...
Z usługi można korzystać na dwa sposoby: za pośrednictwem interaktywnego portalu UNRES oraz przy pomocy systemy wsadowego QosCos QosCosGrid.
Aby skorzystać z usługi UNRES należy posiadać konto w portalu PLGRID oraz posiadać aktywny grant obliczeniowywłaściwy PLGrid. Należy również złożyć wniosek o dołączenie usługę UNRES w Katalogu Aplikacji i Usług. Spowoduje to dodanie użytkownika do zespołu plggunresng (zespół użytkowników usługi UNRES).
...
Obecnie aplikacje składające się na usługę są zainstalowane w ramach infrastruktury PLGrid tylko na klastrze inula na klastrach:
Portal QCG umożliwiający interaktywne uruchamianie zadań kieruje zadania tylko na klaster inula. Za pośrednictwem portalu QCG można uruchomić tylko główny moduł obliczeniowy UNRES, natomiast moduły analizy wyników dynamiki molekularnej z wymianą replik można uruchomić jedynie bezpośrednio w trybie wsadowym. Rozszerzenie funkcjonalności portalu QCG na ten moduły jest w toku.
Ponieważ w chwili obecnej system QosCosGrid nie obejmuje kierowania zadań na klaster Prometheus, w przypadku uruchamiania zadań na tym komputerze należy używać systemu slurm, podobnie jak w przypadku uruchamiania innych zadań na tym komputerze. Szczegółowy opis znajduje się w podręczniku Prometheus:Podstawy.
Zalecane jest zapoznanie się z dokumentacją części składowych pakietu UNRES dostępną na stronie pakietu (dokumentacja w języku Zalecane jest zapoznanie się z dokumentacją części składowych pakietu UNRES dostępną na stronie pakietu (dokumentacja w języku angielskim).
Zlecanie zadań przez portal UNRES możliwe jest tylko na klaster inula w PCSS.
Portal UNRES jest dostępny pod adresem https://unres-portal.plgrid.pl. Portal jest zintegrowany z OPENID. Należy zalogować się na portal używając identyfikatora użytkownika w systemie PL-GRID.
...
Uwaga 2: Sekwencja aminokwasowa musi zaczynać/kończyć się resztą "dummy" oznaczaną jako X jeżeli łańcuch nie zaczyna się/kończy pełną grupą peptydową (czyli grupa początkowa jest grupą -NH3+ lub grupa końcowa jest grupą COO-; sekwencja "nieblokowana"). Jeżeli łańcuch zaczyna się/kończy pełną grupą peptydową lub pierwszą/ostatnią resztą jest glicyna, należy wstawić G. Wstawienie innych reszt niź X lub G na początku lub końcu spowoduje błędy w obliczeniach. Wstawienie grup blokujących powoduje pozorne wydłużenie sekwencji, np. jeżeli chcemy wykonać obliczenia nieblokowanego pentapeptydu Ala-Lys-Gly-Pro-Ser to musimy wprowadzić sekwencję XAKGPSX a jeżeli chcemy wykonać obliczenia analogicznego blokowanego pentapeptydu Ac-Ala-Lys-Gly-Pro-Ser-NHCH3 to wprowadzamy sekwencję GAKGPSG. W przypadku sekwencji np. Gly-Leu-Pro-Leu-Ala-Gly nie trzeba dodawać grup blokujących i wprowadzić sekwencję GLPLAG
Następnie w zakładce "Zasoby" ustawiamy klaster obliczeniowy oraz czas obliczeń. UWAGA: W chwili obecnej pakiet UNRES zaimplementowany jest tylko portal uruchamia zadania jedynie na klastrze Inulainula).
Więcej opcji dynamiki można uzyskać po kliknięciu napisu "Zaawansowane" w zakładce MD. Odpowiednie pola są objaśnione poniżej; wartości domyślne podano w nawiasach:
...
DT: (0.1) długość kroku czasowego; jednostka jest równa 48,9 fs.
...
W celu zdefiniowania ścieżek dostępu oraz ustawienia wartości zmiennych środowiskowych dla usługi należy załadować moduł plgrid/apps/unres-e0ll2y/3.2.1
(pole E0LL2Y0) lub plgrid/apps/unres-gab/3.2.1
(pole GAB), w zależności od żądanego pola siłowego. W przypadku uruchamiania zadań przez portal odpowiedni moduł jest ładowany poprzez wybór odpowiedniego pola siłowego z menu.
...
