i hasło są takie same jak w portalu PL-Grid.
Jednocześnie, maszyna dostępowa QCG udostępnia przestrzeń dyskową poprzez protokół gridFTP. Przestrzeń ta może być wykorzystana zarówno do przechowywania plików wejściowych, jak i wyników eksperymentów.
Logowanie: ssh <plguser>@qcg.man.poznan.pl
np.
Code Block |
---|
ssh plgpiontek@qcg.man.poznan.pl |
Info |
---|
Po zalogowaniu przed pierwszym użyciem klienta konieczna jest konfiguracja środowiska użytkownika zgodnie z wytycznymi opisanymi na maszynie dostępowej. |
Info |
---|
Przed użyciem klienta QCG konieczne jest ustawienie środowiska wykonawczego wykonując polecenie: module load qcg |
Code Block |
---|
module load qcg |
Każdy eksperyment obliczeniowy, zlecany do wykonania na infrastrukturze QosCosGrid, musi być opisany przez dokument w formacie XML, zwany później „opisem zadania”. Infrastruktura QCG akceptuje opisy zadań wyrażone w:
QCG-JobProfile
zdefiniowanym formalnie przez schemat XML - QCG-JobProfile.JSDL
(Job Submission Description Language) z rozszerzeniem HPC Basic Profile
. QCG-Simple
- prosty opis w postaci pliku tekstowego, w którym każda linia może zawierać dyrektywę interpretowaną przez system QCG. Uproszczony opis przeznaczony jest do zlecania najczęściej wykonywanych zadań, nie oferuje jednak dostępu do całej funkcjonalności systemy (brak wsparcia dla kaskad zadań (ang. workflow) i zadań parametrycznych (ang. parameter sweep)).W opisie zadania możliwe jest użycie następujących zmiennych:
Zlecany plik jest plikiem tekstowym, który może zawierać dyrektywy infrastruktury QCG.
Dyrektywą jest każda linia zaczynająca się od ”#QCG”.
Info |
---|
Jeżeli w pliku nie zdefiniowano dyrektywy ” |
queue - wybrana kolejka systemu kolejkowego.
Code Block |
---|
#QCG queue=plgrid |
note - krótka informacja o zadaniu.
Code Block |
---|
#QCG note=moje pierwsze zadanie QCG |
name - dyrektywa określająca nazwę zadania. Nazwa zadania pojawi się jako końcówka identyfikatora zadania.
Code Block |
---|
#QCG name=nobel-experiment |
output - lokalizacja gdzie ma być przegrane standardowe wyjście zadnia (stdout). Jeśli nie jest to lokalizacja gsiftp zakłada się, że jest ustalana względem katalogu, z którego zlecono zadanie.
Code Block |
---|
#QCG output=gsiftp://qcg.man.poznan.pl//home/plgrid/plgpiontek/reef/outputs/${JOB_ID}.output #QCG output=output.txt |
error - lokalizacja gdzie ma być przegrany standardowe wyjście błędów zadnia (stderr). Jeśli nie jest to lokalizacja gsiftp zakłada się, że jest ustalana względem katalogu, z którego zlecono zadanie.
Code Block |
---|
#QCG error=gsiftp://qcg.man.poznan.pl//home/plgrid/plgpiontek/reef/errors/${JOB_ID}.error #QCG error=error.txt |
input - lokalizacja skąd ma być wzięte standardowe wejście dla aplikacji (stdin). Jeśli nie jest to lokalizacja gsiftp zakłada się, że jest ustalana względem katalogu, z którego zlecono zadanie.
Code Block |
---|
#QCG input=gsiftp://qcg.man.poznan.pl//home/plgrid/plgpiontek/reef/inputs/experiment.input #QCG input=input.txt |
host - nazwa maszyny na której może być uruchomione zadanie. Może być wiele takich dyrektyw dla alternatywnych maszyn.
Code Block |
---|
#QCG host=reef.man.poznan.pl #QCG host=zeus.cyfronet.pl |
W przypadku braku drugiego parametru plik kopiowany jest pod nazwę źródlową.
Code Block |
---|
#QCG stage-in-file=gsiftp://qcg.man.poznan.pl//home/plgrid/plgpiontek/reef/inputs/input.txt -> input.txt #QCG stage-in-file=gsiftp://qcg.man.poznan.pl//home/plgrid/plgpiontek/reef/inputs/input.txt #QCG stage-in-file=input_file.txt -> input.txt #QCG stage-in-file=input_file.txt |
stage-in-dir - dyrektywa kopiowania katalogu wejściowego. Funkcjonalność i składnia analogiczna jak dla dyrektywy „stage-in-file” tyle, że kopiowany jest katalog.
