queue

• queue - wybrana kolejka systemu kolejkowego.

  Code Block
  #QCG queue=plgrid

note

• note - krótka informacja o zadaniu.

  Code Block
  #QCG note=moje pierwsze zadanie QCG

name

• name - dyrektywa określająca nazwę zadania. Nazwa zadania pojawi się jako końcówka identyfikatora zadania.

  Code Block
  #QCG name=nobel-experiment

output

• output - lokalizacja gdzie ma być przegrane standardowe wyjście zadnia (stdout). Jeśli nie jest to lokalizacja gsiftp zakłada się, że jest ustalana względem katalogu, z którego zlecono zadanie.

  Code Block
  #QCG output=gsiftp://qcg.man.poznan.pl//home/plgrid/plgpiontek/reef/outputs/${JOB_ID}.output #QCG output=output.txt

error

• error - lokalizacja gdzie ma być przegrany standardowe wyjście błędów zadnia (stderr). Jeśli nie jest to lokalizacja gsiftp zakłada się, że jest ustalana względem katalogu, z którego zlecono zadanie.

  Code Block
  #QCG error=gsiftp://qcg.man.poznan.pl//home/plgrid/plgpiontek/reef/errors/${JOB_ID}.error #QCG error=error.txt

input

• input - lokalizacja skąd ma być wzięte standardowe wejście dla aplikacji (stdin). Jeśli nie jest to lokalizacja gsiftp zakłada się, że jest ustalana względem katalogu, z którego zlecono zadanie.

  Code Block
  #QCG input=gsiftp://qcg.man.poznan.pl//home/plgrid/plgpiontek/reef/inputs/experiment.input #QCG input=input.txt

host

• host - nazwa maszyny na której może być uruchomione zadanie. Może być wiele takich dyrektyw dla alternatywnych maszyn.

  Code Block
  #QCG host=reef.man.poznan.pl #QCG host=zeus.cyfronet.pl

stage-in-file

• stage-in-file - dyrektywa kopiowania pliku wejściowego. Składnia „lokalizacja_źródłowa → nazwa_docelowa_pliku”. Lokalizacja źródłowa może być lokalizacją gsiftp lub ścieżką do pliku. W tym drugim przypadku zakłada się, że jest ustalana względem katalogu, z którego zlecono zadanie.

W przypadku braku drugiego parametru plik kopiowany jest pod nazwę źródlową.

#QCG stage-in-file=gsiftp://qcg.man.poznan.pl//home/plgrid/plgpiontek/reef/inputs/input.txt -> input.txt
#QCG stage-in-file=gsiftp://qcg.man.poznan.pl//home/plgrid/plgpiontek/reef/inputs/input.txt
#QCG stage-in-file=input_file.txt -> input.txt
#QCG stage-in-file=input_file.txt

stage-in-dir

• stage-in-dir - dyrektywa kopiowania katalogu wejściowego. Funkcjonalność i składnia analogiczna jak dla dyrektywy „stage-in-file” tyle, że kopiowany jest katalog.

  Code Block
  #QCG stage-in-dir=gsiftp://qcg.man.poznan.pl//home/plgrid/plgpiontek/reef/inputs -> inputs #QCG stage-in-dir=gsiftp://qcg.man.poznan.pl//home/plgrid/plgpiontek/reef/inputs #QCG stage-in-dir=input_dir -> inputs #QCG stage-in-dir=input_dir

  Info
  Skopiowanie całego katalogu w którym uruchomiony został klient odbywa się poprzez podanie ”.” (kropki) jako nazwy katalogu źródłowego i ewentualnie docelowego

  Code Block
  #QCG stage-in-dir=. -> . #QCG stage-in-dir=. #QCG stage-in-dir=. -> input

stage-out-file

• stage-out-file - dyrektywa kopiowania pliku wyjściowego. Składnia „nazwa_pliku_źródłowego → lokalizacja docelowa pliku”. Lokalizacja docelowa może być lokalizacją gsiftp lub ścieżką do pliku. W tym drugim przypadku zakłada się, że jest ustalana względem katalogu, z którego zlecono zadanie. W przypadku braku drugiego parametry plik przegrywany jest pod nazwę źródłową.

  Code Block
  #QCG stage-out-file=results.txt -> gsiftp://qcg.man.poznan.pl//home/plgrid/plgpiontek/reef/results/result.1 #QCG stage-out-file=results.txt #QCG stage-out-file=result.txt -> ${JOB_ID}.result #QCG stage-out-file=result.txt

stage-out-dir

• stage-out-dir - dyrektywa kopiowania katalogu wyjściowego. Funkcjonalność i składnia analogiczna jak dla dyrektywy „stage-out-file” tyle, że kopiowany jest katalog.

  Code Block
  #QCG stage-out-dir=results -> gsiftp://qcg.man.poznan.pl//home/plgrid/plgpiontek/reef/results/${JOB_ID} #QCG stage-out-dir=results -> gsiftp://qcg.man.poznan.pl//home/plgrid/plgpiontek/reef/results/${JOB_ID} #QCG stage-out-dir=results -> result #QCG stage-out-dir=results

  Info
  Skopiowanie całego katalogu w którym wykonane było zadanie odbywa się poprzez podanie ”.” (kropki) jako nazwy katalogu źródłowego.