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Po zalogowaniu się na serwer, z którego można uruchamiać zadania w systemie Qcg-Qoscos, np. qcg.man.poznan.pl i przeniesieniu tam wymienionych powyżej plików, należy wydać polecenie:
...
Trajektoria zapisana w formie skompresowanej w pliku cx nie jest gotowa do oglądania/przetwarzania programami grafiki molekularnej. Należy przekształcić go do formatu Protein Data Bank (PDB) przy użyciu programu xdrf2pdb. Program jest dostępny w ramach usługi UNRES i może być uruchamiany w trybie wsadowym jednak z uwagi na to, że pliki pdb zajmują znacznie więcej miejsca niż pliki cx, lepiej skopiować plik cx na swój lokalny komputer i tam uruchomić xdrf2pdb interaktywnie. Program xdrf2pdb można uzyskać ze strony "downloads" pakietu UNRES. Po wejściu na stronę należy kliknąć na guzik "ACCEPT LICENSE TERMS" i ściągnąć archiwum xdrfpdb-src-v.3.2.1.tar.gz.
Polecenie konwersji dla podanego przykładu jest następujące:
xdrf2pdb three seq-3let 1L2Y_lang_MD000.cx 1 1 100 1L2Y_lang.pdb
gdzie
three oznacza, że podawana będzie sekwencja aminokwasowa białka w kodzie trójliterowym
Program xdrf2pdb wymaga biblioteki xdrf, która jest w pakiecie UNRES. Jeżeli jeszcze jej nie posiadamy to trzeba ściągnąć archiwum lib.tar.gz ze strony pakietu UNRES. Można też ściągnąć cały pakiet UNRES unrespack-v.3.2.1.tar.gz; biblioteka jest w sources/lib/xdrf lub xdrf_em64 (64 bit) albo xdrf-Argonne (BlueGene Q) gdyby ta nie zadziałała.
Polecenie konwersji dla podanego przykładu jest następujące:
xdrf2pdb three seq-3let 1L2Y_lang_MD000.cx 1 1 100 1L2Y_lang.pdb
gdzie
three oznacza, że podawana będzie sekwencja aminokwasowa białka w kodzie trójliterowym
seq-3let jest plikiem z seq-3let jest plikiem z sekwencją; format 20(A3, 1X); zawartość poniżej
...
1 1 100 : konformacje będą zapisywane co 1, począwszy od konformacji 1 a skończywszy na konformacji 1001L2Y_lang.pdb : wynikowy plik z konformacjami w formacie PDB; konformacje te zawierają geometrię na poziomie gruboziarnistym; tylko atomy węgla alfa (CA) i centra łańcuchów bocznych (CB)100
1L2Y_lang.pdb : wynikowy plik z konformacjami w formacie PDB; konformacje te zawierają geometrię na poziomie gruboziarnistym; tylko atomy węgla alfa (CA) i centra łańcuchów bocznych (CB).
Zadania są uruchamiane w systemie kolejkowania slurm. W zależności od używanego pola należy załadować jeden z modułów:
Dodatkowo należy załadować moduł plgrid/tools/impi.
Podobnie jak w przypadku klastra inula, załadowanie modułów powoduje zdefiniowanie plików z właściwymi dla danego pola parametrami; pliki te można jednk podmienić na pliki z parametrami użytkownika. Przykładowy skrypt jest podany poniżej.
----------------------------------------------------------
Plik energy-pdb.sbatch
----------------------------------------------------------
#!/bin/bash -l
#SBATCH -J unres
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=1
#SBATCH -n 1
#SBATCH --time=00:01:00
#SBATCH -A unresprometheustest
#SBATCH -p plgrid
#SBATCH --output="output.out"
#SBATCH --error="error.err"
#
module load plgrid/apps/unres-e0ll2y/3.2.1
module add plgrid/tools/impi
export PREFIX=1L2Y_ene-pdb
export OUT1FILE=YES
export FGPROCS=1
mpirun unresMD_ifort_MPI_E0LL2Y.exe
-----------------------------------------------------------------
Przykładowe pliki wsadowe dla systemu slurm oraz pliki danych i pliki wynikowe dla różnych trybów obliczeń wraz z krótkim opisem są dostępne w katalogu /net/software/local/unres/Przyklady na klastrze Prometheus; archiwum można pobrać stąd w postaci pliku Przyklady_prometheus.zip.
...
Strona dokumentacji pakietu UNRES ze szczegółowym opisem wprowadzanych danych (w języku angielskim).