Code Block |
---|
#QCG stage-in-dir=gsiftp://qcg.man.poznan.pl//home/plgrid/plgpiontek/reef/inputs -> inputs #QCG stage-in-dir=gsiftp://qcg.man.poznan.pl//home/plgrid/plgpiontek/reef/inputs #QCG stage-in-dir=input_dir -> inputs #QCG stage-in-dir=input_dir |
Info |
---|
Skopiowanie całego katalogu w którym uruchomiony został klient odbywa się poprzez podanie ”.” (kropki) jako nazwy katalogu źródłowego i ewentualnie docelowego |
Code Block |
---|
#QCG stage-in-dir=. -> . #QCG stage-in-dir=. #QCG stage-in-dir=. -> input |
stage-out-file - dyrektywa kopiowania pliku wyjściowego. Składnia „nazwa_pliku_źródłowego → lokalizacja docelowa pliku”. Lokalizacja docelowa może być lokalizacją gsiftp lub ścieżką do pliku. W tym drugim przypadku zakłada się, że jest ustalana względem katalogu, z którego zlecono zadanie. W przypadku braku drugiego parametry plik przegrywany jest pod nazwę źródłową.
Code Block |
---|
#QCG stage-out-file=results.txt -> gsiftp://qcg.man.poznan.pl//home/plgrid/plgpiontek/reef/results/result.1 #QCG stage-out-file=results.txt #QCG stage-out-file=result.txt -> ${JOB_ID}.result #QCG stage-out-file=result.txt |
stage-out-dir - dyrektywa kopiowania katalogu wyjściowego. Funkcjonalność i składnia analogiczna jak dla dyrektywy „stage-out-file” tyle, że kopiowany jest katalog.
Code Block |
---|
#QCG stage-out-dir=results -> gsiftp://qcg.man.poznan.pl//home/plgrid/plgpiontek/reef/results/${JOB_ID} #QCG stage-out-dir=results -> gsiftp://qcg.man.poznan.pl//home/plgrid/plgpiontek/reef/results/${JOB_ID} #QCG stage-out-dir=results -> result #QCG stage-out-dir=results |
Info |
---|
Skopiowanie całego katalogu w którym wykonane było zadanie odbywa się poprzez podanie ”.” (kropki) jako nazwy katalogu źródłowego. |
Code Block |
---|
#QCG stage-out-dir=. -> . #QCG stage-out-dir=. #QCG stage-out-dir=. -> output |
grant - nazwa grantu, w ramach którego ma być wykonane zadanie.
Code Block |
---|
#QCG grant=plgpiontek_grant |
argument - argument aplikacji w przypadku użycia dyrektywy „executable” lub „application”. Argument może wystąpić wielokrotnie. Każdy argument powinien być przekazany w osobnej dyrektywie. Argumenty do aplikacji przekazywane są w kolejności ich wystąpienia w pliku opisu
Code Block |
---|
#QCG argument=arg1 #QCG argument=arg2 |
environment - ustawianie zmiennych środowiskowych. Składnia „nazwa → wartość”. Każda zmienna musli być ustawiana w osobnej linii.
Code Block |
---|
#QCG environment=name -> piontek #QCG environment=location -> poznan |
executable - lokalizacja pliku do uruchomienia. Lokalizacja może być lokalizacją gsiftp lub ścieżką do pliku. W tym drugim przypadku przyjmuje się, że jest ustalana względem katalogu, z którego zlecone zostało zadanie. Opcjonalnie możliwe jest podanie nazwy pod jaką ma być zapisany plik wykonywalny. W przypadku braku nazwy zapisywany jest pod oryginalna nazwą.
Code Block |
---|
#QCG executable=gsiftp://qcg.man.poznan.pl//home/plgrid/plgpiontek/reef/executables/exec1 #QCG executable=executables/exec1 #QCG executable=executables/exec1 -> exec-file |
application - nazwa aplikacji do uruchomienia.
Code Block |
---|
#QCG application=namd |
persistent - dyrektywa określająca że po zakończeniu zadania system ma pozostawić katalog roboczy, w którym wykonywane było zadanie.
Code Block |
---|
#QCG persistent |
notify - dyrektywa umożliwiająca podanie protokołu i adresu docelowego dla powiadomień o stanie zadania. Możliwe jest wysyłanie powiadomień mailem i xmpp (dawniej Jabber).
Code Block |
---|
#QCG notify=mailto:piontek@man.poznan.pl #QCG notify=xmpp:tomasz.piontek@gmail.com |
W przypadku checi otrzymywania powiadomień protokołem xmpp konieczne jest dodanie do kontaktów nadawcy: qcg-notification@plgrid.pl
procs - liczba rdzeni obliczeniowych, na których ma być wykonane zadanie. (Stosowane dla zadań MPI.)
