Poniższy szablon należy odpowiednio uzupełnić.
Wstawianie odnośników do innych stron podręcznika
Przy wstawianiu linków do stron wewnętrznych Podręcznika użytkownika (np. certyfikat="Aplikowanie, rejestracja i użycie certyfikatu"' założenie konta="Zakładanie konta w portalu"; Pomoc="Gdzie szukać pomocy") należy w trybie edycji strony:
Efekt powyższego opisu można zobaczyć klikając lewym klawiszem myszki (w trybie edycji strony) na dowolny link w tym oknie informacji. Pojawi się pole, w którym do wyboru będzie opcja Edit, którą klikamy. Pojawi się okno Edit link, z aktywnym polem Search i nazwą strony wewnętrznej podręcznika.
Proszę nie wstawiać odnośników do innych części podręcznika jako linki zewnętrzne!
Przy wstawianiu linków do konkretnych sekcji (akapitów) na wybranej stronie, np. Certyfikaty Simple CA ="Aplikowanie, rejestracja i użycie certyfikatu#Certyfikaty Simple CA", należy nazwę strony wraz z tytułem sekcji, rozdzielone znakiem #, podać w opcji Advanced w okienku link. Przy wstawianiu nazwy stron istotne jest zachowanie znaków spacji pomiędzy wyrazami oraz braków spacji pomiędzy #.
LINKI ZEWNĘTRZNE
Linki zewnętrzne np. do strony PL-Grid wstawiamy w oknie Insert Link (Ctrl+K) w opcji Web Link.
Usługa UNRES jest przyjazną dla użytkownika realizacją pakietu modelowania gruboziarnistego białek, opartego na polu siłowym UNRES opracowanym w wyniku współpracy grupy prof. Adama Liwo z Wydziału Chemii Uniwersytetu Gdańskiego oraz grupy prof. Harolda A. Scheragi, Cornell University, USA. Dzięki znacznemu uproszczeniu reprezentacji łańcucha polipeptydowego przy jednoczesnym ścisłym związku wyprowadzonego pola siłowego z fizyką oddziaływać symulacje są przyspieszone 1000 - 10000 razy w stosunku do obliczeń w reprezentacji pełnoatomowej. Adresatami usługi są biofizycy, biologowie molekularni i bioinformatycy, którzy mają potrzebę symulowania zmian strukturalnych, dynamiki i termodynamiki dużych układów białkowych w czasie rzeczywistym. W szczególności usługa będzie przydatna dla badaczy, którzy chcą wykonać wspomniane wielkoskalowe symulacje białek natomiast brak czasu nie pozwala im na zapoznanie się z uruchamianiem zadań bezpośrednio na serwerach przy użyciu systemu kolejkowania.
Usługa UNRES umożliwia realizację następujących typów obliczeń:
Aby skorzystać z usługi UNRES należy posiadać konto w portalu PLGRID oraz posiadać aktywny grant obliczeniowy. Należy również złożyć wniosek o dołączenie do zespołu plggunresng (zespół użytkowników usługi UNRES).
Brak ograniczeń.
Koniecznie z przykładowymi zrzutami ekranu lub fragmentami kodu.
Pole siłowe UNRES umożliwia przeprowadzanie przewidywania de novo struktury białka, korzystając jedynie z sekwencji aminokwasowej. W tym celu należy wykonać symulację dynamiki molekularnej ze zwielokrotnioną wymianą replik (MREMD) wprowadzając sekwencję białka o poszukiwanej strukturze do przykładowego (Rysunek 1) pliku wejściowego MREMD.
Rysunek 1. Przykładowy plik wejściowy używamy w polu siłowym UNRES. Linia pierwsza stanowi komentarz, linie 2-14 zawierają parametry używane w polu siłowym, linia 15 zawiera całkowitą liczbę reszt aminokwasowych symulowanego układu z uwzględnieniem „dummy atom”, natomiast kolejne linie zawierają sekwencję aminokwasową w kodzie jednoliterowym wraz z „dummy atom” (litery X). Ostatnie linie wykorzystywane są do wprowadzenia ograniczeń swobody układu (więzów) np. na strukturę drugorzędową lub odległości między parami atomów.
Przy wprowadzaniu sekwencji należy pamiętać o dodawaniu „dummy atom” na początku i końcu każdego łańcucha białka (litery X w kodzie jednoliterowym).
W celu przyspieszenia symulacji można wprowadzić do pliku wejściowego dane o strukturze drugorzędowej (przewidzianej przy pomocy zewnętrznego narzędzia, takiego jak PSIPRED czy JPred) w postaci listy wartości brzegowych kątów torsyjnych ograniczających swobodę łańcucha (ostatnie linie pliku wejściowego).
W celu przeprowadzenia analizy otrzymanych trajektorii należy użyć podprogramu WHAM, wykorzystującego metodę analizy ważonych histogramów do określenia prawdopodobieństwa wystąpienia struktur w danych temperaturach. Następnie konieczne jest przeprowadzenie analizy skupień (klastrowania) przy użyciu podprogramu Cluster, w temperaturze poniżej temperatury piku pojemności cieplnej, w celu wytypowania najbardziej prawdopodobnych struktur białka. Otrzymane w ten sposób struktury należy następnie przekonwertować z postaci gruboziarnistej do pełnoatomowej przy użyciu dostępnych narzędzi (np. programu Pulchra).
Zalecany schemat postępowania został umieszczony na poniższym diagramie:
Strona dokumentacji pakietu UNRES ze szczegółowym opisem wprowadzanych danych (w języku angielskim).