Page tree

Versions Compared

Key

  • This line was added.
  • This line was removed.
  • Formatting was changed.

...

Z usługi można korzystać na dwa sposoby: za pośrednictwem interaktywnego portalu UNRES oraz przy pomocy systemy wsadowego QosCos QosCosGrid.

Aktywowanie usługi

Aby skorzystać z usługi UNRES należy posiadać konto w portalu PLGRID oraz posiadać aktywny grant obliczeniowy. Należy również złożyć wniosek o usługę UNRES w Katalogu Aplikacji i Usług. Spowoduje to dodanie użytkownika do zespołu plggunresng (zespół użytkowników usługi UNRES).

...

Obecnie aplikacje składające się na usługę są zainstalowane w ramach infrastruktury PLGrid tylko na klastrze inula na klastrach:

  • Inula w Poznańskim Centrum Superkomputerowo-Sieciowym

...

  • Prometheus w Cyfronecie.

Portal QCG umożliwiający interaktywne uruchamianie zadań kieruje zadania tylko na klaster inula. Za pośrednictwem portalu można uruchomić tylko główny moduł obliczeniowy UNRES, natomiast moduły analizy wyników dynamiki molekularnej z wymianą replik można uruchomić jedynie bezpośrednio w trybie wsadowym. Rozszerzenie funkcjonalności portalu QCG na ten moduły jest w toku.

Ponieważ , w chwili obecnej , system QCosCos QosCosGrid nie obejmuje kierowania zadań na klastrze klaster Prometheus, w przypadku uruchamiania zadań na tym komputerze należy używać systemu slurm, podobnie , jak w przypadku uruchamiania innych zadań na tym komputerze. Szczegółowy opis znajduje się w podrozdziale "Uruchamianie zadań na klastrze Prometheus"podręczniku Prometheus:Podstawy.

Pierwsze kroki

Zalecane jest zapoznanie się z dokumentacją części składowych pakietu UNRES dostępną na stronie pakietu (dokumentacja w języku angielskim).

Uruchamianie przez portal UNRES

Zlecanie zadań przez portal UNRES możliwe jest tylko na klaster inula w PCSS.

Portal UNRES jest dostępny pod adresem https://unres-portal.plgrid.pl. Portal jest zintegrowany z OPENID. Należy zalogować się na portal używając identyfikatora użytkownika w systemie PL-GRID. 

...

Uruchamianie bezpośrednio w systemie wsadowym

Uruchamianie zadań na klastrze inula

W celu zdefiniowania ścieżek dostępu oraz ustawienia wartości zmiennych środowiskowych dla usługi należy załadować moduł plgrid/apps/unres-e0ll2y/3.2.1  (pole E0LL2Y0) lub plgrid/apps/unres-gab/3.2.1 (pole GAB), w zależności od żądanego pola siłowego. W przypadku uruchamiania zadań przez portal odpowiedni moduł jest ładowany poprzez wybór odpowiedniego pola siłowego z menu.

...

-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Uruchamianie

Po zalogowaniu się na serwer, z którego można uruchamiać zadania w systemie Qcg-Qoscos, np. qcg.man.poznan.pl i przeniesieniu tam wymienionych powyżej plików, należy wydać polecenie:

...

1L2Y_lang.pdb : wynikowy plik z konformacjami w formacie PDB; konformacje te zawierają geometrię na poziomie gruboziarnistym; tylko atomy węgla alfa (CA) i centra łańcuchów bocznych (CB).

 

Uruchamianie zadań na klastrze Prometheus

Zadania są uruchamiane w systemie kolejkowania slurm. Należy załadować moduł W zależności od używanego pola należy załadować jeden z modułów:

  • plgrid/apps/unres-e0ll2y/3.2.1 (w tym przypadku należy uruchomić aplikację unresMD_ifort_MPI_E0LL2Y.exe lub odpowiedni stowarzyszony z nią program przetwarzający wyniki symulacji)

...

  • plgrid/apps/unres-gab/3.2.1 (w tym przypadku należy uruchomić aplikację unresMD_ifort_MPI_GAB.exe lub odpowiedni stowarzyszony z nią program przetwarzający wyniki symulacji)

...

Dodatkowo należy załadować moduł plgrid/tools/impi.

Podobnie jak w przypadku klastra inula, załadowanie modułów powoduje zdefiniowanie plików z właściwymi dla danego pola parametrami; pliki te można jednk podmienić na pliki z parametrami użytkownika. Przykładowy skrypt jest podany poniżej.

...

Przykładowe pliki wsadowe dla systemu slurm oraz pliki danych i pliki wynikowe dla różnych trybów obliczeń wraz z krótkim opisem są dostępne w katalogu  /net/software/local/unres/Przyklady na klastrze Prometheus; archiwum można pobrać stąd w postani postaci pliku Przyklady_prometheus.zip.

...