Code Block |
---|
#QCG procs=32 |
nodes - dyrektywa pozwalająca zdefiniować na ilu węzłach i rdzeniach w ramach węzła ma być uruchomione zadanie. Opcjonalnie można podać ile procesów ma być uruchomione na węzłach. Domyślnie, jeżeli nie zostanie podane inaczej, liczna procesów równa jest liczbie rdzeni przydzielonych w ramach węzła. Składnia liczna_węzłów:liczba_rdzeni_na_węźleliczba_procesów.
Code Block |
---|
#QCG nodes=10:5:1 #QCG nodes=12:12 |
Code Block |
---|
#QCG walltime=P3DT12H |
memory - dyrektywa definiująca deklarowane maksymalne zapotrzebowanie aplikacji na pamięć operacyjną. Podana wartość jest w MB.
Code Block |
---|
#QCG memory=1024 |
properties - dyrektywa definiująca właściwości węzłów na których ma być uruchomione zadanie.
Code Block |
---|
#QCG properties=mpi,ib,lustre |
preprocess - dyrektywa umożliwiająca wykonanie polecenia/skryptu przed uruchomieniem właściwego zadania. Wartością dyrektywy może być polecenie lub ścieżka do pliku, który ma być wykonany.
Code Block |
---|
#QCG preprocess=mkdir outputs |
Code Block |
---|
#QCG preprocess=preprocess-script.sh |
postprocess - dyrektywa umożliwiająca wykonanie polecenia/skryptu po zakończeniu się właściwego zadania. Wartością dyrektywy może być polecenie lub ścieżka do pliku, który ma być wykonany.
Code Block |
---|
#QCG postprocess=tar cvf wynik.tar * |
Code Block |
---|
#QCG preprocess=postprocess-script.sh |
monitor - dyrektywa umożliwiająca zdefiniowanie skryptu, który zostanie uruchomiony przed uruchomieniem właściwego zadania i zabity po zakończeniu zadania. Funkcjonalność ta umożliwia w prosty sposób zaimplementowanie monitoringu aplikacji. Uruchomiony skrypt może cyklicznie wyszukiwać w wyniku aplikacji zadanych wzorców i przesyłać je w dowony sposób do użytkownika.
Code Block |
---|
#QCG monitor=monitor-script.sh |
module - dyrektywa umożliwiająca zdefiniowanie wymaganego przez zadanie modułu (nazwy programu/biblioteki oraz wersji). Możliwe jest wielokrotne podanie dyrektywy. Przy wyborze klastra do uruchomienia zadania system weźmie pod uwagę tylko te klastry na których dostępne są wszystkie wymagane moduły.
Code Block |
---|
#QCG module=nwchem/6.0 #QCG module=namd |
reservation - dyrektywa umożliwiająca podanie lokalnego identyfikatora rezerwacji w ramach której ma być wykonane zadanie. Użycie tej dyrektywy wymaga jednoznacznego podania hosta na którym jest założona podana rezerwacja.
Code Block |
---|
#QCG host=reef.man.poznan.pl #QCG reservation=piontek.0 |
use-reservation - bezparametrowa dyrektywa umożliwiająca zdefiniowanie, ze dane zadanie ma być uruchomione z wykorzystaniem mechanizmu rezerwacji zasobów z wyprzedzeniem. Dyrektywa wymaga podania czasu wykonania zadania (dyrektywa #QCG walltime). Stosowanie tej dyrektywy pozwala „wymusić” rezerwacje, gdy nie były użyte dyrektywy „not-after”, „not-before”, „deadaline”. Dyrektywa wyklucza użycie równocześnie z dyrektywą „reservation”.
Code Block |
---|
#QCG use-reservation #QCG walltime=PT2H |
not-before - dyrektywa umożliwiająca zdefiniowanie, że zadanie ma być wykonane „nie wcześniej niż”. Argumentem dyrektywy jest data z opcjonalnym czasem. Dyrektywa wymusza użycie mechanizmu rezerwacji zasobów z wyprzedzeniem. Nie może być użyta równocześnie z dyrektywą „reservation”. W przypadku braku dyrektywy przyjmuje się, że zadanie może być uruchomione „od razu”. Dyrektywa wymaga dyrektywy „walltime”.
Code Block |
---|
#QCG not-before=2012.07.25 #QCG walltime=PT2H |
Code Block |
---|
#QCG not-before=2012.07.25 15:20 #QCG walltime=PT2H |
not-after - dyrektywa umożliwiająca zdefiniowanie, że zadanie ma być wykonane „nie później niż”. Argumentem dyrektywy jest data z opcjonalnym czasem. Dyrektywa wymusza użycie mechanizmu rezerwacji zasobów z wyprzedzeniem. Nie może być użyta równocześnie z dyrektywą „reservation”, wymaga podania dyrektywy „walltime”.