  Code Block
  #QCG stage-out-dir=. -> . #QCG stage-out-dir=. #QCG stage-out-dir=. -> output

grant

• grant - nazwa grantu, w ramach którego ma być wykonane zadanie.

  Code Block
  #QCG grant=plgpiontek_grant

argument

• argument - argument aplikacji w przypadku użycia dyrektywy „executable” lub „application”. Argument może wystąpić wielokrotnie. Każdy argument powinien być przekazany w osobnej dyrektywie. Argumenty do aplikacji przekazywane są w kolejności ich wystąpienia w pliku opisu

  Code Block
  #QCG argument=arg1 #QCG argument=arg2

environment

• environment - ustawianie zmiennych środowiskowych. Składnia „nazwa → wartość”. Każda zmienna musli być ustawiana w osobnej linii.

  Code Block
  #QCG environment=name -> piontek #QCG environment=location -> poznan

executable

• executable - lokalizacja pliku do uruchomienia. Lokalizacja może być lokalizacją gsiftp lub ścieżką do pliku. W tym drugim przypadku przyjmuje się, że jest ustalana względem katalogu, z którego zlecone zostało zadanie. Opcjonalnie możliwe jest podanie nazwy pod jaką ma być zapisany plik wykonywalny. W przypadku braku nazwy zapisywany jest pod oryginalna nazwą.

  Code Block
  #QCG executable=gsiftp://qcg.man.poznan.pl//home/plgrid/plgpiontek/reef/executables/exec1 #QCG executable=executables/exec1 #QCG executable=executables/exec1 -> exec-file

application

• application - nazwa aplikacji do uruchomienia.

  Code Block
  #QCG application=namd

persistent

• persistent - dyrektywa określająca czy po zakończeniu zadania system ma pozostawić katalog roboczy, w którym wykonywane było zadanie.

  Code Block
  #QCG persistent

procs

• procs - liczba rdzeni obliczeniowych, na których ma być wykonane zadanie. (Stosowane dla zadań MPI.)

  Code Block
  #QCG procs=32

nodes

• nodes - dyrektywa pozwalająca zdefiniować na ilu węzłach i rdzeniach w ramach węzła ma być uruchomione zadanie. Opcjonalnie można podać ile procesów ma być uruchomione na węzłach. Domyślnie, jeżeli nie zostanie podane inaczej, liczna procesów równa jest liczbie rdzeni przydzielonych w ramach węzła. Składnia liczna_węzłów:liczba_rdzeni_na_węźleliczba_procesów.

  Code Block
  #QCG nodes=10:5:1 #QCG nodes=12:12

walltime

• walltime - dyrektywa definiująca deklarowany przez użytkownika czas wykonania zadania w formacie PnYnMnDTnHnMnS, w formacie ISO 8601 gdzie:
  
  • P - obowiązkowy znak rozpoczynający definicję okresu,
  • nY - liczba lat,
  • nM - liczba miesięcy,
  • nD - liczba dni,
  • T - separator czasu (musi być obecny, jeśli zdefiniowane są poniższe wartości)
  • nH - liczba godzin,
  • nM - liczba minut,
  • nS - liczba sekund.

  Code Block
  #QCG walltime=P3DT12H

memory

• memory - dyrektywa definiująca deklarowane maksymalne zapotrzebowanie aplikacji na pamięć operacyjną. Podana wartość jest w MB.

  Code Block
  #QCG memory=1024

properties

• properties - dyrektywa definiująca właściwości węzłów na których ma być uruchomione zadanie.

  Code Block
  #QCG properties=mpi,ib,lustre

preprocess

• preprocess - dyrektywa umożliwiająca wykonanie polecenia/skryptu przed uruchomieniem właściwego zadania. Wartością dyrektywy może być polecenie lub ścieżka do pliku, który ma być wykonany.

  Code Block
  #QCG preprocess=mkdir outputs

  Code Block
  #QCG preprocess=preprocess-script.sh

postprocess

• postprocess - dyrektywa umożliwiająca wykonanie polecenia/skryptu po zakończeniu się właściwego zadania. Wartością dyrektywy może być polecenie lub ścieżka do pliku, który ma być wykonany.

  Code Block
  #QCG postprocess=tar cvf wynik.tar *

  Code Block
  #QCG preprocess=postprocess-script.sh

monitor

• monitor - dyrektywa umożliwiająca zdefiniowanie skryptu, który zostanie uruchomiony przed uruchomieniem właściwego zadania i zabity po zakończeniu zadania. Funkcjonalność ta umożliwia w prosty sposób zaimplementowanie monitoringu aplikacji. Uruchomiony skrypt może cyklicznie wyszukiwać w wyniku aplikacji zadanych wzorców i przesyłać je w dowony sposób do użytkownika.

  Code Block
  #QCG monitor=monitor-script.sh

Przykładowe opisy

• Uruchomienie na klastrze galera aplikacji „gaussian”.

