...
Z usługi można korzystać na dwa sposoby: za pośrednictwem interaktywnego portalu UNRES oraz przy pomocy systemy wsadowego QosCos QosCosGrid.
Aby skorzystać z usługi UNRES należy posiadać konto w portalu PLGRID oraz posiadać aktywny grant obliczeniowywłaściwy PLGrid. Należy również złożyć wniosek o usługę UNRES w Katalogu Aplikacji i Usług. Spowoduje to dodanie użytkownika do zespołu plggunresng (zespół użytkowników usługi UNRES).
...
Obecnie aplikacje składające się na usługę są zainstalowane w ramach infrastruktury PLGrid tylko na klastrze inula na klastrach:
...
Portal QCG umożliwiający interaktywne uruchamianie zadań kieruje zadania tylko na klaster inula. Za pośrednictwem portalu można uruchomić tylko główny moduł obliczeniowy UNRES, natomiast moduły analizy wyników dynamiki molekularnej z wymianą replik można uruchomić jedynie bezpośrednio w trybie wsadowym. Rozszerzenie funkcjonalności portalu QCG na ten moduły jest w toku.
Ponieważ , w chwili obecnej , system QCosCos QosCosGrid nie obejmuje kierowania zadań na klastrze prometheusklaster Prometheus, w przypadku uruchamiania zadań na tym komputerze należy używać systemu slurm, podobnie , jak w przypadku uruchamiania innych zadań na tym komputerze. Szczegółowy opis znajduje się w podrozdziale "Uruchamianie zadań na klastrze prometheus"podręczniku Prometheus:Podstawy.
Zalecane jest zapoznanie się z dokumentacją części składowych pakietu UNRES dostępną na stronie pakietu (dokumentacja w języku angielskim).
Zlecanie zadań przez portal UNRES możliwe jest tylko na klaster inula w PCSS.
Portal UNRES jest dostępny pod adresem https://unres-portal.plgrid.pl. Portal jest zintegrowany z OPENID. Należy zalogować się na portal używając identyfikatora użytkownika w systemie PL-GRID.
...
Uwaga 2: Sekwencja aminokwasowa musi zaczynać/kończyć się resztą "dummy" oznaczaną jako X jeżeli łańcuch nie zaczyna się/kończy pełną grupą peptydową (czyli grupa początkowa jest grupą -NH3+ lub grupa końcowa jest grupą COO-; sekwencja "nieblokowana"). Jeżeli łańcuch zaczyna się/kończy pełną grupą peptydową lub pierwszą/ostatnią resztą jest glicyna, należy wstawić G. Wstawienie innych reszt niź X lub G na początku lub końcu spowoduje błędy w obliczeniach. Wstawienie grup blokujących powoduje pozorne wydłużenie sekwencji, np. jeżeli chcemy wykonać obliczenia nieblokowanego pentapeptydu Ala-Lys-Gly-Pro-Ser to musimy wprowadzić sekwencję XAKGPSX a jeżeli chcemy wykonać obliczenia analogicznego blokowanego pentapeptydu Ac-Ala-Lys-Gly-Pro-Ser-NHCH3 to wprowadzamy sekwencję GAKGPSG. W przypadku sekwencji np. Gly-Leu-Pro-Leu-Ala-Gly nie trzeba dodawać grup blokujących i wprowadzić sekwencję GLPLAG
Następnie w zakładce "Zasoby" ustawiamy klaster obliczeniowy oraz czas obliczeń. UWAGA: W chwili obecnej portal uruchamia zadania jedynie na klastrze inula).
...
DT: (0.1) długość kroku czasowego; jednostka jest równa 48,9 fs.
...
W celu zdefiniowania ścieżek dostępu oraz ustawienia wartości zmiennych środowiskowych dla usługi należy załadować moduł plgrid/apps/unres-e0ll2y/3.2.1
(pole E0LL2Y0) lub plgrid/apps/unres-gab/3.2.1
(pole GAB), w zależności od żądanego pola siłowego. W przypadku uruchamiania zadań przez portal odpowiedni moduł jest ładowany poprzez wybór odpowiedniego pola siłowego z menu.
...
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Po zalogowaniu się na serwer, z którego można uruchamiać zadania w systemie Qcg-Qoscos, np. qcg.man.poznan.pl i przeniesieniu tam wymienionych powyżej plików, należy wydać polecenie:
...
1L2Y_lang.pdb : wynikowy plik z konformacjami w formacie PDB; konformacje te zawierają geometrię na poziomie gruboziarnistym; tylko atomy węgla alfa (CA) i centra łańcuchów bocznych (CB).
...
Zadania są uruchamiane w systemie kolejkowania slurm. Należy załadować moduł W zależności od używanego pola należy załadować jeden z modułów:
...
Dodatkowo należy załadować w zależności od używanego pola i dodatkowo moduł plgrid/tools/impi.
Podobnie jak w przypadku klastra inula, załadowanie modułów powoduje zdefiniowanie plików z właściwymi dla danego pola parametrami; pliki te można jednk podmienić na pliki z parametrami użytkownika. Przykładowy skrypt jest podany poniżej.
...
Przykładowe pliki wsadowe dla systemu slurm oraz pliki danych i pliki wynikowe dla różnych trybów obliczeń wraz z krótkim opisem są dostępne w katalogu /net/software/local/unres/Przyklady na klastrze prometheusPrometheus; archiwum można pobrać stąd w postani postaci pliku Przyklady_prometheus.zip.
...
Strona dokumentacji pakietu UNRES ze szczegółowym opisem wprowadzanych danych (w języku angielskim).