Code Block |
---|
#QCG not-after=2012.08.25 #QCG walltime=PT2H |
Code Block |
---|
#QCG not-after=2012.08.25 13:20 #QCG walltime=PT2H |
W przypadku nie podania dyrektywy „not_before” system próbuje dokonać rezerwacji zasobów od aktualnej chwili. Dyrektywa wyklucza równoczesne użycie „not_after”.
Code Block |
---|
#QCG deadline=P3DT12H |
Code Block |
---|
#QCG not-before=2012.07.25 #QCG deadline=P3DT12H |
Przykład dla PBSa oznaczający dane zadanie jako wznawialne.
(-r y|n Declares whether the job is rerunable.)
Code Block |
---|
#QCG native=-r n |
Uruchomienie na klastrze galera aplikacji „gaussian”.
Code Block |
---|
#QCG queue=plgrid-long #QCG name=etanal #QCG note=etanal Gaussian #QCG output=${JOB_ID}.output #QCG error=${JOB_ID}.error #QCG stage-in-file=etanal.gjf -> etanal.gjf #QCG stage-out-file=wynik.tar -> ${JOB_ID}.tar #QCG nodes=1:12 #QCG host=galera.task.gda.pl #QCG persistent #QCG walltime=P7D #QCG notify=mailto:piontek@man.poznan.pl #QCG memory=15360 #QCG preprocess=echo START #QCG application=g09 #QCG argument=etanal.gjf #QCG postprocess=tar cvf wynik.tar * |
przesłaniu pliku output.tgz do katalogu, z którego wykonano polecenie qcg-sub pod tę samą nazwę.
Code Block |
---|
#!/bin/bash #QCG queue=plgrid #QCG persistent #QCG host=reef.man.poznan.pl #QCG output=output #QCG error=error #QCG stage-in-dir=inputs -> inputs /bin/tar -czf output.tgz inputs/input.* #QCG stage-out-file=output.tgz -> output.tgz |
QCG-JobProfile jest XMLowym językiem opisu zadań QCG umożliwiającym dostęp do całej funkcjonalności oferowanej przez usługi QCG.
Język opisu zadań QCG składa się z następujących elementów:
Opis każdego eksperymentu obliczeniowego QCG rozpoczyna się elementem qcgJob W elemencie tym można podać następujące atrybuty:
commitWait- atrybut określający czy przetwarzanie eksperymentu ma być wstrzymane do czasu aż użytkownik wywoła polecenie commit_job (opcjonalny, dopuszczalne wartości: true,false, wartość domyślna: false),
Code Block |
---|
<qcgJob appId="moj_eksperyment" project="grant123" commitWait="true"> ... </qcgJob> |
Każdy eksperyment obliczeniowy składa się z minimum jednego zadania - elementu task o unikalnym identyfikatorze.
Code Block |
---|
<qcgJob appId="moj_eksperyment" project="grant123" commitWait="true"> <task taskId="zadanie_1"> ... </task> <task taskId="zadanie_2"> ... </task> </qcgJob> |
Eksperyment może zawierać opisujący go opcjonalny element description.
Code Block |
---|
<qcgJob appId="moj_eksperyment"> <description>Najważniejszy eksperyment w PL-Grid<description> </qcgJob> |
Element task odpowiada pojedynczemu zadaniu obliczeniowemu wchodzącemu w skład eksperymentu (qcgJob).
Task może/musi zawierać następujące atrybuty:
Code Block |
---|
<qcgJob appId="moj_eksperyment"> ... <task taskId="zadanie_2" persistent="true" commitWait="false"> ... </task> |
Zadanie może zawierać opisujący go opcjonalny element description.
Code Block |
---|
<task taskId="zadanie_2" persistent="true" commitWait="false"> <description>Zadanie wyznaczające ...</description> </task> |
Zlecając eksperyment do wykonania można dla każdego zadnia zdefiniować listę potencjalnych maszyn, spośród których QCG-Broker będzie dokonywał wyboru. W przypadku braku elementu candidateHosts Broker wybiera spośród wszystkich dostępnych maszyn, na których użytkownik ma prawo wykonywać zadania.
Code Block |
---|
<candidateHosts> <hostName>reef.man.poznan.pl</hostName> <hostName>zeus.cyfronet.pl</hostName> </candidateHosts> |
Element ten pozwala na wyrażenie wymagań zasobowych dotyczących zleconego zadania. Możliwe jest zdefiniowanie prostych wymagań opisujące tylko parametry węzłów obliczeniowych (element resourceRequirements) lub, w przypadku zadań rozproszonych, topologii i wymagań dla poszczególnych grup procesów (element topology).
Element zawierający opis wymagań zasobowych dotyczący parametrów maszyny obliczeniowej. Element ten może zawierać jeden lub więcej elementów computingResource ze zdefiniowaną listą parametrów - elementy hostParameter. Element hostParameter ma atrybut computingParameterName określający po nazwie definiowany parametr. Wartość parametru może być liczbowa, przekazywana w elemencie value, lub tekstowa w elemencie stringValue.