  Code Block

  #QCG queue=plgrid-long #QCG name=etanal #QCG note=etanal Gaussian #QCG output=${JOB_ID}.output #QCG error=${JOB_ID}.error #QCG stage-in-file=etanal.gjf -> etanal.gjf #QCG stage-out-file=wynik.tar -> ${JOB_ID}.tar #QCG nodes=1:12 #QCG host=galera.task.gda.pl #QCG persistent #QCG walltime=P7D #QCG notify=mailto:piontek@man.poznan.pl #QCG memory=15360 #QCG preprocess=echo START #QCG application=g09 #QCG argument=etanal.gjf #QCG postprocess=tar cvf wynik.tar *

• Eksperyment polegający na:
  
  • przegraniu z katalogu, z którego wykonano polecenie qcg-sub podkatalogu inputs na klaster na docelowy klaster (reef).
  • zleceniu do wykonania na klastrze reef w kolejce plgrid polecenia /bin/tar pakującego przegrany wczesnej katalog inputs do pliku output.tgz.

  • przesłaniu pliku output.tgz do katalogu, z którego wykonano polecenie qcg-sub pod tę samą nazwę.

  Code Block
  #!/bin/bash #QCG queue=plgrid #QCG persistent #QCG host=reef.man.poznan.pl #QCG output=output #QCG error=error #QCG stage-in-dir=inputs -> inputs /bin/tar -czf output.tgz inputs/input.* #QCG stage-out-file=output.tgz -> output.tgz

QCG-JobProfile

QCG-JobProfile jest XMLowym językiem opisu zadań QCG umożliwiającym dostęp do całej funkcjonalności oferowanej przez usługi QCG.

Język opisu zadań QCG składa się z następujących elementów:

• qcgJob- element grupujący zadania w logiczny eksperyment
  • description - opis eksperymentu obliczeniowego
  • task- definicja pojedynczego zadania
    • description - opis zadania
    • candidateHosts - lista potencjalnych zasobów obliczeniowych, na których zadanie ma być wykonane
    • requirements- definicja wymagań zasobowych dla zadania
      
      • resourceRequirements - opis wymagań zasobowych
      • topology - topologia grup procesów
    • execution - deklaracja typu zadania
      
      • executable - deklaracja aplikacji lub pliku wykonywalnego
      • arguments - argumenty zadnia
      • stdin - standardowe wejście
      • stdout - standardowe wyjście
      • stderr - standardowe wyjście błędów
      • stageInOut - deklaracja danych wejściowych/wyjściowych
      • environment - zmienne środowiskowe
    • reservation - rezerwacje
    • executionTime - wymagania czasowe
    • workflow - zależności kolejnościowe zadań
    • parameterSweep - definicja zmienności parametrów

qcgJob - definicja eksperymentu

Opis każdego eksperymentu obliczeniowego QCG rozpoczyna się elementem qcgJob W elemencie tym można podać następujące atrybuty:

• appId - definiowany przez użytkownika element, który pojawi się jako część identyfikatora eksperymentu. Dozwolone są znaki dopuszczalne w nazwach katalogów w systemie Linux (obowiązkowy, typ: tekst),
• project - identyfikator grantu, w ramach którego zlecany jest eksperyment (opcjonalny, typ: tekst),

• commitWait- atrybut określający czy przetwarzanie eksperymentu ma być wstrzymane do czasu aż użytkownik wywoła polecenie commit_job (opcjonalny, dopuszczalne wartości: true,false, wartość domyślna: false),

  Code Block
  <qcgJob appId="moj_eksperyment" project="grant123" commitWait="true"> ... </qcgJob>

  Każdy eksperyment obliczeniowy składa się z minimum jednego zadania - elementu task o unikalnym identyfikatorze.

  Code Block
  <qcgJob appId="moj_eksperyment" project="grant123" commitWait="true"> <task taskId="zadanie_1"> ... </task> <task taskId="zadanie_2"> ... </task> </qcgJob>

description - opis eksperymentu

Eksperyment może zawierać opisujący go opcjonalny element description.

<qcgJob appId="moj_eksperyment">
   <description>Najważniejszy eksperyment w PL-Grid<description>
</qcgJob>

task - definicja zadania

Element task odpowiada pojedynczemu zadaniu obliczeniowemu wchodzącemu w skład eksperymentu (qcgJob).
Task może/musi zawierać następujące atrybuty:

• taskId - unikalny identyfikator zadania w ramach eksperymentu. Dozwolone są znaki dopuszczalne w nazwach katalogów w systemie Linux (obowiązkowy, typ: tekst)
• persistent - określa czy po zakończeniu zadania system ma automatycznie usunąć czy pozostawić katalog, w którym wykonywało się zadanie (opcjonalny, dopuszczalne wartości: true,false, wartość domyślna: false),
• crucial - określa czy poprawne zakończenie zadania jest istotne dla pomyślnego zakończenia całego eksperymentu (opcjonalny, dopuszczalne wartości: true,false, wartość domyślna: true),
• commitWait - atrybut określający czy przetwarzanie zadania ma być wstrzymane do czasu aż użytkownik wywoła polecenie commit_task (opcjonalny, dopuszczalne wartości: true,false, wartość domyślna: false),

<qcgJob appId="moj_eksperyment">
 ...  
   <task taskId="zadanie_2" persistent="true" commitWait="false">
   ...
   </task>

description - opis zadania

Zadanie może zawierać opisujący go opcjonalny element description.

