Konfiguracja Matlab polega na napisaniu skryptów i umieszczeniu ich w podkatalogu Matlab. Skrypty te będą widoczne, jako pozycje w menu programu SWIP5, których wybranie powoduje przesłanie odpowiednich danych do programu Matlab, wykonanie zadanego programu i przekazanie odpowiednich danych z powrotem do programu SWIP5. Są to typowe skrypty Matlaba poprzedzone odpowiednimi liniami na początku, traktowanymi przez Matlab, jako komentarze. Na ich podstawie program SWIP5 rozpoznaje je, jako funkcje dla programu SWIP5, umieszcza w odpowiednich pozycjach menu, przekazuje i odbiera odpowiednie dane z programu Matlab.