Lista możliwych parametrów:
Code Block |
---|
<requirements> <resourceRequirements> <computingResource> <hostParameter name="gcpucount"> <value>3</value> </hostParameter> </computingResource> </resourceRequirements> </requirements> |
Code Block |
---|
<requirements> <resourceRequirements> <computingResource> <hostParameter name="queue"> <stringValue value="plgrid-long"/> </hostParameter> </computingResource> </resourceRequirements> </requirements> |
Code Block |
---|
<requirements> <resourceRequirements> <computingResource> <hostParameter name="application"> <stringValue value="abinit"/> </hostParameter> </computingResource> </resourceRequirements> </requirements> |
Element topology służy do opisu zadań rozproszonych składających się z potencjalnie wielu grup procesów o odmiennych wymaganiach zasobowych.
W przypadku zadań z wieloma grupami procesów, lub przy podziale grupy pomiędzy wiele zasobów, QCG-Broker dokonuje koalokacji zasobów dla wszystkich grup.
Element topology zawiera nie mniej niż jeden element processes definiujący pojedynczą grupę procesów.
Element processes ma następujące atrybuty:
resourceRequirements - opis wymagań zasobowych dla grupy procesów,
Code Block |
---|
<topology> <processes processesId="SMC:collector:distributor:Blob:voxelizer:thrombusMapper" masterGroup="true"> <processesCount> <value>1</value> </processesCount> <candidateHosts> <hostName>reef.man.poznan.pl</hostName> </candidateHosts> </processes> <processes processesId="BF"> <processesCount> <value>32</value> </processesCount> <candidateHosts> <hostName>huygens.sara.nl</hostName> </candidateHosts> <reservation type="LOCAL">p6012.huygens.sara.nl.537.r</reservation> </processes> <processes processesId="DD"> <processesCount> <value>4</value> </processesCount> <candidateHosts> <hostName>zeus.cyfronet.pl</hostName> </candidateHosts> </processes> </topology> |
W poniższym przykładzie zadanie uruchomione zostanie na 3 węzłach (liczba elementów processesPerNode), na każdym węźle do zadania przydzielone zostanie 8 slotów obliczeniowych (atrybut slotsPerNode). Na węzłach uruchomione zostaną odpowiednio 1, 8, 8 procesów (wartości elementu processesPerNode).
Code Block |
---|
<topology> <processes processesId="process"> <processesMap slotsPerNode="8"> <processesPerNode>1</processesPerNode> <processesPerNode>8</processesPerNode> <processesPerNode>8</processesPerNode> </processesMap> <candidateHosts> <hostName>grass1.man.poznan.pl</hostName> </candidateHosts> </processes> </topology> |
Element execution opisuje uruchomienie pojedynczego zadania. Zawiera informację jaki jest jego typ, plik wykonywalny, argumenty, strumienie wejścia, wyjścia i błędów, pliki i katalogi z danymi wejściowymi i wynikami oraz zmienne środowiskowe. Atrybut type określa rodzaj zadania oraz sposób w jaki będzie wykonywane. Wspierane są następujące typy:
Code Block |
---|
<execution type="single"> ... </execution> |
Element określający aplikację oraz jej wersję (element application) lub plik wykonywalny (element execFile) dla danego zadania.
Code Block |
---|
<executable> <application name="abinit" version="6.10.1"/> </executable> |
Code Block |
---|
<executable> <execFile> <file> <location type="URL">file:////usr/bin/cal</location> </file> </execFile> </executable> |
Code Block |
---|
<executable> <execFile> <file> <location type="URL">gsiftp://qcg.man.poznan.pl/~/executable</location> </file> </execFile> </executable> |
Lista argumentów dla uruchomienia aplikacji. Każdy argument powinien być podany jako osobna wartość.
Code Block |
---|
<arguments> <value>argument_1</value> <value>argument_2</value> <value>argument_3</value> </arguments> |
Element stdin umożliwia przypisanie pliku do standardowego wejścia procesu. Element stdin musi zawierać lokalizację pojedynczego pliku. Wspierane są następujące typy lokalizacji:
REFERENCE - logiczna referencja do innego pliku w eksperymencie typu workflow.
Code Block |
---|
<stdin> <file> <location type="URL">gsiftp://qcg.man.poznan.pl/~/experiments/stdin.txt</location> </file> </stdin> |
Code Block |
---|
<stdin> <file> <location type="REFERENCE">ref1</location> </file> </stdin> |
Element stdout pozwala zdefiniować, gdzie powinno zostać przegrane standardowe wyjście aplikacji. Plik ten przegrywany jest jednokrotnie po zakończeniu wykonywania aplikacji. Element stdout może zawierać lokalizację pojedynczego pliku (element file), lub w przypadku aplikacji rozproszonej wykonującej się na wielu zasobach lokalizację katalogu (element directory), do którego przegrane zostaną pliki ze standardowym wyjściem z każdej alokacji.