<task taskId="zadanie_2" persistent="true" commitWait="false">
   <description>Zadanie wyznaczające ...</description>
</task>

candidateHosts - lista potencjalnych zasobów obliczeniowych

Zlecając eksperyment do wykonania można dla każdego zadnia zdefiniować listę potencjalnych maszyn, spośród których QCG-Broker będzie dokonywał wyboru. W przypadku braku elementu candidateHosts Broker wybiera spośród wszystkich dostępnych maszyn, na których użytkownik ma prawo wykonywać zadania.

<candidateHosts>
    <hostName>reef.man.poznan.pl</hostName>
    <hostName>zeus.cyfronet.pl</hostName>
</candidateHosts>

requirements - definicja wymagań zasobowych dla zadania

Element ten pozwala na wyrażenie wymagań zasobowych dotyczących zleconego zadania. Możliwe jest zdefiniowanie prostych wymagań opisujące tylko parametry węzłów obliczeniowych (element resourceRequirements) lub, w przypadku zadań rozproszonych, topologii i wymagań dla poszczególnych grup procesów (element topology).

resourceRequirements - opis wymagań zasobowych

Element zawierający opis wymagań zasobowych dotyczący parametrów maszyny obliczeniowej. Element ten może zawierać jeden lub więcej elementów computingResource ze zdefiniowaną listą parametrów - elementy hostParameter. Element hostParameter ma atrybut computingParameterName określający po nazwie definiowany parametr. Wartość parametru może być liczbowa, przekazywana w elemencie value, lub tekstowa w elemencie stringValue.
Lista możliwych parametrów:

• osname - nazwa systemu operacyjnego,
• ostype - typ systemu operacyjnego,
• cpuarch - architektura procesora
• cpucount - liczba procesorów
• gpucount - liczba akceleratorów graficznych
• application - dostępne aplikacje
• queue - nazwa kolejki, do której ma być zlecone zadanie

<requirements>
   <resourceRequirements>
      <computingResource>
         <hostParameter name="gcpucount">
            <value>3</value>
         </hostParameter>
      </computingResource>
   </resourceRequirements>
</requirements>

<requirements>
   <resourceRequirements>
      <computingResource>
         <hostParameter name="queue">
            <stringValue value="plgrid-long"/>
         </hostParameter>
      </computingResource>
   </resourceRequirements>
</requirements>

<requirements>
   <resourceRequirements>
      <computingResource>
         <hostParameter name="application">
            <stringValue value="abinit"/>
         </hostParameter>
      </computingResource>
   </resourceRequirements>
</requirements>

topology - topologia grup procesów

Element topology służy do opisu zadań rozproszonych składających się z potencjalnie wielu grup procesów o odmiennych wymaganiach zasobowych.
W przypadku zadań z wieloma grupami procesów, lub przy podziale grupy pomiędzy wiele zasobów, QCG-Broker dokonuje koalokacji zasobów dla wszystkich grup.
Element topology zawiera nie mniej niż jeden element processes definiujący pojedynczą grupę procesów.
Element processes ma następujące atrybuty:

• processesId - identyfikator grupy procesów (opcjonalny, typ: tekst),
• masterGroup - atrybut ten pozwala określić, do której grupy należeć ma proces master rozproszonej aplikacji (opcjonalny, typ: logiczny, domyślnie false). W przypadku, gdy żadna grupa nie jest wybrana proces master wybierany jest niedeterministycznie,
• divisible - atrybut określający czy dana grupa może być dzielona pomiędzy wiele zasobów (opcjonalny, typ: logiczny, domyślna wartość: true),
  Każdy element processes może zawierać następujące elementy:
• processesCount - liczność grupy procesów,
• processesMap - mapa alokacji procesów dla zadań hybrydowych (określa liczbę węzłów obliczeniowych dla zadania oraz procesów na każdym z węzłów),
• candidateHosts - lista potencjalnych maszyn, na których może być wykonana grupa procesów,
• reservation - rezerwacja, w ramach której ma być uruchomiona grupa procesów. Element ten wymaga jednoznacznego wyboru maszyny poprzez candidateHosts,

• resourceRequirements - opis wymagań zasobowych dla grupy procesów,

  Code Block

  <topology> <processes processesId="SMC:collector:distributor:Blob:voxelizer:thrombusMapper" masterGroup="true"> <processesCount> <value>1</value> </processesCount> <candidateHosts> <hostName>reef.man.poznan.pl</hostName> </candidateHosts> </processes> <processes processesId="BF"> <processesCount> <value>32</value> </processesCount> <candidateHosts> <hostName>huygens.sara.nl</hostName> </candidateHosts> <reservation type="LOCAL">p6012.huygens.sara.nl.537.r</reservation> </processes> <processes processesId="DD"> <processesCount> <value>4</value> </processesCount> <candidateHosts> <hostName>zeus.cyfronet.pl</hostName> </candidateHosts> </processes> </topology>

  W poniższym przykładzie zadanie uruchomione zostanie na 3 węzłach (liczba elementów processesPerNode), na każdym węźle do zadania przydzielone zostanie 8 slotów obliczeniowych (atrybut slotsPerNode). Na węzłach uruchomione zostaną odpowiednio 1, 8, 8 procesów (wartości elementu processesPerNode).

  Code Block
  <topology> <processes processesId="process"> <processesMap slotsPerNode="8"> <processesPerNode>1</processesPerNode> <processesPerNode>8</processesPerNode> <processesPerNode>8</processesPerNode> </processesMap> <candidateHosts> <hostName>grass1.man.poznan.pl</hostName> </candidateHosts> </processes> </topology>

execution - deklaracja typu zadania

Element execution opisuje uruchomienie pojedynczego zadania. Zawiera informację jaki jest jego typ, plik wykonywalny, argumenty, strumienie wejścia, wyjścia i błędów, pliki i katalogi z danymi wejściowymi i wynikami oraz zmienne środowiskowe. Atrybut type określa rodzaj zadania oraz sposób w jaki będzie wykonywane. Wspierane są następujące typy:

• single - aplikacja będąca pojedynczym procesem,
• open_mpi, mpi_mp - zadanie rozproszone MPI. Zadanie może składać się z wielu alokacji, a stan zadania zależy od stanu wszystkich alokacji. Jeżeli element stdout/etderr wskazuje na katalog, to standardowe wyjścia zgrywane są ze wszystkich alokacji. Jeżeli element stdout/etderr wskazuje na plik, to standardowe wyjścia zgrywane jest tylko z procesu mastera. Pliki wyjściowe kopiowane są tylko z głównej alokacji (proces master). W przypadku, gdy jedna z alokacji zakończy się niepowodzeniem, wykonywanie pozostałych jest automatycznie anulowane. Ustawiane są następujące zmienne środowiskowe:
  • OMPI_SESSION_ID - unikalny identyfikator sesji,
  • OMPI_PROCESSES_ID - identyfikator grupy procesów,
  • OMPI_MASTER_GROUP - informacja czy dana alokacja zawiera proces master,
  • OMPI_PROCESSES - łaczna liczba procesów,
  • OMPI_COLORS - opis kolorów dla zadania (procesy o tym samym kolorze znajdują się na tym samym zasobie),
  • QCG_MACHINEFILE - lokalizacja pliku machinefile,
• mapper - zadanie rozproszone. Różni się od typu open_mpi tym, że pliki wyjściowe przegrywane są ze wszystkich alokacji. Dla tego typu zadnia przekazywane są następujące zmienne środowiskowe: OMPI_PROCESSES_ID, OMPI_MASTER_GROUP, OMPI_PROCESSES,
• proactive - zadanie rozproszone środowiska PROACTIVE. Różni się od zadania open_mpi tym, że do głównej alokacji kopiowany jest tworzony automatycznie plik proactive description. Do zadania przekazywane są następujące zmienne środowiskowe:
  • PROACITIVE_SESSION_ID - identyfikator sesji, mający postać '{JOBID}:{TASKID}'
  • PROACTIVE_PROCESSES_ID - identyfikator grupy procesów
  • PROACTIVE_MASTER_GROUP - informacja czy dana alokacja zawiera proces master,
  • PROACTIVE_PROCESSES - łączna liczba procesów.

<execution type="single">
...
</execution>

executable - deklaracja aplikacji lub pliku wykonywalnego

Element określający aplikację oraz jej wersję (element application) lub plik wykonywalny (element execFile) dla danego zadania.

<executable>
    <application name="abinit" version="6.10.1"/>
</executable>

<executable>
   <execFile>
      <file>
         <location type="URL">file:////usr/bin/cal</location>
      </file>
   </execFile>
 </executable>

<executable>
   <execFile>
      <file>
         <location type="URL">gsiftp://qcg.man.poznan.pl/~/executable</location>
      </file>
   </execFile>
 </executable>

arguments - argumenty zadnia

Lista argumentów dla uruchomienia aplikacji. Każdy argument powinien być podany jako osobna wartość.

<arguments>
   <value>argument_1</value>
   <value>argument_2</value>
   <value>argument_3</value>
</arguments>

stdin - standardowe wejście

Element stdin umożliwia przypisanie pliku do standardowego wejścia procesu. Element stdin musi zawierać lokalizację pojedynczego pliku. Wspierane są następujące typy lokalizacji:

• URL - fizyczna lokalizacja pliku w formacie URL (podstawowym wspieranym protokołem jest gridFTP),

• REFERENCE - logiczna referencja do innego pliku w eksperymencie typu workflow.

  Code Block
  <stdin> <file> <location type="URL">gsiftp://qcg.man.poznan.pl/~/experiments/stdin.txt</location> </file> </stdin>

  Code Block
  <stdin> <file> <location type="REFERENCE">ref1</location> </file> </stdin>

stdout - standardowe wyjście

Element stdout pozwala zdefiniować, gdzie powinno zostać przegrane standardowe wyjście aplikacji. Plik ten przegrywany jest jednokrotnie po zakończeniu wykonywania aplikacji. Element stdout może zawierać lokalizację pojedynczego pliku (element file), lub w przypadku aplikacji rozproszonej wykonującej się na wielu zasobach lokalizację katalogu (element directory), do którego przegrane zostaną pliki ze standardowym wyjściem z każdej alokacji.
Wspierane są następujące typy lokalizacji:

• URL - fizyczna lokalizacja pliku w formacie URL (podstawowym wspieranym protokołem jest gridFTP),

• REFERENCE - logiczna referencja do innego pliku w eksperymencie typu workflow.