Wspierane są następujące typy lokalizacji:
REFERENCE - logiczna referencja do innego pliku w eksperymencie typu workflow.
Code Block |
---|
<stdout> <file> <location type="URL">gsiftp://qcg.man.poznan.pl/~/experiments/stdout.txt</location> </file> </stdout> |
Code Block |
---|
<stdout> <directory> <location type="URL">gsiftp://qcg.man.poznan.pl/~/experiments/stdouts</location> </directory> </stdout> |
Code Block |
---|
<stdout> <file> <location type="REFERENCE">ref1</location> </file> </stdout> |
Element stderr pozwala zdefiniować, gdzie powinno zostać przegrane standardowe wyjście błędów aplikacji. Plik ten przegrywany jest jednokrotnie po zakończeniu wykonywania aplikacji. Element stderr może zawierać lokalizację pojedynczego pliku (element file), lub w przypadku aplikacji rozproszonej wykonującej się na wielu zasobach lokalizację katalogu (element directory), do którego przegrane zostaną pliki ze standardowym wyjściem błędu z każdej alokacji.
Wspierane są następujące typy lokalizacji:
REFERENCE - logiczna referencja do innego pliku w eksperymencie typu workflow.
Code Block |
---|
<stderr> <file> <location type="URL">gsiftp://qcg.man.poznan.pl/~/experiments/stdout.txt</location> </file> </stderr> |
Code Block |
---|
<stderr> <directory> <location type="URL">gsiftp://qcg.man.poznan.pl/~/experiments/stdouts</location> </directory> </stderr> |
Code Block |
---|
<stderr> <file> <location type="REFERENCE">ref1</location> </file> </stderr> |
Element stdInOut umożliwia zarządzanie danymi (plikami i katalogami) wejściowymi i wyjściowymi aplikacji. Element ten musi zawierać co najmniej jeden element opisujący plik (element file) lub katalog (element directory). Elementy file i directory muszą zawierać lokalizacje odpowiednio pojedynczego pliku lub katalogu i mają następujący zbiór atrybutów:
TASK_ID - identyfikator zadania.
Code Block |
---|
<stageInOut> <file name="date.out" type="out" creationFlag="APPEND" permissions="644"> <location type="URL">gsiftp://fury.man.poznan.pl/~/examples/dates</location> </file> </stageInOut> |
Code Block |
---|
<stageInOut> <file name="input" type="in"> <location type="URL">gsiftp://qcg.man.poznan.pl/~/plgrid/staging/input.txt</location> </file> <file name="output.tar" type="out"> <location type="URL">gsiftp://qcg.man.poznan.pl/~/plgrid/output/output-${JOB_ID}.tar</location> </file> <directory name="results" type="out"> <location type="URL">gsiftp://qcg.man.poznan.pl/~/plgrid/output/output-${JOB_ID}-${TASK_ID}.tar</location> </directory> </stageInOut> |
Code Block |
---|
<stageInOut> <file name="ps" type="in"> <location type="REFERENCE">ref1</location> </file> <file name="ps.tgz" type="out"> <location type="URL">gsiftp://qcg.reef.man.poznan.pl/ps.tgz</location> </file> </stageInOut> |
Lista zmiennych środowiskowych i ich wartości, które przekazane zostaną przy uruchomieniu zadania
Code Block |
---|
<environment> <variable name="PATH">/home/piontek</variable> <variable name="VERBOSE">true</variable> </environment> |
Element reservation pozwala zdefiniować rezerwację, do której ma być zlecone zadanie.
Element posiada atrybuty:
Element executionTime pozwala zdefiniować wymagania czasowe dla zadania. Element ten musi zawierać element executionDuration definiujący długość czasu obliczeń oraz opcjonalnie element timePeriod określający okno czasowe, w którym zadanie ma być wykonane. Element timePeriod musi zawierać element periodStart określający początek okna czasowego oraz periodEnd (koniec okna) lub periodDuration (długość okna czasowego).
Code Block |
---|
<executionTime> <executionDuration>P0Y0M0DT0H30M</executionDuration> </executionTime> |
Code Block |
---|
<executionTime> <executionDuration>P0Y0M0DT24H0M</executionDuration> <timePeriod> <periodStart>2011-11-23T14:29:00</periodStart> <periodEnd>2011-11-24T18:29:00</periodEnd> </timePeriod> </executionTime> |
Element workflow pozwala definiować złożone zależności kolejnościowe pomiędzy zadaniami w eksperymencie. Dla każdego zadania możliwe jest zdefiniowanie od jakich innych zadań ono zależy, używając zagnieżdżonych warunków z wykorzystaniem operatorów AND/OR oraz dowolnych stanów zadań. Zależności pomiędzy zadaniami nie mogą zawierać cykli. Element workflow może zawierać jeden z następujących elementów:
or - logiczny operator OR pozwalający tworzyć złożone warunki. Element or może zawierać elementy parent, and i or.