  Code Block
  <stdout> <file> <location type="URL">gsiftp://qcg.man.poznan.pl/~/experiments/stdout.txt</location> </file> </stdout>

  Code Block
  <stdout> <directory> <location type="URL">gsiftp://qcg.man.poznan.pl/~/experiments/stdouts</location> </directory> </stdout>

  Code Block
  <stdout> <file> <location type="REFERENCE">ref1</location> </file> </stdout>

stderr - standardowe wyjście błędów

Element stderr pozwala zdefiniować, gdzie powinno zostać przegrane standardowe wyjście błędów aplikacji. Plik ten przegrywany jest jednokrotnie po zakończeniu wykonywania aplikacji. Element stderr może zawierać lokalizację pojedynczego pliku (element file), lub w przypadku aplikacji rozproszonej wykonującej się na wielu zasobach lokalizację katalogu (element directory), do którego przegrane zostaną pliki ze standardowym wyjściem błędu z każdej alokacji.
Wspierane są następujące typy lokalizacji:

• URL - fizyczna lokalizacja pliku w formacie URL (podstawowym wspieranym protokołem jest gridFTP),

• REFERENCE - logiczna referencja do innego pliku w eksperymencie typu workflow.

  Code Block
  <stderr> <file> <location type="URL">gsiftp://qcg.man.poznan.pl/~/experiments/stdout.txt</location> </file> </stderr>

  Code Block
  <stderr> <directory> <location type="URL">gsiftp://qcg.man.poznan.pl/~/experiments/stdouts</location> </directory> </stderr>

  Code Block
  <stderr> <file> <location type="REFERENCE">ref1</location> </file> </stderr>

stageInOut - deklaracja danych wejściowych/wyjściowych

Element stdInOut umożliwia zarządzanie danymi (plikami i katalogami) wejściowymi i wyjściowymi aplikacji. Element ten musi zawierać co najmniej jeden element opisujący plik (element file) lub katalog (element directory). Elementy file i directory muszą zawierać lokalizacje odpowiednio pojedynczego pliku lub katalogu i mają następujący zbiór atrybutów:

• name - nazwa pliku lub katalogu (obowiązkowy, typ: tekst)
• type - typ pliku lub katalogu (obowiązkowy, możliwe wartości „in” dla plików/katalogów wejściowych, „out” - dla plików/katalogów wyjściowych),
• required - element określający czy przegranie pliku/katalogu jest niezbędne do pomyślnego zakończenia zadania (opcjonalny, typ logiczny, domyślna wartość true),
• permissions - atrybut umożliwiający zdefiniowanie praw do pliku/katalogu (opcjonalny, typ tekstowy, format: cztery cyfry z zakresu 0-7 - format systemu Unix/Linux),
• creationFlag - atrybut określający zachowanie systemu w przypadku istnienia pliku/katalogu docelowego (opcjonalny, typ wyliczeniowy). Dopuszczalne wartości:
  • APPEND - plik zostanie „dopisany” na koniec istniejącego,
  • OVERWRITE - istniejący plik zostanie nadpisany,
  • DONTOVERWRITE - plik docelowy nie jest nadpisywany, zgłaszany jest błąd.
    Elementy file i directory muszą zawierać element location zawierający typ i lokalizację pliku/katalogu. Wspierane są 2 typy loklizacji:
• URL - lokalizacja fizycznego pliku/katalogu w formacie URL (podstawowym wspieranym protokołem jest gridFTP).
• REFERENCE - logiczna referencja do pliku/katalogu w eksperymecie typu worflow.
  W lokalizacji plików i katalogów wyjściowych dozwolone jest stosowanie zmiennych:
• JOB_ID - identyfikator eksperymentu

• TASK_ID - identyfikator zadania.

  Code Block
  <stageInOut> <file name="date.out" type="out" creationFlag="APPEND" permissions="644"> <location type="URL">gsiftp://fury.man.poznan.pl/~/examples/dates</location> </file> </stageInOut>

  Code Block

  <stageInOut> <file name="input" type="in"> <location type="URL">gsiftp://qcg.man.poznan.pl/~/plgrid/staging/input.txt</location> </file> <file name="output.tar" type="out"> <location type="URL">gsiftp://qcg.man.poznan.pl/~/plgrid/output/output-${JOB_ID}.tar</location> </file> <directory name="results" type="out"> <location type="URL">gsiftp://qcg.man.poznan.pl/~/plgrid/output/output-${JOB_ID}-${TASK_ID}.tar</location> </directory> </stageInOut>

  Code Block
  <stageInOut> <file name="ps" type="in"> <location type="REFERENCE">ref1</location> </file> <file name="ps.tgz" type="out"> <location type="URL">gsiftp://qcg.reef.man.poznan.pl/ps.tgz</location> </file> </stageInOut>

environment - zmienne środowiskowe

Lista zmiennych środowiskowych i ich wartości, które przekazane zostaną przy uruchomieniu zadania

<environment>
   <variable name="PATH">/home/piontek</variable>
   <variable name="VERBOSE">true</variable>
</environment>

reservation - rezerwacje

Element reservation pozwala zdefiniować rezerwację, do której ma być zlecone zadanie.
Element posiada atrybuty:

• type - typ rezerwacji
  • QCG - identyfikator rezerwacji założonej przez QCG-Broker,
  • LOCAL - identyfikator rezerwacji założonej bezpośrednio w systemie kolejkowym.
• processGroupId - identyfikator grupy procesów, dla której rezerwacja została założona. Istotne w przypadku, gdy rezerwacja założona została dla zadania z grupami procesów.

executionTime - wymagania czasowe

Element executionTime pozwala zdefiniować wymagania czasowe dla zadania. Element ten musi zawierać element executionDuration definiujący długość czasu obliczeń oraz opcjonalnie element timePeriod określający okno czasowe, w którym zadanie ma być wykonane. Element timePeriod musi zawierać element periodStart określający początek okna czasowego oraz periodEnd (koniec okna) lub periodDuration (długość okna czasowego).

<executionTime>
   <executionDuration>P0Y0M0DT0H30M</executionDuration>
</executionTime>

<executionTime>
   <executionDuration>P0Y0M0DT24H0M</executionDuration>
   <timePeriod>
      <periodStart>2011-11-23T14:29:00</periodStart>
      <periodEnd>2011-11-24T18:29:00</periodEnd>
   </timePeriod>
</executionTime>

workflow - definicja zależności kolejnościowych zadań

Element workflow pozwala definiować złożone zależności kolejnościowe pomiędzy zadaniami w eksperymencie. Dla każdego zadania możliwe jest zdefiniowanie od jakich innych zadań ono zależy, używając zagnieżdżonych warunków z wykorzystaniem operatorów AND/OR oraz dowolnych stanów zadań. Zależności pomiędzy zadaniami nie mogą zawierać cykli. Element workflow może zawierać jeden z następujących elementów:

• parent - element zawierający identyfikator zadania, od którego zależy opisywane zadanie. Element ten ma opcjonalny atrybut „triggerState” ze stanem zadania. Domyślnie system przyjmuje, że stanem tym jest stan FINISHED.
• and - logiczny operator AND pozwalający tworzyć złożone warunki. Element and może zawierać elementy parent, and i or.

• or - logiczny operator OR pozwalający tworzyć złożone warunki. Element or może zawierać elementy parent, and i or.

  Code Block
  <workflow> <parent>task_1</parent> </workflow>

  Code Block
  <workflow> <parent triggerState="FINISHED">task_2</parent> </workflow>

  Code Block
  <workflow> <and> <parent triggerState="FINISHED">task_1</parent> <parent triggerState="RUNNING">task_2</parent> </and> </workflow>

  Code Block
  <workflow> <or> <parent triggerState="FINISHED">task_1</parent> <parent triggerState="RUNNING">task_2</parent> </or> </workflow>

  Code Block
  <workflow> <or> <parent triggerState="FINISHED">task_1</parent> <and> <parent triggerState="FINISHED">task_2</parent> <parent triggerState="FINISHED">task_3</parent> </and> </or> </workflow>

parameterSweep - definicja zmienności parametrów

Element parameterSweep służy do definiowania zadań parametrycznych, to znaczy takich, w których ta sama aplikacja uruchamiana jest wielokrotnie dla różnych parametrów. QCG-Broker umożliwia definiowanie wielowymiarowej przestrzeni parametrów, w której jednocześnie wg podanych reguł może zmienianych być wiele parametrów. Możliwe jest definiowanie różnych schematów zmienności parametrów (kolejności zmieniania wartości wielu parametrów) jak również zakresów zmienności pojedynczych elementów. Element parameterSweep musi zawierać co najmniej jeden element parameter definiujący zmienność pojedynczego parametru. Element parameter zawiera następujące elementy:

• name - nazwa parametru,
• value - element definiujące zmienność parametru. Zawiera jeden z elementów:
  • loop - zmiana parametru w pętli. Element zawiera:
    • start - dolne ograniczenie pętli,
    • end - górne ograniczenie pętli,
    • step - krok zmienności,
    • except - opcjonalny element definiujący listę wartości (element value), które powinny zostać pominięte

  • set - zmiana parametru ze zdefinowanego zbioru wartości.
    
    

  <parametersSweep>
    <parameter>
      <name>arg1</name>

      <value>
        <loop>
          <start>0</start>
          <end>9</end>
          <step>1</step>

          <except>
            <value>3</value>
            <value>6</value>
          </except>
        </loop>
      </value>
    </parameter>  
  </parametersSweep>     

<parametersSweep>
  <parameter>
     <name>arg2</name>
     <value>
        <set>
          <item>a</item>
          <item>b</item>
         </set>
      </value>
   </parameter>
</parametersSweep>

<parametersSweep>
   <parameter>
       <name>arg1</name>
        <value>
           <loop>
              <start>0</start>
              <end>5</end>
              <step>1</step>
              <except>
                 <value>3</value>
                 <value>4</value>
               </except>
            </loop>
        </value>
   </parameter>
   
   <parameter>
      <name>arg2</name>
      <value>
         <set>
            <item>a</item>
            <item>b</item>
         </set>
      </value>
   </parameter>
</parametersSweep>

<parametersSweep>
  <parameter>
     <name>arg1</name>
     <value>
        <loop>
           <start>0</start>
           <end>5</end>
           <step>1</step>
           <except>
              <value>3</value>
              <value>4</value>
           </except>
         </loop>
      </value>
   <parameter>
      <name>arg2</name>
      <value>
         <set>
           <item>a</item>
           <item>b</item>
          </set>
       </value>
    </parameter>
   </parameter>
</parametersSweep>

Przykładowe opisy eksperymentów

EKSPERYMENT: Pobranie pliku report, spakowanie go aplikacją tar i przegranie wyniku do podanej lokalizacji. Zadanie wykonane zostanie na klastrze reef.man.poznan.pl. Standardowe strumienie wyjścia przegrane zostaną do podanych lokalizacji.