Code Block |
---|
<workflow> <parent>task_1</parent> </workflow> |
Code Block |
---|
<workflow> <parent triggerState="FINISHED">task_2</parent> </workflow> |
Code Block |
---|
<workflow> <and> <parent triggerState="FINISHED">task_1</parent> <parent triggerState="RUNNING">task_2</parent> </and> </workflow> |
Code Block |
---|
<workflow> <or> <parent triggerState="FINISHED">task_1</parent> <parent triggerState="RUNNING">task_2</parent> </or> </workflow> |
Code Block |
---|
<workflow> <or> <parent triggerState="FINISHED">task_1</parent> <and> <parent triggerState="FINISHED">task_2</parent> <parent triggerState="FINISHED">task_3</parent> </and> </or> </workflow> |
Element parameterSweep służy do definiowania zadań parametrycznych, to znaczy takich, w których ta sama aplikacja uruchamiana jest wielokrotnie dla różnych parametrów. QCG-Broker umożliwia definiowanie wielowymiarowej przestrzeni parametrów, w której jednocześnie wg podanych reguł może zmienianych być wiele parametrów. Możliwe jest definiowanie różnych schematów zmienności parametrów (kolejności zmieniania wartości wielu parametrów) jak również zakresów zmienności pojedynczych elementów. Element parameterSweep musi zawierać co najmniej jeden element parameter definiujący zmienność pojedynczego parametru. Element parameter zawiera następujące elementy:
set - zmiana parametru ze zdefinowanego zbioru wartości.
Code Block |
---|
<parametersSweep> <parameter> <name>arg1</name> <value> <loop> <start>0</start> <end>9</end> <step>1</step> <except> <value>3</value> <value>6</value> </except> </loop> </value> </parameter> </parametersSweep> |
task | arg1 |
---|---|
task_1 | 1 |
task_2 | 2 |
task_3 | 3 |
task_4 | 4 |
task_5 | 5 |
task_6 | 6 |
task_7 | 7 |
task_8 | 8 |
task_9 | 9 |
Code Block |
---|
<parametersSweep> <parameter> <name>arg2</name> <value> <set> <item>a</item> <item>b</item> </set> </value> </parameter> </parametersSweep> |
task | arg2 |
---|---|
task_1 | a |
task_2 | b |
Code Block |
---|
<parametersSweep> <parameter> <name>arg1</name> <value> <loop> <start>0</start> <end>5</end> <step>1</step> <except> <value>3</value> <value>4</value> </except> </loop> </value> </parameter> <parameter> <name>arg2</name> <value> <set> <item>a</item> <item>b</item> </set> </value> </parameter> </parametersSweep> |
task | arg1 | arg2 |
---|---|---|
task_1 | 0 | a |
task_2 | 1 | b |
task_3 | 2 | a |
task_4 | 5 | b |
Code Block |
---|
<parametersSweep> <parameter> <name>arg1</name> <value> <loop> <start>0</start> <end>5</end> <step>1</step> <except> <value>3</value> <value>4</value> </except> </loop> </value> <parameter> <name>arg2</name> <value> <set> <item>a</item> <item>b</item> </set> </value> </parameter> </parameter> </parametersSweep> |
task | arg1 | arg2 |
---|---|---|
task_1 | 0 | a |
task_2 | 0 | b |
task_3 | 1 | a |
task_4 | 1 | b |
task_5 | 2 | a |
task_6 | 2 | b |
task_7 | 5 | a |
task_8 | 5 | b |
EKSPERYMENT: Pobranie pliku report, spakowanie go aplikacją tar i przegranie wyniku do podanej lokalizacji. Zadanie wykonane zostanie na klastrze reef.man.poznan.pl. Standardowe strumienie wyjścia przegrane zostaną do podanych lokalizacji.
Code Block |
---|
<grmsJob appId="eksperyment"> <task taskId="tar"> <candidateHosts> <hostName>reef.man.poznan.pl</hostName> </candidateHosts> <execution type="single"> <executable> <execFile> <file> <location type="URL">file:////bin/tar</location> </file> </execFile> </executable> <arguments> <value>cfv</value> <value>report.tar</value> <value>report</value> </arguments> <stdout> <file> <location type="URL">gsiftp://qcg.man.poznan.pl/~stdout-${JOB_ID}</location> </file> </stdout> <stderr> <file> <location type="URL">gsiftp://qcg.man.poznan.pl/~/stderr-${JOB_ID}</location> </file> </stderr> <stageInOut> <file name="report" type="in"> <location type="URL">gsiftp://fury.man.poznan.pl/~/examples/report</location> </file> <file name="report.tar" type="out"> <location type="URL">gsiftp://fury.man.poznan.pl/~/examples/report.tar</location> </file> </stageInOut> </execution> </task> </grmsJob> |
Eksperyment: Wykonanie zbioru zadań „calc” dla miesięcy roku 2012 z pominięciem miesięcy 3 i 6. Standardowe lokalizacje przegrane zostaną do podanej lokalizacji.