<grmsJob appId="eksperyment">
        <task taskId="tar">
                <candidateHosts>
                        <hostName>reef.man.poznan.pl</hostName>
                </candidateHosts> 
                <execution type="single">
                        <executable>
                                <execFile>
                                        <file>
                                                <location type="URL">file:////bin/tar</location>
                                        </file>
                                </execFile>
                        </executable>
                        <arguments>
                                <value>cfv</value>
                                <value>report.tar</value>
                                <value>report</value>
                        </arguments>
                        <stdout>
                                <file>
                                        <location type="URL">gsiftp://qcg.man.poznan.pl/~stdout-${JOB_ID}</location>
                                </file>
                        </stdout>
                        <stderr>
                                <file>
                                        <location type="URL">gsiftp://qcg.man.poznan.pl/~/stderr-${JOB_ID}</location>
                                </file>
                        </stderr>
                        <stageInOut>
                                <file name="report" type="in">
                                        <location type="URL">gsiftp://fury.man.poznan.pl/~/examples/report</location>
                                </file>
                                <file name="report.tar" type="out">
                                        <location type="URL">gsiftp://fury.man.poznan.pl/~/examples/report.tar</location>
                                </file>
                        </stageInOut>
                </execution>
        </task>
</grmsJob>

Eksperyment: Wykonanie zbioru zadań „calc” dla miesięcy roku 2012 z pominięciem miesięcy 3 i 6. Standardowe lokalizacje przegrane zostaną do podanej lokalizacji.

<grmsJob appId="kalendarze">
        <task taskId="calendar">
                <execution type="single">
                        <executable>
                                <execFile>
                                        <file>
                                                <location type="URL">file:////usr/bin/cal</location>
                                        </file>
                                </execFile>
                        </executable>
                        <arguments>
                                <value>${PS_month}</value>
                                <value>2012</value>
                        </arguments>
                        <stdout>
                                <file>
                                        <location type="URL">${TASK_DIR}/stdout.txt</location>
                                </file>
                        </stdout>
                </execution>
                <parametersSweep>
                        <parameter>
                                <name>month</name>
                                <value>
                                        <loop>
                                                <start>1</start>
                                                <end>12</end>
                                                <step>1</step>
                                                <except>
                                                        <value>3</value>
                                                        <value>6</value>
                                                </except>
                                        </loop>
                                </value>
                        </parameter>
                </parametersSweep>
        </task>
</grmsJob>

Eksperyment: Prosty workflow składający się z dwóch zadań (aplikacja date). Drugie zadanie wykonane będzie po zakończeniu pierwszego. Strumienie wyjściowe przegrane zostaną do podanych lokalizacji.

<qcgJob appId="example1">
	<task taskId="date_1">
		<execution type="single">
			<executable>
				<execFile>
					<file>
						<location type="URL">file:////bin/date</location>
					</file>
				</execFile>
			</executable>
			<stdout>
				<file>
					<location type="URL">gsiftp://qcg.man.poznan.pl/~/date-${JOB_ID}-${TASK_ID}.txt</location>
				</file>
			</stdout>
		</execution>
	</task>
	<task taskId="date_2">
		<execution type="single">
			<executable>
				<execFile>
					<file>
						<location type="URL">file:////bin/date</location>
					</file>
				</execFile>
			</executable>
			<stdout>
				<file>
					<location type="URL">gsiftp://qcg.man.poznan.pl/~/date-${JOB_ID}-${TASK_ID}.txt</location>
				</file>
			</stdout>
		</execution>
		<workflow>
			<parent triggerState="FINISHED">date_1</parent>
		</workflow>
	</task>
</qcgJob>

Eksperyment: Prosty workflow, w którym drugie zadanie „pakuje” wyjście polecenia „ps” w pierwszego zadania. Plik przekazywane są „przez” referencje.

<qcgJob appId="ps_tar">
	<task taskId="ps">
		<execution type="single">
			<executable>
				<execFile>
					<file>
						<location type="URL">file:////bin/ps</location>
					</file>
				</execFile>
			</executable>
			<arguments>
				<value>aux</value>
			</arguments>
			<stdout>
				<file>
					<location type="REFERENCE">ref1</location>
				</file>
			</stdout>
		</execution>
	</task>
	<task taskId="tar">
		<execution type="single">
			<executable>
				<execFile>
					<file>
						<location type="URL">file:////bin/tar</location>
					</file>
				</execFile>
			</executable>
			<arguments>
				<value>czf</value>
				<value>ps.tgz</value>
				<value>ps</value>
			</arguments>
			<stageInOut>
				<file name="ps" type="in">
					<location type="REFERENCE">ref1</location>
				</file>
				<file name="ps.tgz" type="out">
					<location type="URL">gsiftp://qcg.reef.man.poznan.pl/ps.tgz</location>
				</file>
			</stageInOut>
		</execution>
		<workflow>
			<parent triggerState="FINISHED">ps</parent>
		</workflow>
	</task>
</qcgJob>

Wersje klienta tekstowego

SimpleClient

Polecenia