Code Block |
---|
<grmsJob appId="kalendarze"> <task taskId="calendar"> <execution type="single"> <executable> <execFile> <file> <location type="URL">file:////usr/bin/cal</location> </file> </execFile> </executable> <arguments> <value>${PS_month}</value> <value>2012</value> </arguments> <stdout> <file> <location type="URL">${TASK_DIR}/stdout.txt</location> </file> </stdout> </execution> <parametersSweep> <parameter> <name>month</name> <value> <loop> <start>1</start> <end>12</end> <step>1</step> <except> <value>3</value> <value>6</value> </except> </loop> </value> </parameter> </parametersSweep> </task> </grmsJob> |
Eksperyment: Prosty workflow składający się z dwóch zadań (aplikacja date). Drugie zadanie wykonane będzie po zakończeniu pierwszego. Strumienie wyjściowe przegrane zostaną do podanych lokalizacji.
Code Block |
---|
<qcgJob appId="example1"> <task taskId="date_1"> <execution type="single"> <executable> <execFile> <file> <location type="URL">file:////bin/date</location> </file> </execFile> </executable> <stdout> <file> <location type="URL">gsiftp://qcg.man.poznan.pl/~/date-${JOB_ID}-${TASK_ID}.txt</location> </file> </stdout> </execution> </task> <task taskId="date_2"> <execution type="single"> <executable> <execFile> <file> <location type="URL">file:////bin/date</location> </file> </execFile> </executable> <stdout> <file> <location type="URL">gsiftp://qcg.man.poznan.pl/~/date-${JOB_ID}-${TASK_ID}.txt</location> </file> </stdout> </execution> <workflow> <parent triggerState="FINISHED">date_1</parent> </workflow> </task> </qcgJob> |
Eksperyment: Prosty workflow, w którym drugie zadanie „pakuje” wyjście polecenia „ps” w pierwszego zadania. Plik przekazywane są „przez” referencje.
Code Block |
---|
<qcgJob appId="ps_tar"> <task taskId="ps"> <execution type="single"> <executable> <execFile> <file> <location type="URL">file:////bin/ps</location> </file> </execFile> </executable> <arguments> <value>aux</value> </arguments> <stdout> <file> <location type="REFERENCE">ref1</location> </file> </stdout> </execution> </task> <task taskId="tar"> <execution type="single"> <executable> <execFile> <file> <location type="URL">file:////bin/tar</location> </file> </execFile> </executable> <arguments> <value>czf</value> <value>ps.tgz</value> <value>ps</value> </arguments> <stageInOut> <file name="ps" type="in"> <location type="REFERENCE">ref1</location> </file> <file name="ps.tgz" type="out"> <location type="URL">gsiftp://qcg.reef.man.poznan.pl/ps.tgz</location> </file> </stageInOut> </execution> <workflow> <parent triggerState="FINISHED">ps</parent> </workflow> </task> </qcgJob> |
QCG-SimpleClient oferuje prosty, wzorowany na poleceniech systemu kolejkowego, interfejs do infrastruktury QCG.
plik_z_opisem
Code Block |
---|
qcg-sub /home/piontek/tasks/date.qcg qcg-sub ./tasks/date.qcg |
czas_jednostka [stan,[stan]]
Code Block |
---|
qcg-list qcg-list 7d qcg-list 1m qcg-list 7d finished qcg-list 1m finished,failed |
Dla wygody użytkowników zamiast listy stanów możliwe jest podanie zdefiniowanych stałych:
Code Block |
---|
qcg-list 7d all qcg-list 7d terminated qcg-list 7d unterminated |
jobId pokaz_opis
Code Block |
---|
qcg-info J1331196390748_date_3099 true |
jobId liczba_znaków
Code Block |
---|
qcg-peek J1331196390748_date_3099 qcg-peek J1331196390748_date_3099 10 |
Code Block |
---|
qcg-proxy |
jobId
Code Block |
---|
qcg-cancel J1331196390748_date_3099 |
jobId
Code Block |
---|
qcg-clean J1331196390748_date_3099 |
Code Block |
---|
qcg-interactive /home/piontek/tasks/bash.qcg qcg-interactive ./tasks/bash.qcg |
jobId
Code Block |
---|
qcg-refetch J1331196390748_date_3099 |
...